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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jf4 | ||||||
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タイトル | OXA-23 meropenem complex | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / beta-lactamase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Smith, C.A. / Vakulenko, S.B. / Toth, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Carbapenemase Activity of the OXA-23 beta-Lactamase from Acinetobacter baumannii. 著者: Smith, C.A. / Antunes, N.T. / Stewart, N.K. / Toth, M. / Kumarasiri, M. / Chang, M. / Mobashery, S. / Vakulenko, S.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 109.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 89.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27646.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ari-1, bla(OXA-23), bla-OXA-23, bla-oxa-23, blaOXA-23, OXA-23, oxa-23, oxa23 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EDO / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.82 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: 0.06 M citric acid/0.04 M bis-tris propane, 16 % PEG3350, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月14日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97954 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.14→36.9 Å / Num. obs: 30804 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.14→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / % possible all: 85.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.14→36.817 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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