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- PDB-4jf3: Crystal structure of the mpmv tm retroviral fusion core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jf3
タイトルCrystal structure of the mpmv tm retroviral fusion core
要素Envelope glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / six-helix bundle / fusion / MPMV TM / virus envelope
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
ENV polyprotein (coat polyprotein) / TLV/ENV coat polyprotein / Helix Hairpins - #210 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Cook, J.D. / Aydin, H. / Lee, J.E.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of Beta- and gammaretrovirus fusion proteins reveal a role for electrostatic stapling in viral entry.
著者: Aydin, H. / Cook, J.D. / Lee, J.E.
履歴
登録2013年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月1日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9365
ポリマ－22,8302
非ポリマー1063
水3,549197
1
A: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4579
ポリマ－34,2443
非ポリマー2136
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area8820 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area13470 Å2
手法PISA
2
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子

B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子

B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3516
ポリマ－34,2443
非ポリマー1063
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area8310 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area13740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.951, 43.951, 81.732
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

CL

21B-601-

CL

-
要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein / Transmembrane protein / TM / Glycoprotein 20 / gp20


分子量: 11414.808 Da / 分子数: 2 / 断片: fusion core, UNP residues 412-513 / 変異: C483S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス)
遺伝子: env / プラスミド: pJexpress / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07575
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18% (w/v) PEG 3400 and 0.2 M sodium thiocyanate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月19日
放射モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→34.5 Å / Num. obs: 18731 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.41 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 19.3 / Scaling rejects: 1025
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.7-1.764.10.3014.4697916941.2785.4
1.76-1.835.270.2755970118151.2395
1.83-1.915.490.2136.41039518711.1595.8
1.91-2.025.530.16481044518711.0596.4
2.02-2.145.560.12310.81038218530.9696.8
2.14-2.315.580.09214.21094619410.997.6
2.31-2.545.590.06818.91073419020.8798
2.54-2.915.610.04727.41088019210.8598.8
2.91-3.665.620.034391091619250.8899.2
3.66-34.55.580.02850.31093919380.9499.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.9.8.9Dデータ削減
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Y4M

1y4m


解像度: 1.7→34.5 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.17 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 19.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1933 952 5.08 %random
Rwork0.1537 ---
all0.1556 ---
obs0.1556 18725 96.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 62.38 Å2 / Biso mean: 17.0525 Å2 / Biso min: 4.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1438 0 3 197 1638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011446
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1061942
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004256
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.701560
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7001-1.78970.2281220.22872314243688
1.7897-1.90190.20361360.18572544268095
1.9019-2.04870.20031310.17792520265196
2.0487-2.25480.19011380.13962579271797
2.2548-2.5810.18091470.14532600274798
2.581-3.25140.20041340.14872583271799
3.2514-34.51180.18931440.14882633277799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54390.2079-0.16390.931-1.22923.90410.0313-0.0471-0.01970.06460.012-0.0265-0.04130.0863-0.04310.01450.0008-0.00880.0392-0.00260.08334.0497-0.6619-18.9426
22.26670.9931-2.20852.7852-3.08464.54250.0577-0.19-0.19180.1496-0.0903-0.03760.24560.33160.06020.1065-0.0082-0.02760.0811-0.02370.125211.0691-6.65760.4892
30.46430.16670.06960.84511.09393.73460.0187-0.0370.02930.07250.0070.03810.0199-0.0551-0.03220.02080.00090.00820.04060.00020.079417.937613.384522.494
41.98741.03232.13962.85873.26614.67280.0673-0.18660.14770.1202-0.11220.0223-0.2374-0.35890.06240.1015-0.01010.02870.08670.02150.129610.91219.343441.3563
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 423 through 488 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 489 through 512 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 421 through 488 )B0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 489 through 512 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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