PDB-4jep: Crystal structure of Toxoplasma gondii nucleoside triphosphate di...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jep

タイトル

Crystal structure of Toxoplasma gondii nucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 (NTPDase1)

要素

Nucleoside-triphosphatase 2

キーワード

HYDROLASE / phosphatase / NTPDase

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-containing vacuole / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Krug, U. / Totzauer, R. / Strater, N.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: The crystal structure of Toxoplasma gondii nucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 represents a conformational intermediate in the reductive activation mechanism of the tetrameric enzyme.
著者: Krug, U. / Totzauer, R. / Strater, N.

履歴

登録	2013年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月10日	Group: Database references
改定 1.2	2013年12月25日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jep.cif.gz	433.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jep.ent.gz	371.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jep.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jep_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jep_full_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示
XML形式データ	4jep_validation.xml.gz	37.3 KB	表示
CIF形式データ	4jep_validation.cif.gz	50.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/4jep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/4jep	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4a57 4a59 4a5a 4a5b
類似構造データ	4a57-d 3agr-1 4a59-d 2xwj-1 1td9-d 3mpj-d 2xwb-3 1xco-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside-triphosphatase 2

B: Nucleoside-triphosphatase 2

136 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoside-triphosphatase 2

B: Nucleoside-triphosphatase 2

A: Nucleoside-triphosphatase 2

B: Nucleoside-triphosphatase 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
272 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.743, 161.517, 236.937
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Nucleoside-triphosphatase 2 / NTPase-II / Nucleoside triphosphate hydrolase 2 / Nucleoside-triphosphatase II 分子量: 68076.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: NTP1 / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS 参照: UniProt: Q27895, nucleoside-triphosphate phosphatase

#1: タンパク質

Nucleoside-triphosphatase 2 / NTPase-II / Nucleoside triphosphate hydrolase 2 / Nucleoside-triphosphatase II

分子量: 68076.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: NTP1 / プラスミド: pET20b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS
参照: UniProt: Q27895, nucleoside-triphosphate phosphatase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 50 mM MgCl2, 25% (v/v) pentaerythritol propoxylate (17/8 PO/OH), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→39.38 Å / Num. obs: 25690 / B_iso Wilson estimate: 81.36 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.10.0	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→36.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8099 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.7419 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3052	1306	5.09 %	RANDOM
R_work	0.2698	-	-	-
obs	0.2715	25652	99.38 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.7566 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.536 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.7795 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.786 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→36.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8772	0	0	0	8772

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.007	8948	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.91	12109	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3151	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		239	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1291	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		8948	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	1.39
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.81
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1155	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		9409	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.23 Å / Total num. of bins used: 13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2726	138	5.09 %
R_work	0.2405	2571	-
all	0.2421	2709	-
obs	-	-	99.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0	0.0583	0.2778	0.7658	-0.6537	0	-0.004	-0.0104	0.0074	-0.0031	0.0067	-0.0224	0.0222	-0.011	-0.0027	-0.0005	0.0865	0.023	0.0453	0.0268	0.0357	-67.9529	-19.8844	-69.9935
2	3.4694	-1.0555	0.3284	1.2248	0.3908	1.8578	0.0412	-0.1421	-0.0012	0.0499	0.0475	-0.0495	-0.0061	0.177	-0.0886	0.0798	-0.1515	0.0035	-0.304	0.0429	0.1326	-29.4719	-18.7323	-40.5763
3	0.464	-0.8439	1.4516	1.4431	1.3379	2.9143	-0.0081	-0.1811	0.0511	0.0968	0.052	-0.0503	0.1012	0.1367	-0.0438	0.124	-0.152	0.1208	-0.304	0.0442	0.062	-31.2695	-8.2872	-13.133
4	0.8399	0.0546	0.2742	0	-0.022	0.0111	-0.0011	0.0155	0.0066	-0.0247	0.0026	-0.0045	-0.0095	0.0038	-0.0015	-0.045	-0.0118	0.0049	0.0424	-0.0323	0.0698	-31.1342	37.432	-90.1921
5	2.7598	-0.0928	0.274	3.0778	0.9546	2.5135	-0.026	-0.0248	-0.2538	-0.0217	-0.0121	0.1585	-0.1361	0.0216	0.0381	-0.304	-0.0517	0.0222	-0.304	0.138	0.304	-22.1873	34.5625	-44.2226
6	1.7506	-1.0337	1.8364	1.9738	-1.0654	1.0971	-0.0175	0.0038	-0.2062	0.234	-0.055	-0.1074	-0.026	0.1517	0.0725	-0.304	-0.0889	0.0628	-0.257	0.152	0.304	-0.4939	21.3466	-31.3588
7	0.013	0.5817	0.3722	0.3608	-0.6604	0.3827	0.0013	-0.0239	0.0059	0.0201	-0.006	0.0143	-0.0033	-0.0147	0.0047	0.0386	-0.0095	-0.0353	0.0072	0.0943	0.0336	-15.8579	18.8138	-15.472

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|33 - A\|58}	A	33 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|59 - A\|250 A\|586 - A\|629}	A	59 - 250
3	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|59 - A\|250 A\|586 - A\|629}	A	586 - 629
4	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|271 - A\|394 A\|425 - A\|585}	A	271 - 394
5	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|271 - A\|394 A\|425 - A\|585}	A	425 - 585
6	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|36 - B\|58}	B	36 - 58
7	X-RAY DIFFRACTION	5	{B\|59 - B\|250 B\|586 - B\|621}	B	59 - 250
8	X-RAY DIFFRACTION	5	{B\|59 - B\|250 B\|586 - B\|621}	B	586 - 621
9	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|271 - B\|394 B\|425 - B\|585}	B	271 - 394
10	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|271 - B\|394 B\|425 - B\|585}	B	425 - 585
11	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|395 - B\|424}	B	395 - 424

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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