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- PDB-4jel: Structure of MilB Streptomyces rimofaciens CMP N-glycosidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jel
タイトルStructure of MilB Streptomyces rimofaciens CMP N-glycosidase
要素CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase
キーワードHYDROLASE / CMP N-glycosidase / mildiomycin biosynthesis
機能・相同性Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Rossmann fold - #450 / hydrolase activity / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces rimofaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.952 Å
データ登録者Sikowitz, M.D. / Cooper, L.E. / Begley, T.P. / Kaminski, P.A. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Reversal of the substrate specificity of CMP N-glycosidase to dCMP.
著者: Sikowitz, M.D. / Cooper, L.E. / Begley, T.P. / Kaminski, P.A. / Ealick, S.E.
履歴
登録2013年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7413
ポリマ－20,5491
非ポリマー1922
水1,946108
1
A: CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase
ヘテロ分子

A: CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4836
ポリマ－41,0982
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_556-x+y,y,-z+11
Buried area3020 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area13140 Å2
手法PISA
2
A: CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase
ヘテロ分子

A: CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4836
ポリマ－41,0982
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+5/31
Buried area1980 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area14180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.819, 97.819, 61.893
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-330-

HOH

21A-340-

HOH

31A-406-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase


分子量: 20549.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces rimofaciens (バクテリア)
遺伝子: MilB / プラスミド: modified pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: B4Y381
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 8% PEG 1000, 0.1 M phosphate-citrate, 0.2 M lithium sulfate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月20日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled Si(111) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 24181 / Num. obs: 23697 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 27.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 40.1
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.95-1.98196.9
1.98-2.02197.8
2.02-2.06196.7
2.06-2.1197.9
2.1-2.15197.7
2.15-2.2197.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.952→42.357 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8582 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 21.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2434 1168 4.93 %random
Rwork0.1981 ---
obs0.2002 23688 98.27 %-
all-23697 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 51.42 Å2 / Biso mean: 26.5855 Å2 / Biso min: 12.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.952→42.357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1149 0 10 108 1267
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071183
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0831607
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071176
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005212
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.833417
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9524-2.04120.24211670.19872780294797
2.0412-2.14880.22831630.18912753291698
2.1488-2.28350.24311550.19262802295798
2.2835-2.45970.24711220.19352836295898
2.4597-2.70720.2491460.20032804295098
2.7072-3.09890.23861560.20412824298099
3.0989-3.90380.23731310.19592843297499
3.9038-42.36680.25251280.20052878300699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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