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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jel | ||||||
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タイトル | Structure of MilB Streptomyces rimofaciens CMP N-glycosidase | ||||||
![]() | CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / CMP N-glycosidase / mildiomycin biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Rossmann fold - #450 / hydrolase activity / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sikowitz, M.D. / Cooper, L.E. / Begley, T.P. / Kaminski, P.A. / Ealick, S.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Reversal of the substrate specificity of CMP N-glycosidase to dCMP. 著者: Sikowitz, M.D. / Cooper, L.E. / Begley, T.P. / Kaminski, P.A. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20549.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: MilB / プラスミド: modified pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.13 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 8% PEG 1000, 0.1 M phosphate-citrate, 0.2 M lithium sulfate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月20日 | |||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Cryo-cooled Si(111) double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 24181 / Num. obs: 23697 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 27.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 40.1 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 51.42 Å2 / Biso mean: 26.5855 Å2 / Biso min: 12.43 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.952→42.357 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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