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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jdz
タイトルStructures of SdrD from Staphylococcus aureus reveal the molecular mechanism of how the cell surface receptors recognize their ligands
要素(Ser-Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein-binding protein SdrD) x 2
キーワードCELL ADHESION / receptor / surface / MSCRAMM / Staphylococcus aureus
機能・相同性Immunoglobulin-like - #1290 / Immunoglobulin-like - #1280 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wang, X. / Ge, J. / Yang, M.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2013
タイトル: Structures of SdrD from Staphylococcus aureus reveal the molecular mechanism of how the cell surface receptors recognize their ligands
著者: Wang, X. / Ge, J. / Liu, B. / Hu, Y. / Yang, M.
履歴
登録2013年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: refine / reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _refine.pdbx_starting_model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ser-Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein-binding protein SdrD
A: Ser-Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein-binding protein SdrD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,91210
ポリマ－96,5912
非ポリマー3218
水8,935496
1
B: Ser-Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein-binding protein SdrD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9115
ポリマ－48,7501
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Ser-Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein-binding protein SdrD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0025
ポリマ－47,8411
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.41, 73.88, 90.03
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Ser-Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein-binding protein SdrD


分子量: 48750.188 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 235-678 / 変異: D20I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: TCH60 / 遺伝子: sdrD, HMPREF0772_12627 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5QTK7
#2: タンパク質 Ser-Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein-binding protein SdrD


分子量: 47841.309 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 235-673 / 変異: D19I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: TCH60 / 遺伝子: sdrD, HMPREF0772_12627 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5QTK7
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQRES CONFLICTS HAVE CAUSED BY REFINEMENT ARTIFACTS.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M Calcium chloride dihydrate, 0.1M HEPES sodium(7.5), 20%(v/v) 2-Propanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月13日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: neutron
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 55836 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID
2.1-2.141
2.14-2.181
2.18-2.221
2.22-2.261
2.26-2.311
2.31-2.371
2.37-2.421
2.42-2.491
2.49-2.561
2.56-2.651
2.65-2.741
2.74-2.851
2.85-2.981
2.98-3.141
3.14-3.591
3.59-3.951
3.95-4.521
4.52-5.71

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
直接法モデル構築
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→50 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2315 2753 5.08 %
Rwork0.1847 --
all0.187 --
obs0.187 55836 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6754 0 8 496 7258
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Refine-IDTotal num. of bins used
2.1-2.132X-RAY DIFFRACTION20
2.132-2.1707X-RAY DIFFRACTION20
2.1707-2.2124X-RAY DIFFRACTION20
2.2124-2.2576X-RAY DIFFRACTION20
2.2576-2.3067X-RAY DIFFRACTION20
2.3067-2.3603X-RAY DIFFRACTION20
2.3603-2.4193X-RAY DIFFRACTION20
2.4193-2.4847X-RAY DIFFRACTION20
2.4847-2.5577X-RAY DIFFRACTION20
2.5577-2.6403X-RAY DIFFRACTION20
2.6403-2.7346X-RAY DIFFRACTION20
2.7346-2.844X-RAY DIFFRACTION20
2.844-2.9733X-RAY DIFFRACTION20
2.9733-3.1299X-RAY DIFFRACTION20
3.1299-3.3257X-RAY DIFFRACTION20
3.3257-3.5821X-RAY DIFFRACTION20
3.5821-3.9418X-RAY DIFFRACTION20
3.9418-4.5105X-RAY DIFFRACTION20
4.5105-5.676X-RAY DIFFRACTION20
5.676-29.4706X-RAY DIFFRACTION20
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2509-0.5254-0.30140.44770.90271.64330.5140.46220.1545-0.5931-0.61890.2217-0.8938-0.11480.13380.68580.24-0.03770.56720.10080.302723.64870.638516.9717
20.90420.0581-0.59641.2903-0.24020.42910.10220.02210.3443-0.7585-0.3391-0.5051-1.00870.69370.06851.0414-0.14010.03960.39340.18110.400835.02756.31117.1894
30.69120.1627-0.97980.81960.1631.04340.44480.17840.0960.1178-0.6827-0.9141-1.63521.202-0.07841.1255-0.25730.15150.80180.3030.553740.59045.556910.1787
41.1569-0.2144-0.12971.30591.27791.89260.15630.5590.0137-0.3553-0.32610.2005-0.8085-0.41870.14940.40760.2103-0.04250.39750.03380.212321.4019-2.121828.4149
50.4544-0.019-0.02382.47920.15580.3891-0.00230.00710.009-0.0462-0.0636-0.16020.03080.10180.08710.16220.01420.0640.15840.02450.242531.3386-16.292840.6312
60.3844-0.187-0.21491.5337-0.15980.8815-0.0225-0.0277-0.0422-0.0090.0026-0.162-0.0280.06450.01430.11330.00850.01460.1341-0.01210.205531.7774-16.009844.7886
70.18680.05690.14871.6102-0.49780.3629-0.1330.0433-0.16020.32510.0988-0.21410.16720.14910.00670.1966-0.01390.01160.1598-0.030.243130.6772-15.185247.125
80.0723-0.0381-0.13360.29380.31830.60150.13810.7219-0.1698-0.1078-0.26470.08030.28-0.20150.06690.54020.08170.32610.8463-0.28290.484939.1354-27.294323.3484
90.2703-0.26770.48740.90860.06340.9862-0.01930.1522-0.1536-0.0635-0.0030.3964-0.0407-0.29820.01380.1919-0.01050.01060.1763-0.00420.338624.5793-21.976438.8107
100.5346-0.1106-0.11810.42670.36870.5991-0.13790.3920.43550.31250.45630.3175-0.98980.3198-0.16450.7426-0.21240.04330.82390.1420.471649.94783.0273-8.1561
110.1568-0.37480.15420.9347-0.21520.84950.35760.5150.27490.31540.1290.05010.2560.2391-0.30420.6680.1793-0.11371.3369-0.45471.426752.7174-13.9108-7.8565
121.5360.89120.50731.00780.59370.6698-0.43920.7132-0.3195-0.1320.6285-0.0412-0.10960.3538-0.13770.60660.0457-0.00540.98810.13160.614652.8779-3.9031-8.1868
132.34740.2094-1.42050.73620.00582.03350.01410.19990.1606-0.19150.01560.0473-0.1693-0.0412-0.01290.2333-0.0204-0.00820.19530.04630.1481-3.80970.740917.2345
140.25240.3389-0.60211.9562-1.10791.9696-0.00240.3384-0.11860.17490.23330.5525-0.2585-0.4264-0.21990.0294-0.0101-0.01760.15860.02780.2135-22.3149-18.015942.331
150.8026-0.27120.20761.5313-0.1750.71760.12370.1478-0.0354-0.0343-0.0244-0.05310.02280.0997-0.08430.09190.0121-0.01010.1347-0.02640.194-6.4117-20.163940.5344
160.537-0.1963-0.02432.0143-0.45341.2105-0.0497-0.06440.02540.11490.0604-0.1422-0.02080.13430.00030.0933-0.0012-0.02130.1407-0.00360.1568-5.3846-19.108845.6463
170.2540.08910.05381.0540.13220.0693-0.14750.7405-0.27120.7115-0.34760.22860.17230.10850.21470.56820.34620.06750.6849-0.28970.45552.3099-31.489425.3286
180.67330.0795-0.31330.26170.09010.332-0.04840.0894-0.1798-0.04760.10180.26310.1726-0.1695-0.0040.12020.0135-0.00320.12310.02010.2456-14.4342-25.894842.8034
192.0917-0.3193-0.59471.8821.1180.95190.26970.7921-0.2244-0.65830.15430.07750.35160.4107-0.21760.47670.1326-0.00190.4265-0.05950.2693-4.0365-24.132424.0907
206.5862-1.38145.07913.6031-0.4134.10850.2312-0.3006-0.00440.5143-0.06240.0691-0.05820.59170.19920.9493-0.43850.06260.99930.19570.94727.0674-23.89310.7586
211.54670.0449-0.69510.6884-0.75831.3542-0.04280.0949-0.0444-0.18670.22510.1285-0.0023-0.2647-0.15020.3615-0.1624-0.04340.40850.06460.152513.8811-6.8342-8.9013
220.3668-0.0136-0.25720.8368-0.23120.5742-0.1345-0.19520.3382-0.2655-0.1949-0.3186-0.26960.20590.08960.3815-0.05140.03270.65460.080.291221.6220.2097-12.7608
230.6497-0.0079-0.26940.21790.28230.36990.07730.1586-0.1118-0.03890.14140.12630.28380.5869-0.11570.3553-0.0325-0.06880.57480.05840.223519.3236-5.6087-7.3481
240.0828-0.1498-0.04851.24530.21790.04090.71440.17190.1846-0.7476-0.5534-0.3180.291-0.0891-0.13210.5492-0.05070.12750.96370.08610.12819.281811.1372-32.8165
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 236:271)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 272:302)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 303:343)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 344:400)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 401:434)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 435:498)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 499:517)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 518:523)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 524:550)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 558:587)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 588:593)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 594:673)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 235:382)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 383:393)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 394:436)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 437:516)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 517:523)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 524:544)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 545:550)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 551:560)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 561:627)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 628:645)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 646:672)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 673:679)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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