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- PDB-4jdq: Structure of the Fluorescence Recovery Protein from Synechocystis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jdq
タイトルStructure of the Fluorescence Recovery Protein from Synechocystis sp PCC 6803, R60K mutant
要素Slr1964 protein
キーワードPROTEIN BINDING / photoprotection / non-photochemical quenching
機能・相同性Fluorescence recovery protein / : / Photoprotection regulator fluorescence recovery protein / plasma membrane-derived thylakoid membrane / Fluorescence recovery protein
機能・相同性情報
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Sutter, M. / Kerfeld, C.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of the FRP and identification of the active site for modulation of OCP-mediated photoprotection in cyanobacteria.
著者: Sutter, M. / Wilson, A. / Leverenz, R.L. / Lopez-Igual, R. / Thurotte, A. / Salmeen, A.E. / Kirilovsky, D. / Kerfeld, C.A.
履歴
登録2013年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Database references
改定 1.22013年6月26日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Slr1964 protein
B: Slr1964 protein
C: Slr1964 protein
D: Slr1964 protein
E: Slr1964 protein
F: Slr1964 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,1226
ポリマ－79,1226
非ポリマー00
水00
1
A: Slr1964 protein

C: Slr1964 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3742
ポリマ－26,3742
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_545x+1/2,-y-1/2,-z+3/41
Buried area1600 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11850 Å2
手法PISA
2
B: Slr1964 protein
D: Slr1964 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3742
ポリマ－26,3742
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12200 Å2
手法PISA
3
E: Slr1964 protein
F: Slr1964 protein

E: Slr1964 protein
F: Slr1964 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7484
ポリマ－52,7484
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area10290 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area19070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.406, 87.406, 229.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Slr1964 protein


分子量: 13186.942 Da / 分子数: 6 / 変異: R60K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: slr1964 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P74103

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 5% PEG-3350, 100mM Na-citrate, 2% tacsimate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00005 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月14日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.51→39.09 Å / Num. all: 11816 / Num. obs: 11769 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.51→3.7 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.01539 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1625 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.52→39.089 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2727 2076 9.94 %random
Rwork0.2334 ---
obs0.2372 11769 99.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.52→39.089 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4673 0 0 0 4673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044746
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6956393
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6231741
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046732
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002811
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.52-3.60450.37361310.38531169X-RAY DIFFRACTION93
3.6045-3.69460.32971340.31011254X-RAY DIFFRACTION100
3.6946-3.79440.30921400.30441285X-RAY DIFFRACTION100
3.7944-3.9060.31441350.29061253X-RAY DIFFRACTION100
3.906-4.03190.34011430.25831248X-RAY DIFFRACTION100
4.0319-4.17590.34351390.24961280X-RAY DIFFRACTION100
4.1759-4.34290.28991410.26091252X-RAY DIFFRACTION100
4.3429-4.54020.2821430.2451253X-RAY DIFFRACTION100
4.5402-4.77920.27591480.20511253X-RAY DIFFRACTION100
4.7792-5.07810.23461400.2131253X-RAY DIFFRACTION100
5.0781-5.46920.23541380.21681266X-RAY DIFFRACTION100
5.4692-6.01780.32071400.22741257X-RAY DIFFRACTION100
6.0178-6.88450.34251390.24391265X-RAY DIFFRACTION100
6.8845-8.65810.22211350.19541262X-RAY DIFFRACTION100
8.6581-39.09150.22081300.20031267X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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