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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jdq | ||||||
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タイトル | Structure of the Fluorescence Recovery Protein from Synechocystis sp PCC 6803, R60K mutant | ||||||
要素 | Slr1964 protein | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / photoprotection / non-photochemical quenching | ||||||
機能・相同性 | Fluorescence recovery protein / Photoprotection regulator fluorescence recovery protein / plasma membrane-derived thylakoid membrane / Fluorescence recovery protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Synechocystis sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.52 Å | ||||||
データ登録者 | Sutter, M. / Kerfeld, C.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013 タイトル: Crystal structure of the FRP and identification of the active site for modulation of OCP-mediated photoprotection in cyanobacteria. 著者: Sutter, M. / Wilson, A. / Leverenz, R.L. / Lopez-Igual, R. / Thurotte, A. / Salmeen, A.E. / Kirilovsky, D. / Kerfeld, C.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jdq.cif.gz | 123.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4jdq.ent.gz | 99.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jdq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4jdq_validation.pdf.gz | 467.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4jdq_full_validation.pdf.gz | 473.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4jdq_validation.xml.gz | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4jdq_validation.cif.gz | 28.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/4jdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/4jdq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13186.942 Da / 分子数: 6 / 変異: R60K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: slr1964 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P74103 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.59 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 5% PEG-3350, 100mM Na-citrate, 2% tacsimate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00005 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月14日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00005 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.51→39.09 Å / Num. all: 11816 / Num. obs: 11769 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 3.51→3.7 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.01539 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1625 / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.52→39.089 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.21 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.52→39.089 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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