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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jd9 | ||||||
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タイトル | Contact pathway inhibitor from a sand fly | ||||||
要素 | 14.5 kDa salivary protein | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / Odorant-binding protein / Binding protein / glycosaminoglycan / polyphosphate | ||||||
機能・相同性 | Pheromone/general odorant binding protein domain / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / odorant binding / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / 14.5 kDa salivary protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Phlebotomus duboscqi (昆虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.601 Å | ||||||
データ登録者 | Andersen, J.F. / Xu, X. / Alvarenga, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Arterioscler Thromb Vasc Biol / 年: 2013 タイトル: Novel family of insect salivary inhibitors blocks contact pathway activation by binding to polyphosphate, heparin, and dextran sulfate. 著者: Alvarenga, P.H. / Xu, X. / Oliveira, F. / Chagas, A.C. / Nascimento, C.R. / Francischetti, I.M. / Juliano, M.A. / Juliano, L. / Scharfstein, J. / Valenzuela, J.G. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jd9.cif.gz | 364.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4jd9.ent.gz | 315.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jd9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4jd9_validation.pdf.gz | 501.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4jd9_full_validation.pdf.gz | 517.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4jd9_validation.xml.gz | 35.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4jd9_validation.cif.gz | 49.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/4jd9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/4jd9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14533.743 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phlebotomus duboscqi (昆虫) / 遺伝子: K03, M03 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q06K46 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.87 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年2月22日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 53287 / Num. obs: 53283 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Χ2: 1.715 / Net I/σ(I): 7.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 48.14 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.601→46.369 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8332 / SU ML: 0.87 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.41 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.044 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 157.82 Å2 / Biso mean: 45.5332 Å2 / Biso min: 9.18 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.601→46.369 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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