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- PDB-4jcq: ClpP1 from Listeria monocytogenes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jcq
タイトルClpP1 from Listeria monocytogenes
要素ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
キーワードHYDROLASE / Pathogenic bacteria / Virulence factor / regulation / CLP protease family / inactive catalytic triad
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATP-dependent peptidase activity / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zeiler, E. / List, A. / Alte, F. / Gersch, M. / Wachtel, R. / Groll, M. / Sieber, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural and functional insights into caseinolytic proteases reveal an unprecedented regulation principle of their catalytic triad.
著者: Zeiler, E. / List, A. / Alte, F. / Gersch, M. / Wachtel, R. / Poreba, M. / Drag, M. / Groll, M. / Sieber, S.A.
履歴
登録2013年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22013年7月24日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
O: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
P: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Q: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
R: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
S: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
T: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
U: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
V: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
W: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
X: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Y: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Z: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
a: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
b: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)635,64528
ポリマ－635,64528
非ポリマー00
水52,2252899
1
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,9117
ポリマ－158,9117
非ポリマー00
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18100 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area45530 Å2
手法PISA
2
O: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
P: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Q: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
R: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
S: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
T: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
U: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,9117
ポリマ－158,9117
非ポリマー00
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18120 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area45500 Å2
手法PISA
3
V: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
W: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
X: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Y: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Z: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
a: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
b: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,9117
ポリマ－158,9117
非ポリマー00
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18080 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area45590 Å2
手法PISA
4
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,9117
ポリマ－158,9117
非ポリマー00
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18130 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area45580 Å2
手法PISA
5
O: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
P: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Q: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
R: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
S: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
T: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
U: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
V: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
W: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
X: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Y: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Z: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
a: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
b: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,82314
ポリマ－317,82314
非ポリマー00
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area42700 Å2
ΔGint-260 kcal/mol
Surface area84590 Å2
手法PISA
6
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,82314
ポリマ－317,82314
非ポリマー00
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area42710 Å2
ΔGint-260 kcal/mol
Surface area84630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.950, 109.060, 196.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.783632, -0.201136, 0.587763), (-0.171785, 0.839082, 0.51617), (-0.597002, -0.505456, 0.622979)2.36539, 3.1809, -35.90688
3given(0.297183, -0.617074, 0.72863), (-0.588704, 0.482383, 0.64864), (-0.751738, -0.621713, -0.219918)-17.14856, -13.27967, -61.18921
4given(-0.089892, -0.945091, 0.314202), (-0.933746, 0.18972, 0.303519), (-0.346464, -0.266101, -0.899529)-44.20602, -36.74932, -57.13957
5given(-0.093923, -0.933952, -0.344836), (-0.942377, 0.195112, -0.271765), (0.321098, 0.29944, -0.898461)-58.55433, -49.76192, -26.39679
6given(0.292987, -0.601464, -0.743236), (-0.616096, 0.475683, -0.627814), (0.731153, 0.641846, -0.231191)-49.11682, -42.33546, 7.62109
7given(0.784735, -0.176832, -0.594072), (-0.196309, 0.838197, -0.508811), (0.587923, 0.515903, 0.623049)-22.77611, -20.07582, 19.3903

-
要素

#1: タンパク質 ...
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp


分子量: 22701.615 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: clpP, lmo1138 / プラスミド: pDEST GATEWAY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q8Y7Y1, endopeptidase Clp
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2899 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M Li2SO4, 17% PEG3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit. Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 399725 / Num. obs: 398526 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V5E

3v5e


解像度: 2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.721 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.682 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21288 19927 5 %RANDOM
Rwork0.19179 ---
all0.21 378598 --
obs0.19283 378598 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.119 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.21 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数37660 0 0 2899 40559
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01938192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9131.9651604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.23254704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.999251792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.998157140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.39615252
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.26020
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0228196
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.045338192
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free21.9765918
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.624539669
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 1421 -
Rwork0.234 26969 -
obs--99.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1726-0.1137-0.00860.141-0.02970.0606-0.0087-0.007-0.022-0.01590.0038-0.0007-0.00010.00230.00490.0357-0.00440.00620.0282-0.00280.0357-45.22-49.3205-19.4365
20.1202-0.02140.02940.1579-0.11750.0918-0.00340.0329-0.0338-0.02160.0026-0.00450.00490.00160.00080.0439-0.00210.00330.0372-0.0130.033-38.1011-42.8065-44.8076
30.0859-0.0012-0.02110.2021-0.10950.2008-0.00140.0238-0.0228-0.0027-0.0063-0.01030.00750.0220.00770.0409-0.00110.00760.0606-0.00820.0328-18.5113-26.0217-53.0146
40.07220.01630.01910.21430.00540.1514-0.01330.04070.0084-0.00570.0048-0.02230.00780.00920.00850.0266-0.00110.01330.05690.00470.0443-1.232-11.459-38.0478
50.07970.0036-0.01930.02950.02990.04150.0072-0.0025-0.0042-0.0012-0.0009-0.0138-0.0010.0075-0.00620.00730.00490.00030.0197-0.00010.04060.5699-10.2811-10.969
60.0018-0.00010.00060.0010.00060.0007-0.0037-0.00350.0031-0.00290.0017-0.0008-0.00330.00120.0020.0166-0.001-0.00640.02350.0090.026-14.34-23.03697.7453
70.08120.00860.04340.04470.0720.1271-0.0036-0.0179-0.0168-0.00120.00550.0036-0.00120.0038-0.00190.0340.00020.00250.02540.00640.03-34.7022-40.57514.0202
80.0264-0.01990.02480.0206-0.02830.04050.0005-0.00510.0116-0.00390.0052-0.00140.007-0.0061-0.00570.03120.0013-0.00090.0301-0.00030.0305-35.785313.42034.8139
90.2107-0.07430.00940.0665-0.07110.1159-0.0261-0.00450.01540.0152-0.0098-0.0278-0.01880.01440.03590.0435-0.0039-0.01360.02290.00540.0479-25.310922.858-18.3498
100.1647-0.1354-0.03440.14070.08950.16390.00140.02950.0528-0.0212-0.0086-0.0391-0.01480.030.00720.0492-0.0085-0.00380.03990.0150.0294-32.470117.1744-43.8654
110.00320.0050.00360.09360.02530.00860.00190.01090.00420.0183-0.01050.01210.00350.00490.00850.0432-0.0009-0.00220.04910.00920.0109-52.10650.5429-52.4428
120.025-0.03820.03350.13730.02780.1560.00630.0111-0.0029-0.0304-0.00830.0059-0.0168-0.00070.0020.03320.0061-0.00570.03520.01110.023-69.2876-14.5066-37.8539
130.0610.0307-0.02330.0208-0.01450.0105-0.00930.011-0.0116-0.01170.0069-0.00390.0073-0.0060.00240.01720.0029-0.00590.01710.00660.0219-71.0953-16.4696-10.871
140.00360.015800.0830.00220.00110.0004-0.0032-0.0034-0.0014-0.0039-0.00570.00440.00020.00350.0229-0.0030.0060.022-0.0040.0227-56.1376-4.17238.0735
150.28180.1237-0.00390.0654-0.0510.2472-0.01080.00020.01990.00550.00090.004-0.0175-0.00160.00990.03860.0062-0.00480.0214-0.00420.0398-110.5095-31.5259-77.9436
160.26380.0138-0.05950.0277-0.05350.1101-0.0086-0.0190.0245-0.00020.00640.0002-0.0043-0.01590.00220.04540.004-0.00490.033-0.00970.0328-103.1077-38.3707-52.7385
170.05090.0741-0.03050.21620.00260.03990.0083-0.00570.0044-0.0042-0.01280.0168-0.0122-0.00420.00450.0363-0.00160.00120.03880.00460.0145-83.3072-55.2901-45.1429
180.0140.0394-0.03620.1539-0.07510.2047-0.0014-0.0104-0.00190.0064-0.0047-0.0087-0.00810.01240.00610.02750.0014-0.00660.0374-0.00710.0276-66.2074-69.5498-60.6123
190.01840.0126-0.00560.05390.01440.0103-0.0066-0.0103-0.00610.00540.0089-0.00690.0020.0138-0.00230.0175-0.0032-0.00280.0245-0.00630.0269-64.6418-70.3375-87.6337
200.0837-0.00830.01630.0056-0.00360.0043-0.00440.0259-0.0097-0.00050.00620.00140.0010.0013-0.00180.0108-0.0044-0.00120.02590.00560.0126-79.8889-57.3128-105.853
210.12980.0154-0.00430.03410.04770.0744-0.00370.01180.01470.00710.00250.00590.00360.00270.00120.0330.0015-0.00070.03050.00410.032-100.1764-39.8776-101.6092
220.13280.00820.04570.0341-0.05370.1135-0.00050.0096-0.0148-0.00230.0044-0.007-0.0011-0.0055-0.00390.031-0.00070.00280.0243-0.00310.0316-101.1345-93.8952-103.2801
230.21730.0867-0.02940.0395-0.0270.09390.00010.0048-0.02070.00810.0059-0.00720.0066-0.0104-0.00610.03910.00520.00380.0223-0.00030.0357-90.4463-103.6277-80.4069
240.35920.03570.01680.10970.10580.10630.0002-0.0203-0.04390.0078-0.009-0.0016-0.0006-0.00650.00880.0480.00080.00380.02710.01160.0312-97.2447-98.2886-54.651
250.01220.01070.0110.01810.04230.13750.0109-0.0148-0.00810.0042-0.0131-0.0043-0.0013-0.00320.00220.0375-0.00010.00030.04660.00490.0266-116.7839-81.9153-45.3962
260.01620.00550.00410.00260.00120.0014-0.000800.001-0.00050-0.0051-0.00080.00390.00080.05510.00060.00110.05670.00090.0566-89.9113-49.273-52.7913
270.00840.0202-0.00970.1264-0.01560.01950.00390.0029-0.0010.01440.00850.0056-0.0039-0.0021-0.01240.0108-0.0070.00560.02680.00080.0357-136.3091-64.4333-86.6316
280.103-0.015-0.03490.00250.00510.0151-0.00410.01030.01420.00170.002-0.0007-0.006-0.0060.00210.02440.006-0.00390.0169-0.00470.0266-121.6118-76.3751-106.0007
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 190
2X-RAY DIFFRACTION2B13 - 190
3X-RAY DIFFRACTION3C13 - 190
4X-RAY DIFFRACTION4D13 - 190
5X-RAY DIFFRACTION5E13 - 190
6X-RAY DIFFRACTION6F13 - 190
7X-RAY DIFFRACTION7G13 - 190
8X-RAY DIFFRACTION8H13 - 190
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10X-RAY DIFFRACTION10J13 - 190
11X-RAY DIFFRACTION11K13 - 190
12X-RAY DIFFRACTION12L13 - 190
13X-RAY DIFFRACTION13M13 - 190
14X-RAY DIFFRACTION14N13 - 190
15X-RAY DIFFRACTION15O13 - 190
16X-RAY DIFFRACTION16P13 - 190
17X-RAY DIFFRACTION17Q13 - 190
18X-RAY DIFFRACTION18R13 - 190
19X-RAY DIFFRACTION19S13 - 190
20X-RAY DIFFRACTION20T13 - 190
21X-RAY DIFFRACTION21U13 - 190
22X-RAY DIFFRACTION22V13 - 190
23X-RAY DIFFRACTION23W13 - 190
24X-RAY DIFFRACTION24X13 - 190
25X-RAY DIFFRACTION25Y13 - 190
26X-RAY DIFFRACTION26A301 - 388
27X-RAY DIFFRACTION26B301 - 393
28X-RAY DIFFRACTION26C301 - 380
29X-RAY DIFFRACTION26D301 - 372
30X-RAY DIFFRACTION26E301 - 402
31X-RAY DIFFRACTION26F301 - 435
32X-RAY DIFFRACTION26G301 - 407
33X-RAY DIFFRACTION26H301 - 389
34X-RAY DIFFRACTION26I301 - 381
35X-RAY DIFFRACTION26J301 - 387
36X-RAY DIFFRACTION26K301 - 411
37X-RAY DIFFRACTION26L301 - 408
38X-RAY DIFFRACTION26M301 - 434
39X-RAY DIFFRACTION26N301 - 447
40X-RAY DIFFRACTION26O301 - 383
41X-RAY DIFFRACTION26P301 - 376
42X-RAY DIFFRACTION26Q301 - 400
43X-RAY DIFFRACTION26R301 - 399
44X-RAY DIFFRACTION26S301 - 424
45X-RAY DIFFRACTION26T301 - 457
46X-RAY DIFFRACTION26U301 - 393
47X-RAY DIFFRACTION26V301 - 406
48X-RAY DIFFRACTION26W301 - 393
49X-RAY DIFFRACTION26X301 - 384
50X-RAY DIFFRACTION26Y301 - 390
51X-RAY DIFFRACTION26Z301 - 393
52X-RAY DIFFRACTION26a301 - 424
53X-RAY DIFFRACTION26b301 - 443
54X-RAY DIFFRACTION27a13 - 190
55X-RAY DIFFRACTION28b13 - 190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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