PDB-4jcp: Structure of Cyclophilin B from Brugia malayi

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jcp

タイトル

Structure of Cyclophilin B from Brugia malayi

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

キーワード

ISOMERASE / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / cyclophilin B / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases

機能・相同性

Cyclophilin-like / Cyclophilin / Beta Barrel / Mainly Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Brugia malayi (マレー糸状虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of Cyclophilin B from Brugia malayi
著者: Clifton, M.C. / Abendroth, J.A. / Taylor, B.

履歴

登録	2013年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jcp.cif.gz	82.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jcp.ent.gz	60.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jcp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/4jcp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/4jcp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dywS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3tsk-d 3gpq-2 4e1q-d 2f63-d 6rt4-2 3gpo-2 5dwf-2 1uux-d 1rmz-d 5i4o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BrmaA.01375.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

ヘテロ分子

19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.830, 57.830, 97.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-445- HOH

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 分子量: 18809.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brugia malayi (マレー糸状虫) / 遺伝子: Bm1_55850 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8QGU4, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.52 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 23.4 mg/ml BrmaA.01375.b, 3.15M ammonium sulfate, 100mM sodium citrate pH 5, direct cryoprotection. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.13 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月18日

放射

モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.13 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→19.81 Å / Num. obs: 23092 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 19.512 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 21.81

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.65-1.69		0.404	4.32	9171	1549	91.5
1.69-1.74		0.37	5.6	11873	1624	98.5
1.74-1.79		0.328	6.92	13366	1609	100
1.79-1.84		0.254	8.79	12954	1550	100
1.84-1.91		0.21	10.39	12485	1500	100
1.91-1.97		0.159	13.5	12312	1472	100
1.97-2.05		0.133	15.78	11887	1422	100
2.05-2.13		0.109	18.59	11593	1387	100
2.13-2.22		0.094	21.62	11061	1322	100
2.22-2.33		0.086	23.54	10230	1230	100
2.33-2.46		0.082	24.32	9990	1194	100
2.46-2.61		0.074	26.25	9574	1155	100
2.61-2.79		0.062	30.44	8930	1080	100
2.79-3.01		0.052	35.43	8228	996	100
3.01-3.3		0.043	42.9	7557	920	99.9
3.3-3.69		0.035	48.75	6868	857	100
3.69-4.26		0.032	51.07	5926	757	99.9
4.26-5.22		0.029	54.29	5129	652	99.8
5.22-7.38		0.035	45.06	4032	516	99.8
	7.38	0.028	52.8	2138	300	93.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.02 Å	19.81 Å
Translation	5.02 Å	19.81 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DYW

1dyw

解像度: 1.65→19.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.1676 / WR_factor R_work: 0.1421 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8956 / SU B: 2.726 / SU ML: 0.049 / SU R Cruickshank DPI: 0.0827 / SU R_free: 0.0835 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1875	1191	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1575	-	-	-
obs	0.159	23057	99.18 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 41.47 Å² / B_iso mean: 13.7582 Å² / B_iso min: 6.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	0.2 Å²	-0 Å²
2-	-	0.2 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1263	0	21	213	1497

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.289	1.953	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.756	3	2853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.055	5	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.503	23.5	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.801	15	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.901	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	195
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	331
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.511	0.652	691
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.505	0.651	690
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.919	0.973	865

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	96	-
R_work	0.187	1447	-
all	-	1543	-
obs	-	-	91.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7357	0.1142	0.1524	0.4271	0.1568	0.4356	-0.0215	0.0021	-0.0411	0.012	0.001	-0.0432	0.0234	0.0506	0.0205	0.045	0.0131	0.0005	0.0392	0.0041	0.0459	6.7389	37.4507	12.1387
2	0.6266	-0.0386	0.1195	1.1228	-0.3369	0.7412	-0.0347	-0.0543	0.0562	0.0394	0.0263	0.0217	-0.0432	-0.0145	0.0085	0.0404	0.0186	0.0014	0.0317	-0.0036	0.0266	3.731	48.2605	15.0765
3	1.6097	-1.5279	0.2131	1.9727	0.3589	2.1376	0.1573	0.1999	-0.0327	-0.1943	-0.1454	0.015	-0.0426	0.0435	-0.0119	0.0615	0.0031	0.0107	0.0342	-0.0026	0.0435	2.0032	47.8925	2.0245
4	7.8348	-5.5735	3.2805	5.7778	-2.3813	1.9039	0.0691	-0.0099	-0.0702	-0.0768	-0.0654	0.1785	0.0793	-0.0561	-0.0036	0.044	0.0091	0.0138	0.0458	-0.0174	0.0238	-2.9528	38.6458	5.4233

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	51 - 135
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	136 - 158
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	159 - 170

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