PDB-4jcf: S268F Variant of JC Polyomavirus Major Capsid Protein VP1 in Comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jcf

タイトル

S268F Variant of JC Polyomavirus Major Capsid Protein VP1 in Complex with LSTc

要素

Major capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / beta-sandwich / jelly roll topology / major capsid protein / PML-associated VP1 mutation / LSTc receptor motif

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Stehle, T. / Stroh, L.J.

引用

ジャーナル: MBio / 年: 2013
タイトル: Progressive multifocal leukoencephalopathy-associated mutations in the JC polyomavirus capsid disrupt lactoseries tetrasaccharide c binding.
著者: Maginnis, M.S. / Stroh, L.J. / Gee, G.V. / O'Hara, B.A. / Derdowski, A. / Stehle, T. / Atwood, W.J.

履歴

登録	2013年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jcf.cif.gz	504.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jcf.ent.gz	416.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jcf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4jcf_validation.pdf.gz	835.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jcf_full_validation.pdf.gz	837.7 KB	表示
XML形式データ	4jcf_validation.xml.gz	53.9 KB	表示
CIF形式データ	4jcf_validation.cif.gz	77.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/4jcf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/4jcf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4jcdC 4jceC 3nxgS 3nxd S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nxd-d 4x16-d 4jcd-d 4x0y-d 4x12-d 4we0-d 4x0z-d 4x11-d 4x10-d 4x13-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

登録構造単位

C: Major capsid protein VP1

A: Major capsid protein VP1

B: Major capsid protein VP1

D: Major capsid protein VP1

E: Major capsid protein VP1

ヘテロ分子

152 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.970, 96.060, 128.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.36, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.443486, 0.850489, 0.282823), (-0.855099, 0.30694, 0.417843), (0.268562, -0.427149, 0.863376)	10.83471, 20.63783, -5.27882
3	given	(-0.447299, 0.514681, 0.731456), (-0.529086, -0.811653, 0.247564), (0.721104, -0.276268, 0.635362)	31.42373, 15.49269, -15.56462
4	given	(-0.440194, -0.535684, 0.720606), (0.520924, -0.806034, -0.280974), (0.731346, 0.251698, 0.633862)	33.25585, -7.95942, -16.89066
5	given	(0.449753, -0.85095, 0.271307), (0.847068, 0.310077, -0.431658), (0.283193, 0.423954, 0.86027)	13.93551, -17.62242, -7.13992

#1: タンパク質

Major capsid protein VP1 / Major structural protein VP1

分子量: 30135.955 Da / 分子数: 5 / 変異: S268F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03089

#2: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 6'-sialyl-N-acetyllactosamine

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 糖鎖要素 / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 6'-sialyl-N-acetyllactosamine

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b6-c2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 838 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M KSCN, 12% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月15日
放射	モノクロメーター: Bartels Monochromator (DCCM) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→47 Å / Num. all: 86277 / Num. obs: 86277 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 29.2 Å² / Net I/σ(I): 11.61
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique all: 6184 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
RemDAq		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3NXG

3nxg

解像度: 2.2→44.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 7.96 / SU ML: 0.105 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20058	4321	5 %	RANDOM
R_work	0.16368	-	-	-
obs	0.16554	81956	99.57 %	-
all	-	86277	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.401 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9952	0	80	838	10870

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	10346
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	9550
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.335	1.958	14095
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.739	3	21987
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.472	5	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.611	24.261	467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.103	15	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.846	15	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	11825
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	285	-
R_work	0.217	5882	-
obs	-	6167	96.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6336	-0.3394	0.9112	0.2108	-0.3831	2.1642	-0.0417	-0.0079	0.04	0.0069	0.0278	-0.0413	-0.173	0.0041	0.0139	0.0351	-0.0221	-0.0045	0.0553	0.0188	0.0607	62.7324	15.5687	22.9889
2	0.2391	-0.0907	0.3446	0.1621	-0.0502	0.5632	-0.0195	0.0511	0.0323	-0.0029	-0.0223	-0.0029	-0.03	0.0699	0.0418	0.0222	-0.0222	0.0011	0.0669	0.0337	0.04	57.4	11.4503	17.1786
3	0.1397	-0.2251	0.0649	0.4084	-0.1966	0.2594	0.0047	0.0402	-0.0028	0.0034	-0.0509	-0.0052	-0.0284	0.0489	0.0462	0.0183	-0.0181	0.0099	0.0931	0.0202	0.0445	54.1028	3.8494	12.4229
4	0.2236	-0.091	-0.1476	0.5659	0.2836	0.5693	-0.0425	0.0864	0.0151	0.0014	-0.0269	0.0006	0.0323	0.0438	0.0694	0.0134	-0.009	0.0038	0.075	0.0142	0.0441	58.6681	0.9155	17.4731
5	0.8734	-0.0331	1.02	0.1054	0.0847	1.3508	-0.035	0.0297	0.0076	0.0049	0.0156	0.0088	-0.0331	0.0293	0.0194	0.029	-0.0145	-0.0036	0.0547	0.0228	0.0483	59.87	10.6101	25.156
6	1.8499	0.6545	1.9514	0.2603	0.7506	3.4399	-0.0423	-0.1559	0.0426	-0.0052	-0.0297	0.0382	-0.1998	-0.1221	0.072	0.0368	0.016	-0.0046	0.0327	0.0089	0.0534	41.3585	30.4525	45.6232
7	0.05	-0.0185	0.0136	0.2706	-0.3528	0.464	-0.0468	0.0503	0.0672	0.1235	-0.0117	-0.059	-0.1593	-0.0082	0.0585	0.093	-0.0227	-0.0711	0.0632	0.0621	0.0989	35.523	32.1282	24.5985
8	0.7974	0.2563	0.2879	0.1005	0.0552	0.202	0.0034	0.0158	-0.0028	0.0085	0.0165	-0.0029	0.0118	-0.0187	-0.0199	0.0454	0.02	-0.0028	0.047	0.01	0.0682	28.0838	18.3993	28.6016
9	0.3761	-0.1879	-0.0041	0.1042	-0.0636	0.8359	-0.0322	0.0058	0.0571	0.0093	0.0029	-0.02	-0.0849	0.04	0.0293	0.0538	-0.0243	-0.0167	0.0199	0.0307	0.0794	46.8085	28.5624	21.345
10	0.5	0.2085	0.4571	0.1651	0.2264	0.8474	-0.0402	0.0232	0.0445	0.0141	0.0054	0.0042	-0.0366	0.0091	0.0348	0.0345	0.0115	0.0028	0.0337	0.0037	0.0575	37.1051	23.4437	35.4164
11	0.6669	0.4551	1.443	0.4415	0.7919	3.4062	0.017	-0.0704	0.0117	0.0629	-0.009	0.0297	-0.0331	-0.2143	-0.008	0.0234	0.0268	0.0037	0.0661	-0.0102	0.0349	14.1048	5.2443	48.68
12	0.1884	-0.0373	0.395	0.3661	-0.1588	1.4263	0.0116	-0.0419	0.0212	0.0115	-0.0055	0.0412	0.0026	-0.1479	-0.0061	0.0068	0.0149	0.0056	0.0685	0.004	0.0424	13.2989	12.0657	41.1837
13	0.0894	-0.0057	0.0615	0.6329	0.047	0.0511	0.0082	-0.0311	0.0127	-0.061	-0.0117	-0.0084	-0.0059	-0.0413	0.0035	0.0162	0.0234	0.0163	0.086	0.0116	0.0582	15.9831	7.3901	29.5131
14	0.1081	0.0484	-0.0626	0.4592	-0.2695	0.3419	0.0091	0.0134	0.0491	0.016	-0.0246	-0.0161	-0.0112	-0.0689	0.0155	0.0276	0.0167	0.0059	0.0507	-0.0064	0.0647	18.9244	17.1657	37.1117
15	0.1825	0.0524	0.6196	0.2448	0.2448	2.1818	-0.0112	0.016	0.005	0.0303	-0.0046	0.0005	-0.0216	-0.002	0.0159	0.0207	0.0066	0.0107	0.0624	0.0009	0.0477	19.3197	7.2201	45.509
16	0.4394	-0.1146	1.0936	0.1222	0.0928	4.5182	0.0367	-0.063	-0.1324	-0.0151	0.0791	0.0632	0.1047	0.003	-0.1158	0.0132	-0.0253	0.0069	0.073	0.0069	0.0834	28.9483	-25.0005	40.5382
17	0.6887	-0.3941	0.6407	0.2583	-0.3275	1.2604	0.0171	0.021	-0.05	0.0071	-0.0082	0.0309	0.1385	-0.064	-0.0089	0.0288	-0.0178	0.0061	0.0247	-0.009	0.0664	20.8979	-20.2259	36.9985
18	0.368	-0.0133	-0.1035	0.0097	0.0442	0.2219	0.0216	0.0198	-0.0345	0.0045	-0.0058	0.0021	0.0233	-0.0329	-0.0158	0.0284	-0.0222	0.0064	0.0434	-0.0081	0.0776	22.6725	-14.5186	26.0316
19	0.6369	-0.3153	-0.0487	0.2331	-0.0642	0.354	0.0041	0.0082	0.0518	0.0079	0.0162	0.0076	0.0587	-0.0644	-0.0203	0.0236	-0.0177	0.0124	0.0439	-0.0019	0.063	18.3163	-12.3672	37.411
20	0.3849	-0.0728	0.389	0.0191	-0.1638	2.1202	-0.0373	-0.0093	-0.0272	0.0016	0.0053	0.0008	0	-0.0209	0.0321	0.0291	-0.0041	0.0061	0.0324	-0.0169	0.0527	28.754	-18.65	40.6465
21	0.5607	-0.1105	1.1693	0.363	-0.462	2.6802	0.0394	0.1104	-0.0527	0.006	0.0194	0.0027	0.0321	0.2083	-0.0588	0.0314	0.0099	-0.0047	0.056	-0.0129	0.0493	57.9792	-18.5316	24.5035
22	1.7539	0.1101	1.3691	0.0089	0.1032	1.562	0.016	0.169	-0.0885	0.0051	0.0044	0.0017	0.2016	0.1464	-0.0204	0.0769	0.0156	0.0036	0.0287	-0.0273	0.0573	47.2181	-24.7508	17.2268
23	0.0381	0.0468	-0.0108	0.0674	-0.0089	0.2381	0.0066	0.0097	0.013	-0.0003	0.0004	0.0358	0.0292	0.0654	-0.0069	0.035	0.0156	-0.0002	0.0562	-0.0137	0.0718	48.0376	-12.4524	20.5223
24	0.2116	0.242	0.0217	0.3245	0.0043	0.3867	0.0043	0.0044	0.0056	-0.0237	-0.0321	0.0257	0.0734	0.0126	0.0278	0.0403	0.0129	-0.0021	0.0352	-0.0143	0.068	42.2377	-23.234	23.5496
25	0.58	-0.1888	0.6915	0.2672	-0.3387	1.0521	-0.0016	0.0044	-0.01	-0.0072	-0.0325	0.0293	0.0119	0.0498	0.0341	0.0238	0.005	0.0134	0.0418	-0.012	0.053	53.8696	-16.6422	28.527

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	25 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	61 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	128 - 169
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	170 - 232
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	233 - 288
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	24 - 48
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	49 - 101
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	102 - 148
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	149 - 220
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	221 - 288
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	25 - 58
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	59 - 110
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	111 - 168
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	169 - 231
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	232 - 288
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	24 - 58
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	59 - 110
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	111 - 168
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	169 - 232
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	233 - 288
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	24 - 61
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	62 - 90
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	99 - 160
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	161 - 231
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	232 - 288

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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