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- PDB-4jc8: Crystal Structure of HOPS component Vps33 from Chaetomium thermophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jc8
タイトルCrystal Structure of HOPS component Vps33 from Chaetomium thermophilum
要素HOPS component Vps33
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Membrane trafficking / SM protein / HOPS complex / thermophile
機能・相同性
機能・相同性情報


ligase activity / vesicle-mediated transport
類似検索 - 分子機能
Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3b / Vacuolar protein sorting-associated protein 33, domain 3b / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 2 / Syntaxin Binding Protein 1; Chain A, domain 2 / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3a / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 1 / Sec1-like, domain 1 / Sec1-like protein / Sec1-like, domain 2 / Sec1-like superfamily ...Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3b / Vacuolar protein sorting-associated protein 33, domain 3b / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 2 / Syntaxin Binding Protein 1; Chain A, domain 2 / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3a / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 1 / Sec1-like, domain 1 / Sec1-like protein / Sec1-like, domain 2 / Sec1-like superfamily / Sec1-like, domain 3a / Sec1 family / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small conjugating protein ligase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Baker, R.W. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of the Sec1/Munc18 (SM) Protein Vps33, Alone and Bound to the Homotypic Fusion and Vacuolar Protein Sorting (HOPS) Subunit Vps16*
著者: Baker, R.W. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.
履歴
登録2013年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22013年11月20日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HOPS component Vps33
B: HOPS component Vps33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,7312
ポリマ－148,7312
非ポリマー00
水4,053225
1
A: HOPS component Vps33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3651
ポリマ－74,3651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HOPS component Vps33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3651
ポリマ－74,3651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area50540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.936, 64.436, 151.685
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HOPS component Vps33


分子量: 74365.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: thermophilum DSM 1495 / 遺伝子: CTHT_0057760 / プラスミド: pQLinkH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0SCM5*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE PUBLISHED SEQUENCE ERRONEOUSLY CONTAINS AN E2 DOMAIN AT THE N-TERMINUS. THE SEQUENCE IN THIS ...THE PUBLISHED SEQUENCE ERRONEOUSLY CONTAINS AN E2 DOMAIN AT THE N-TERMINUS. THE SEQUENCE IN THIS ENTRY CORRESPONDS TO THE CORRECT SEQUENCE OF CHAETOMIUM THERMOPHILUM VPS33 THAT CONTAINS JUST THE SM PROTEIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 12% (w/v) PEG 3350, 10 mM barium chloride, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.97930, 0.9640
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月7日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.9641
Reflection冗長度: 3.5 % / 数: 128255 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.25 / D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 36754 / % possible obs: 95.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.325099.410.042.8943.6
5.817.3299.810.0521.7313.5
5.085.8110010.0581.8923.7
4.625.0899.910.0491.6073.7
4.294.6210010.0471.3353.7
4.034.2999.810.0531.2263.7
3.834.0310010.0611.233.7
3.663.8399.610.0741.1333.6
3.523.6698.510.0861.1183.5
3.43.5297.410.1061.0773.4
3.33.494.910.1381.0483.4
3.23.393.310.1630.9893.4
3.123.292.610.1940.9473.4
3.043.1290.410.2330.9183.4
2.973.0490.310.2920.8993.4
2.912.9790.910.3380.8643.4
2.852.9190.610.4050.8673.4
2.82.8589.110.4430.8343.4
2.752.89010.490.783.4
2.72.7589.810.5770.8253.3
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 43028 / Num. obs: 43028 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 46.7 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.09 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHARP位相決定
PHENIXdev_1144精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→35.951 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 25.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2469 2153 5.01 %Random
Rwork0.1846 ---
obs0.1877 43008 99.73 %-
all-43008 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.73 Å2 / Biso mean: 25.2416 Å2 / Biso min: 1.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→35.951 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9340 0 0 225 9565
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099484
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21812789
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761467
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061652
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7883579
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.66050.3331460.249327132859100
2.6605-2.7270.3041400.236426832823100
2.727-2.80070.29891290.226527432872100
2.8007-2.88310.28261400.226926892829100
2.8831-2.97610.29151540.223326822836100
2.9761-3.08240.31821690.220227132882100
3.0824-3.20580.28631430.206126962839100
3.2058-3.35160.26141290.20327402869100
3.3516-3.52810.28071340.191127112845100
3.5281-3.74890.25371510.171627152866100
3.7489-4.0380.20191470.15652740288799
4.038-4.44370.22961440.152227002844100
4.4437-5.08520.18941360.154427622898100
5.0852-6.40090.26211360.195127662902100
6.4009-35.95420.20741550.17262802295799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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