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万見
- PDB-4jbz: Structure of Mcm10 coiled-coil region -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jbz
タイトルStructure of Mcm10 coiled-coil region
要素MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN FUSED WITH XENOPUS LAEVIS MCM10 COILED-COIL REGION
キーワードREPLICATION (DNA複製) / COILED-COIL (コイルドコイル) / THREE-HELIX BUNDLE (ヘリックスバンドル) / MINICHROMOSOME MAINTENANCE (MCM複合体) / DNA REPLICATION (DNA複製)
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / DNA replication initiation / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / DNA replication initiation / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / single-stranded DNA binding / outer membrane-bounded periplasmic space / double-stranded DNA binding / ペリプラズム / DNA damage response / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Replication factor Mcm10, C-terminal / Mcm10 replication factor / Mcm10 replication factor / Zinc finger, Mcm10/DnaG-type / Minichromosome maintenance protein 10 / Primase zinc finger / Immunoglobulin FC, subunit C / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. ...Replication factor Mcm10, C-terminal / Mcm10 replication factor / Mcm10 replication factor / Zinc finger, Mcm10/DnaG-type / Minichromosome maintenance protein 10 / Primase zinc finger / Immunoglobulin FC, subunit C / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Nucleic acid-binding, OB-fold / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Protein MCM10 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Du, W. / Adhikary, S. / Eichman, B.F.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Mcm10 self-association is mediated by an N-terminal coiled-coil domain.
著者: Du, W. / Josephrajan, A. / Adhikary, S. / Bowles, T. / Bielinsky, A.K. / Eichman, B.F.
履歴
登録2013年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月1日Group: Other
改定 1.22017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN FUSED WITH XENOPUS LAEVIS MCM10 COILED-COIL REGION
B: MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN FUSED WITH XENOPUS LAEVIS MCM10 COILED-COIL REGION
C: MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN FUSED WITH XENOPUS LAEVIS MCM10 COILED-COIL REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,4176
ポリマ－132,3903
非ポリマー1,0273
水8,035446
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area45640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.377, 116.618, 73.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-620-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN FUSED WITH XENOPUS LAEVIS MCM10 COILED-COIL REGION


分子量: 44130.125 Da / 分子数: 3
断片: MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN: unp residues 27-392, XENOPUS LAEVIS MCM10 COILED-COIL REGION (RESIDUES 95-124)
変異: D82A, K83A, E172A, N173A, K239A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
株: MS 21-1 / 遺伝子: HMPREF9530_03068, Mcm10 / プラスミド: PMALXE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q5EAW4
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FUSION PROTEIN OF A MUTANT FORM OF MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN AND REPLICATION FACTOR MCM10 ...FUSION PROTEIN OF A MUTANT FORM OF MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN AND REPLICATION FACTOR MCM10 COILED COIL REGION WITH LINKER REGION NAAAMG. PDB RESIDUES 373-402 CORRESPOND TO XENOPUS LAEVIS MCM10 RESIDUES 95-124.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.24 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1M sodium acetate, 0.1M NaCl, 0.1M CaCl2, 15% PEG 2K,5% (w/v) N-dodecyl-beta-D-maltoside, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 193.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月7日
放射モノクロメーター: Kohzu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 59496 / Num. obs: 59496 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.069
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.401 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3H4Z

3h4z


解像度: 2.4→29.154 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.98 / 位相誤差: 21.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 2990 5.02 %random
Rwork0.1637 ---
obs0.1658 59488 98 %-
all-116760 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.154 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8865 0 69 446 9380
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089144
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10512490
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3983176
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061619
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.393-2.42020.23931760.20833271X-RAY DIFFRACTION87
2.4202-2.44860.28582150.20083530X-RAY DIFFRACTION93
2.4486-2.47850.27711900.19693492X-RAY DIFFRACTION95
2.4785-2.50980.24591440.19593641X-RAY DIFFRACTION94
2.5098-2.54290.25132050.1913569X-RAY DIFFRACTION95
2.5429-2.57770.23371710.18773622X-RAY DIFFRACTION96
2.5777-2.61450.2421740.18773614X-RAY DIFFRACTION95
2.6145-2.65350.24141690.17513626X-RAY DIFFRACTION96
2.6535-2.69490.27321850.18643669X-RAY DIFFRACTION97
2.6949-2.73910.19471990.18793633X-RAY DIFFRACTION97
2.7391-2.78630.25181980.19373735X-RAY DIFFRACTION98
2.7863-2.83690.25781790.18693784X-RAY DIFFRACTION99
2.8369-2.89140.25151810.18413703X-RAY DIFFRACTION99
2.8914-2.95040.22991930.18923786X-RAY DIFFRACTION99
2.9504-3.01440.23852200.18353707X-RAY DIFFRACTION100
3.0144-3.08450.23192130.17883798X-RAY DIFFRACTION100
3.0845-3.16150.20891750.19043803X-RAY DIFFRACTION100
3.1615-3.24690.25682220.18313755X-RAY DIFFRACTION100
3.2469-3.34230.22861900.18123801X-RAY DIFFRACTION100
3.3423-3.450.18132100.16743745X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.57310.20032250.16313696X-RAY DIFFRACTION100
3.5731-3.71590.21652130.16273789X-RAY DIFFRACTION100
3.7159-3.88470.18552060.15033767X-RAY DIFFRACTION100
3.8847-4.0890.19822120.14523769X-RAY DIFFRACTION100
4.089-4.34440.14161820.13293781X-RAY DIFFRACTION100
4.3444-4.67860.16751840.12833756X-RAY DIFFRACTION100
4.6786-5.14710.18311750.12623811X-RAY DIFFRACTION100
5.1471-5.88650.19352220.15753744X-RAY DIFFRACTION100
5.8865-7.39630.16952300.16453757X-RAY DIFFRACTION100
7.3963-29.15660.18052040.1523744X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.273-0.086-0.01331.4397-0.47121.36980.0680.18-0.0738-0.11410.0393-0.07930.11960.132-0.08380.2046-0.00020.00580.233-0.05960.14015.593635.6204-19.3607
22.76260.42810.09261.59860.131.16620.0354-0.1580.24050.072-0.00380.3789-0.1221-0.2966-0.02470.28840.08420.02680.34460.02630.3699-36.490460.668-22.1466
32.85530.18-0.13532.32180.34051.33850.1492-0.2566-0.24210.2898-0.03220.35930.3004-0.2528-0.12780.4318-0.2005-0.07150.43210.04070.4372-37.613812.0146-17.4964
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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