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万見
- PDB-2kwq: Mcm10 C-terminal DNA binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kwq
タイトルMcm10 C-terminal DNA binding domain
要素Protein MCM10 homolog
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Mcm10 / DNA replication / DNA binding / Zinc motif / Zinc ribbon
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear replication fork / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / single-stranded DNA binding / DNA damage response / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Replication factor Mcm10, C-terminal / : / Mcm10, C-terminal zinc binding motif / Mcm10 replication factor / Zinc finger, Mcm10/DnaG-type / Minichromosome maintenance protein 10 / Primase zinc finger / MCM10 OB-fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein MCM10 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 3
データ登録者Robertson, P.D. / Chagot, B. / Chazin, W.J. / Eichman, B.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Solution NMR structure of the C-terminal DNA binding domain of Mcm10 reveals a conserved MCM motif.
著者: Robertson, P.D. / Chagot, B. / Chazin, W.J. / Eichman, B.F.
履歴
登録2010年4月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_sample_details ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_sample_details.contents ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein MCM10 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7273
ポリマ－10,5961
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein MCM10 homolog


分子量: 10596.490 Da / 分子数: 1
断片: C-terminal DNA binding domain (UNP residues 755-842)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: mcm10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5EAW4
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1352D 1H-1H TOCSY
1452D 1H-1H NOESY
1552D 1H-1H COSY
1643D CBCA(CO)NH
1743D HNCO
1843D HN(CA)CB
1943D HBHA(CO)NH
11013D HNHA
11143D H(CCO)NH
11243D C(CO)NH
11313D 1H-15N NOESY
11433D 1H-13C NOESY
11513D (HB)CB(CGCD)HD

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1920 uM [U-100% 15N] entity_1-1, 25 mM sodium phosphate-2, 100 mM sodium chloride-3, 5 % D2O-4, 95 % H2O-5, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
2300 uM [U-100% 15N] entity_1-6, 25 mM sodium phosphate-7, 100 mM sodium chloride-8, 5 % D2O-9, 95 % H2O-10, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
3920 uM [U-100% 13C] entity_1-11, 25 mM sodium phosphate-12, 100 mM sodium chloride-13, 5 % D2O-14, 95 % H2O-15, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
4920 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-16, 25 mM sodium phosphate-17, 100 mM sodium chloride-18, 5 % D2O-19, 95 % H2O-20, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
5920 uM entity_1-21, 25 mM sodium phosphate-22, 100 mM sodium chloride-23, 5 % D2O-24, 95 % H2O-25, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
920 uMentity_1-1[U-100% 15N]1
25 mMsodium phosphate-21
100 mMsodium chloride-31
5 %D2O-41
95 %H2O-51
300 uMentity_1-6[U-100% 15N]2
25 mMsodium phosphate-72
100 mMsodium chloride-82
5 %D2O-92
95 %H2O-102
920 uMentity_1-11[U-100% 13C]3
25 mMsodium phosphate-123
100 mMsodium chloride-133
5 %D2O-143
95 %H2O-153
920 uMentity_1-16[U-100% 13C; U-100% 15N]4
25 mMsodium phosphate-174
100 mMsodium chloride-184
5 %D2O-194
95 %H2O-204
920 uMentity_1-215
25 mMsodium phosphate-225
100 mMsodium chloride-235
5 %D2O-245
95 %H2O-255
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
SparkyGoddardpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: restrained molecular dynamics
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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