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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jbk | ||||||
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タイトル | Molecular basis for abrogation of activation of pro-inflammatory cytokines | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / OB fold / DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of AIM2 inflammasome complex assembly / cellular response to interferon-beta / activation of innate immune response / negative regulation of innate immune response / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / protein homooligomerization / double-stranded DNA binding / protein homotetramerization / molecular adaptor activity / inflammatory response ...negative regulation of AIM2 inflammasome complex assembly / cellular response to interferon-beta / activation of innate immune response / negative regulation of innate immune response / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / protein homooligomerization / double-stranded DNA binding / protein homotetramerization / molecular adaptor activity / inflammatory response / innate immune response / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.963 Å | ||||||
データ登録者 | Ru, H. / Ni, X. / Crowley, C. / Zhao, L. / Ding, W. / Hung, L.-W. / Shaw, N. / Cheng, G. / Liu, Z.-J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res. / 年: 2013 タイトル: Structural basis for termination of AIM2-mediated signaling by p202 著者: Ru, H. / Ni, X. / Zhao, L. / Crowley, C. / Ding, W. / Hung, L.-W. / Shaw, N. / Cheng, G. / Liu, Z.-J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jbk.cif.gz | 370.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4jbk.ent.gz | 302.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jbk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4jbk_validation.pdf.gz | 474 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4jbk_full_validation.pdf.gz | 491.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4jbk_validation.xml.gz | 29.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4jbk_validation.cif.gz | 40.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/4jbk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/4jbk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22705.160 Da / 分子数: 4 / 断片: HINa domain, UNP residues 46-242 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ifi202a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R002 #2: DNA鎖 | 分子量: 4278.815 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 配列の詳細 | THIS SEQUECE WAS CAUSED BY STRAIN AKR. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.55 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M calcium acetate, 0.1M Tris-HCl, 20%(w/v) polyethylene glycol 3000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月12日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.963→50 Å / Num. all: 22039 / Num. obs: 21825 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 57.95 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4JBM 解像度: 2.963→47.173 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7756 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.11 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 214.43 Å2 / Biso mean: 77.3168 Å2 / Biso min: 37.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.963→47.173 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 40.4911 Å / Origin y: 11.4431 Å / Origin z: 70.615 Å
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精密化 TLSグループ |
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