PDB-4jba: Crystal Structure of the Oxidized Form of MarR from E.coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jba

タイトル

Crystal Structure of the Oxidized Form of MarR from E.coli

要素

Multiple antibiotic resistance protein MarR

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / disulfide bonds / DNA / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to antibiotic / response to heat / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Lou, H. / Zhu, R. / Hao, Z.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: The multiple antibiotic resistance regulator MarR is a copper sensor in Escherichia coli.
著者: Hao, Z. / Lou, H. / Zhu, R. / Zhu, J. / Zhang, D. / Zhao, B.S. / Zeng, S. / Chen, X. / Chan, J. / He, C. / Chen, P.R.

履歴

登録	2013年2月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月9日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jba.cif.gz	115.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jba.ent.gz	97 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jba.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jba_validation.pdf.gz	433 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jba_full_validation.pdf.gz	436.8 KB	表示
XML形式データ	4jba_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	4jba_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/4jba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/4jba	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vodC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6q4s-d 2pc6-2 3kp7-d 4ffn-d 3q1y-d 1t64-2 3qhc-d 3bz0-d 2f1f-d 4k9r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Multiple antibiotic resistance protein MarR

B: Multiple antibiotic resistance protein MarR

32 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Multiple antibiotic resistance protein MarR

B: Multiple antibiotic resistance protein MarR

A: Multiple antibiotic resistance protein MarR

B: Multiple antibiotic resistance protein MarR

ソフトウェアが定義した集合体
64 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.270, 62.270, 161.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	7 - 91
2	1	1	1	B	7 - 91
1	1	2	1	A	96 - 144
2	1	2	1	B	96 - 144

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Multiple antibiotic resistance protein MarR 分子量: 16006.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1530, cfxB, inaR, JW5248, marR, soxQ / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27245
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 5% Tacsimate,0.1M HEPES, 10% PEG 5000MME, 0.3M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月5日

放射

モノクロメーター: Monochromator crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→53.96 Å / Num. all: 13187 / Num. obs: 13130 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 11.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.5-2.64	7.8	0.781	1	14489	1868	0.781	99.9
2.64-2.8	7.7	0.475	1.6	13918	1802	0.475	100
2.8-2.99	7.7	0.279	2.7	13015	1690	0.279	100
2.99-3.23	7.6	0.152	4.6	11894	1563	0.152	100
3.23-3.54	7.6	0.1	6.2	11099	1470	0.1	100
3.54-3.95	7.5	0.072	7.3	9990	1333	0.072	100
3.95-4.56	7.3	0.081	6.5	8747	1191	0.081	100
4.56-5.59	7.1	0.086	6.5	7211	1018	0.086	100
5.59-7.91	6.6	0.073	7	5407	818	0.073	99.9
7.91-44.879	5.7	0.071	8	2478	434	0.071	90.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	44.88 Å
Translation	3 Å	44.88 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 30.359 / SU ML: 0.294 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.442 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2636	642	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2408	-	-	-
obs	0.2419	13130	99.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 193.62 Å² / B_iso mean: 86.6287 Å² / B_iso min: 37.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.26 Å²	1.13 Å²	0 Å²
2-	-	2.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2104	0	0	3	2107

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.02	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.595	2.007	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.284	5	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.485	25.062	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.316	15	411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.606	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	361
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1508

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Ens-ID	数	Rms dev position (Å)
1	672	7.33
2	374	4.04

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.47	42	-
R_work	0.392	790	-
all	-	832	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3036	0.2414	-0.171	1.2207	-1.2128	1.3878	-0.1831	-0.3368	0.0999	-0.4944	0.0713	-0.2008	0.3948	-0.3104	0.1118	0.7005	0.0998	0.054	0.6053	-0.1082	0.1937	-21.926	-15.2655	17.3155
2	2.2858	3.9622	-1.4126	8.1215	0.1521	6.5152	-0.3969	0.2404	-0.0419	-0.3476	0.7375	-0.3723	0.7808	0.4588	-0.3406	0.6517	0.103	0.1022	0.6066	-0.419	0.5303	-15.1891	0.0975	7.9232
3	0.2417	-0.9488	0.0321	32.2763	-20.6731	15.0436	-0.4042	0.1472	0.2486	0.7303	1.1839	-0.2541	-0.1232	-1.4177	-0.7798	0.8635	-0.0329	-0.0645	0.524	0.1949	0.4052	-33.2448	-7.9118	13.2783
4	2.7383	1.3892	-0.6136	3.173	-0.617	0.7065	0.1888	-0.2144	0.0739	0.0734	0.0675	0.0583	0.0952	-0.1137	-0.2563	0.5118	0.0386	0.0236	0.4775	0.018	0.2331	-28.5483	-17.7085	31.6243
5	8.9445	-2.3347	-2.6002	0.9908	-0.2822	3.379	0.6196	-0.1361	0.4721	-0.1514	0.0782	0.0074	-0.521	-0.163	-0.6977	0.6814	0.0714	0.2727	0.415	0.0199	0.2904	-20.1821	-9.8591	27.9842
6	0.6327	0.7145	1.162	4.1922	0.4949	3.3126	0.187	-0.2098	0.0423	-0.5536	0.2549	-0.3876	0.2409	-0.3951	-0.4419	0.6202	-0.0319	0.3212	0.5799	-0.0314	0.483	-6.4198	-21.5443	15.5381
7	3.0045	-1.351	-1.0025	0.8245	-0.245	3.0928	0.3135	0.1905	0.1599	-0.0857	0.069	-0.0113	-0.1766	-0.0134	-0.3826	0.6599	-0.0027	0.2043	0.5938	-0.0492	0.1955	-1.7124	-23.5448	9.2208
8	1.2045	-0.6133	-1.5276	0.6614	0.2392	2.8627	0.1008	-0.3516	-0.0078	-0.1825	0.1956	0.1287	0.0145	0.2473	-0.2964	0.581	0.0162	0.0123	0.5104	0.0006	0.2618	-15.9767	-21.2105	34.5884

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 57
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	58 - 101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	102 - 120
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	121 - 144
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	6 - 30
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	31 - 65
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	66 - 112
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	113 - 144

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