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- PDB-4jba: Crystal Structure of the Oxidized Form of MarR from E.coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jba
タイトルCrystal Structure of the Oxidized Form of MarR from E.coli
要素Multiple antibiotic resistance protein MarR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / disulfide bonds / DNA / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to antibiotic / response to stress / response to heat / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Multiple antibiotic resistance protein MarR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lou, H. / Zhu, R. / Hao, Z.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: The multiple antibiotic resistance regulator MarR is a copper sensor in Escherichia coli.
著者: Hao, Z. / Lou, H. / Zhu, R. / Zhu, J. / Zhang, D. / Zhao, B.S. / Zeng, S. / Chen, X. / Chan, J. / He, C. / Chen, P.R.
履歴
登録2013年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月9日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multiple antibiotic resistance protein MarR
B: Multiple antibiotic resistance protein MarR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0132
ポリマ－32,0132
非ポリマー00
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area14070 Å2
手法PISA
2
A: Multiple antibiotic resistance protein MarR
B: Multiple antibiotic resistance protein MarR

A: Multiple antibiotic resistance protein MarR
B: Multiple antibiotic resistance protein MarR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0274
ポリマ－64,0274
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area11600 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area26110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.270, 62.270, 161.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUASNASNAA7 - 917 - 91
21LEULEUASNASNBB7 - 917 - 91
12VALVALPROPROAA96 - 14496 - 144
22VALVALPROPROBB96 - 14496 - 144

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Multiple antibiotic resistance protein MarR


分子量: 16006.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1530, cfxB, inaR, JW5248, marR, soxQ / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27245
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5% Tacsimate,0.1M HEPES, 10% PEG 5000MME, 0.3M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月5日
放射モノクロメーター: Monochromator crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→53.96 Å / Num. all: 13187 / Num. obs: 13130 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.5-2.647.80.78111448918680.78199.9
2.64-2.87.70.4751.61391818020.475100
2.8-2.997.70.2792.71301516900.279100
2.99-3.237.60.1524.61189415630.152100
3.23-3.547.60.16.21109914700.1100
3.54-3.957.50.0727.3999013330.072100
3.95-4.567.30.0816.5874711910.081100
4.56-5.597.10.0866.5721110180.086100
5.59-7.916.60.073754078180.07399.9
7.91-44.8795.70.071824784340.07190.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å44.88 Å
Translation3 Å44.88 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 30.359 / SU ML: 0.294 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.442 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2636 642 4.9 %RANDOM
Rwork0.2408 ---
obs0.2419 13130 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 193.62 Å2 / Biso mean: 86.6287 Å2 / Biso min: 37.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.26 Å21.13 Å20 Å2
2--2.26 Å20 Å2
3----3.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2104 0 0 3 2107
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.022131
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.5952.0072886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2845266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.48525.06281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.31615411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6061512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211508
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Ens-ID数Rms dev position (Å)
16727.33
23744.04
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.47 42 -
Rwork0.392 790 -
all-832 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30360.2414-0.1711.2207-1.21281.3878-0.1831-0.33680.0999-0.49440.0713-0.20080.3948-0.31040.11180.70050.09980.0540.6053-0.10820.1937-21.926-15.265517.3155
22.28583.9622-1.41268.12150.15216.5152-0.39690.2404-0.0419-0.34760.7375-0.37230.78080.4588-0.34060.65170.1030.10220.6066-0.4190.5303-15.18910.09757.9232
30.2417-0.94880.032132.2763-20.673115.0436-0.40420.14720.24860.73031.1839-0.2541-0.1232-1.4177-0.77980.8635-0.0329-0.06450.5240.19490.4052-33.2448-7.911813.2783
42.73831.3892-0.61363.173-0.6170.70650.1888-0.21440.07390.07340.06750.05830.0952-0.1137-0.25630.51180.03860.02360.47750.0180.2331-28.5483-17.708531.6243
58.9445-2.3347-2.60020.9908-0.28223.3790.6196-0.13610.4721-0.15140.07820.0074-0.521-0.163-0.69770.68140.07140.27270.4150.01990.2904-20.1821-9.859127.9842
60.63270.71451.1624.19220.49493.31260.187-0.20980.0423-0.55360.2549-0.38760.2409-0.3951-0.44190.6202-0.03190.32120.5799-0.03140.483-6.4198-21.544315.5381
73.0045-1.351-1.00250.8245-0.2453.09280.31350.19050.1599-0.08570.069-0.0113-0.1766-0.0134-0.38260.6599-0.00270.20430.5938-0.04920.1955-1.7124-23.54489.2208
81.2045-0.6133-1.52760.66140.23922.86270.1008-0.3516-0.0078-0.18250.19560.12870.01450.2473-0.29640.5810.01620.01230.51040.00060.2618-15.9767-21.210534.5884
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2A58 - 101
3X-RAY DIFFRACTION3A102 - 120
4X-RAY DIFFRACTION4A121 - 144
5X-RAY DIFFRACTION5B6 - 30
6X-RAY DIFFRACTION6B31 - 65
7X-RAY DIFFRACTION7B66 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8B113 - 144

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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