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万見
- PDB-4k9r: Spore photoproduct lyase Y98F mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k9r
タイトルSpore photoproduct lyase Y98F mutant
要素Spore photoproduct lyase
キーワードLYASE / partial TIM barrel / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA photolyase activity / endospore-forming forespore / S-adenosyl-L-methionine binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12110 / pyruvate-formate lyase- activating enzyme - #30 / Spore photoproduct lyase / Spore photoproduct lyase, Bacilli type / : / Spore photoproduct lyase / pyruvate-formate lyase- activating enzyme / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Alpha-Beta Horseshoe ...Rossmann fold - #12110 / pyruvate-formate lyase- activating enzyme - #30 / Spore photoproduct lyase / Spore photoproduct lyase, Bacilli type / : / Spore photoproduct lyase / pyruvate-formate lyase- activating enzyme / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Alpha-Beta Horseshoe / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EEM / IRON/SULFUR CLUSTER / Spore photoproduct lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yang, L. / Nelson, R.S. / Benjdia, A. / Lin, G. / Telser, J. / Stoll, S. / Schlichting, I. / Li, L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: A radical transfer pathway in spore photoproduct lyase.
著者: Yang, L. / Nelson, R.S. / Benjdia, A. / Lin, G. / Telser, J. / Stoll, S. / Schlichting, I. / Li, L.
履歴
登録2013年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spore photoproduct lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1427
ポリマ－42,9601
非ポリマー1,1826
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.020, 62.720, 142.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Spore photoproduct lyase


分子量: 42959.910 Da / 分子数: 1 / 変異: Y98F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)
株: NG80-2 / 遺伝子: GTNG_2348 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: A4IQU1, EC: 4.1.99.14
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-EEM / [(3S)-3-amino-4-hydroxy-4-oxo-butyl]-[[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methyl]-methyl-selanium / Se-ADENOSYLSELENOMETHIONINE


分子量: 446.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N6O5Se
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 200 mM Li-sulfate, 100 mM Tris/HCl, 19-27% PEG8000, 70 mM HEGA-8, anaerobically, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月26日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→43.06 Å / Num. all: 22170 / Num. obs: 22170 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.132
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.674 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HEIDIデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→43.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 6.832 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.233
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26418 1115 5 %RANDOM
Rwork0.21338 ---
all0.21593 21053 --
obs0.21593 21053 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.191 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2801 0 55 123 2979
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222939
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022080
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0331.9773977
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74734991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4045341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.92622.041147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.37415503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6071530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3811.51698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0531.5691
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7422737
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.00931241
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.764.51227
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 87 -
Rwork0.292 1521 -
obs--99.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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