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- PDB-4jb7: 1.42 Angstrom resolution crystal structure of accessory colonizat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jb7
タイトル1.42 Angstrom resolution crystal structure of accessory colonization factor AcfC (acfC) in complex with D-aspartic acid
要素Accessory colonization factor AcfC
キーワードCELL INVASION / Accessory colonization factor AcfC / Virulence / Pathogenesis / CSGID / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / alpha/beta fold / Cellular processes
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfur compound metabolic process / sulfate transmembrane transport / sulfate binding / outer membrane-bounded periplasmic space / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Thiosulphate/Sulfate-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / TRIETHYLENE GLYCOL / Accessory colonization factor AcfC
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Filippova, E.V. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.42 Angstrom resolution crystal structure of accessory colonization factor AcfC (acfC) in complex with D-aspartic acid
著者: Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Filippova, E.V. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2013年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Accessory colonization factor AcfC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3785
ポリマ－28,8211
非ポリマー5574
水6,575365
1
A: Accessory colonization factor AcfC
ヘテロ分子

A: Accessory colonization factor AcfC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,75610
ポリマ－57,6432
非ポリマー1,1138
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5370 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area18020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.343, 72.343, 87.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Accessory colonization factor AcfC


分子量: 28821.480 Da / 分子数: 1 / 断片: accessory colonization factor AcfC
変異: 24 N-terminal residues were truncated to produce the construct with residues 25 through 256
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 (コレラ菌) / 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: acfC, VC_0841 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q9KTQ6
#2: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.34 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: Protein: 7.3 mg/mL in 10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.25 M NaCl 5 mM BME. Crystallization: PACT Suite D6(#42): 0.1 M MMT buffer pH 9.0 25 % (w/v) PEG1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月13日 / 詳細: Be-Lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→30 Å / Num. all: 44772 / Num. obs: 44772 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 45.47
反射 シェル解像度: 1.42→1.44 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 3.82 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
MLPHARE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.42→27.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 1.501 / SU ML: 0.028 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14148 2249 5 %RANDOM
Rwork0.12589 ---
obs0.12667 42343 99.95 %-
all-42343 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.643 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0 Å20 Å2
2---0.03 Å2-0 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→27.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1827 0 37 365 2229
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222037
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4891.9452768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9433398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6465260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.76224.68194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.72115338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.747159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02422
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0361.51245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.371.5501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.70522018
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6353792
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.064.5750
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.42→1.457 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.169 149 -
Rwork0.159 3051 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2620.2155-0.1131.49280.08660.84910.0929-0.2163-0.03410.2991-0.0897-0.15320.01780.1081-0.00320.0868-0.0249-0.04290.04980.00960.02822.496714.610222.7959
21.74990.12831.0191.4095-0.55251.986-0.05670.07110.0489-0.005-0.0503-0.2104-0.05890.36940.10710.0118-0.0063-0.00350.08890.00670.049925.415412.94347.7511
30.7735-0.00390.30960.4748-0.04480.9365-0.0016-0.03520.03440.0253-0.00370.0448-0.0411-0.08420.00530.00450.00440.00320.0089-0.00150.01243.183515.78154.2265
48.6005-0.05662.38644.24410.22174.3036-0.128-0.31580.52380.1742-0.05460.1026-0.3531-0.16880.18260.07870.03450.00620.0555-0.04770.08410.40528.369313.1769
50.8705-0.18840.07030.8175-0.11190.6896-0.0143-0.1218-0.00540.09240.01180.09910.002-0.14360.00250.04020.00130.00790.0458-0.00130.03013.693311.525611.9963
62.76960.55090.32351.2381-0.22411.50630.1999-0.1356-0.27060.2129-0.1462-0.13910.11020.0919-0.05370.0942-0.0141-0.04010.0350.03270.051818.85552.801122.1387
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2A77 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3A93 - 178
4X-RAY DIFFRACTION4A179 - 187
5X-RAY DIFFRACTION5A188 - 225
6X-RAY DIFFRACTION6A226 - 256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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