PDB-4jb7: 1.42 Angstrom resolution crystal structure of accessory colonizat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jb7

タイトル

1.42 Angstrom resolution crystal structure of accessory colonization factor AcfC (acfC) in complex with D-aspartic acid

要素

Accessory colonization factor AcfC

キーワード

CELL INVASION / Accessory colonization factor AcfC / Virulence / Pathogenesis / CSGID / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / alpha/beta fold / Cellular processes

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfate transmembrane transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Filippova, E.V. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.42 Angstrom resolution crystal structure of accessory colonization factor AcfC (acfC) in complex with D-aspartic acid
著者: Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Filippova, E.V. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2013年2月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jb7.cif.gz	122.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jb7.ent.gz	101.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jb7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jb7_validation.pdf.gz	457.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jb7_full_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示
XML形式データ	4jb7_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	4jb7_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/4jb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/4jb7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5xbq-5 5xbq-2 5xbq-6 5xbq-3 3epi-d 2hxw-d 4yr0-d 1gv4-1 1d02-d 7dqb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP00164

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Accessory colonization factor AcfC

ヘテロ分子

29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Accessory colonization factor AcfC

ヘテロ分子

A: Accessory colonization factor AcfC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.343, 72.343, 87.883
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Accessory colonization factor AcfC 分子量: 28821.480 Da / 分子数: 1 / 断片: accessory colonization factor AcfC 変異: 24 N-terminal residues were truncated to produce the construct with residues 25 through 256 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 (コレラ菌) / 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: acfC, VC_0841 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q9KTQ6
#2: 化合物	ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.34 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: Protein: 7.3 mg/mL in 10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.25 M NaCl 5 mM BME. Crystallization: PACT Suite D6(#42): 0.1 M MMT buffer pH 9.0 25 % (w/v) PEG1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月13日 / 詳細: Be-Lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→30 Å / Num. all: 44772 / Num. obs: 44772 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 45.47
反射シェル	解像度: 1.42→1.44 Å / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 3.82 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
MLPHARE		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.42→27.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.977 / SU B: 1.501 / SU ML: 0.028 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.14148	2249	5 %	RANDOM
R_work	0.12589	-	-	-
obs	0.12667	42343	99.95 %	-
all	-	42343	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.643 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→27.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1827	0	37	365	2229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2037
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.489	1.945	2768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.94	3	3398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.646	5	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.762	24.681	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.721	15	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.747	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	286
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2341
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	422
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.036	1.5	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.37	1.5	501
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.705	2	2018
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.635	3	792
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.06	4.5	750
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.42→1.457 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.169	149	-
R_work	0.159	3051	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.262	0.2155	-0.113	1.4928	0.0866	0.8491	0.0929	-0.2163	-0.0341	0.2991	-0.0897	-0.1532	0.0178	0.1081	-0.0032	0.0868	-0.0249	-0.0429	0.0498	0.0096	0.028	22.4967	14.6102	22.7959
2	1.7499	0.1283	1.019	1.4095	-0.5525	1.986	-0.0567	0.0711	0.0489	-0.005	-0.0503	-0.2104	-0.0589	0.3694	0.1071	0.0118	-0.0063	-0.0035	0.0889	0.0067	0.0499	25.4154	12.9434	7.7511
3	0.7735	-0.0039	0.3096	0.4748	-0.0448	0.9365	-0.0016	-0.0352	0.0344	0.0253	-0.0037	0.0448	-0.0411	-0.0842	0.0053	0.0045	0.0044	0.0032	0.0089	-0.0015	0.0124	3.1835	15.7815	4.2265
4	8.6005	-0.0566	2.3864	4.2441	0.2217	4.3036	-0.128	-0.3158	0.5238	0.1742	-0.0546	0.1026	-0.3531	-0.1688	0.1826	0.0787	0.0345	0.0062	0.0555	-0.0477	0.0841	0.405	28.3693	13.1769
5	0.8705	-0.1884	0.0703	0.8175	-0.1119	0.6896	-0.0143	-0.1218	-0.0054	0.0924	0.0118	0.0991	0.002	-0.1436	0.0025	0.0402	0.0013	0.0079	0.0458	-0.0013	0.0301	3.6933	11.5256	11.9963
6	2.7696	0.5509	0.3235	1.2381	-0.2241	1.5063	0.1999	-0.1356	-0.2706	0.2129	-0.1462	-0.1391	0.1102	0.0919	-0.0537	0.0942	-0.0141	-0.0401	0.035	0.0327	0.0518	18.8555	2.8011	22.1387

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	77 - 92
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	93 - 178
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	179 - 187
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	188 - 225
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	226 - 256

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