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- PDB-4jb0: Rhodopseudomonas palustris (strain CGA009) Rp1789 transport protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jb0
タイトルRhodopseudomonas palustris (strain CGA009) Rp1789 transport protein
要素branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / aromatic lignin binding transport / ABC transport system binding protein / Bind small aromatic ligands from lignin degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid transport
類似検索 - 分子機能
: / Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(4-HYDROXY-PHENYL)PYRUVIC ACID / 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / ABC transporter substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Salmon, R.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: The CouPSTU and TarPQM Transporters in Rhodopseudomonas palustris: Redundant, Promiscuous Uptake Systems for Lignin-Derived Aromatic Substrates.
著者: Salmon, R.C. / Cliff, M.J. / Rafferty, J.B. / Kelly, D.J.
履歴
登録2013年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2124
ポリマ－39,7451
非ポリマー4663
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.970, 70.740, 105.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein


分子量: 39745.223 Da / 分子数: 1 / 断片: Aromatic compound transport protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: ATCC BAA-98 / CGA009 / 遺伝子: 1789 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6N8W4
#2: 化合物 ChemComp-FER / 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / FERULIC ACID


分子量: 194.184 Da / 分子数: 1 / 断片: Aromatic Ligand / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O4
#3: 化合物 ChemComp-ENO / 3-(4-HYDROXY-PHENYL)PYRUVIC ACID / HPP


分子量: 180.157 Da / 分子数: 1 / 断片: Aromatic Ligand / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 断片: Solvent component / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 断片: Solvent component / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.91 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M sodium acetate, pH 4.5, 25% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月4日
放射モノクロメーター: Si channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→44.3 Å / Num. all: 46986 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 1.91→1.96 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 3551 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.91→42.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 3.547 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2298 1295 5.1 %RANDOM
Rwork0.17609 ---
obs0.17876 24165 100 %-
all-46986 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.307 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.28 Å20 Å20 Å2
2--0.88 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→42.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2761 0 33 176 2970
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0222848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.681.983864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1435366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.90824.182110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.80815469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2621516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212145
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9671.51826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.61622937
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.64631022
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0154.5927
LS精密化 シェル解像度: 1.91→1.96 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 101 -
Rwork0.24 1769 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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