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- PDB-4jay: Crystal structure of P. aeruginosa MurB in complex with NADP+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jay
タイトルCrystal structure of P. aeruginosa MurB in complex with NADP+
要素UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase / UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase activity / peptidoglycan biosynthetic process / FAD binding / cell wall organization / flavin adenine dinucleotide binding / regulation of cell shape / cell division / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 1 / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain superfamily / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 ...Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 1 / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain superfamily / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Chen, M.W. / Lohkamp, B. / Schnell, R. / Lescar, J. / Schneider, G.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Substrate Channel Flexibility in Pseudomonas aeruginosa MurB Accommodates Two Distinct Substrates.
著者: Chen, M.W. / Lohkamp, B. / Schnell, R. / Lescar, J. / Schneider, G.
履歴
登録2013年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase
B: UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase
C: UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase
D: UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,46520
ポリマ－151,0644
非ポリマー7,40216
水6,125340
1
A: UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6165
ポリマ－37,7661
非ポリマー1,8504
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6165
ポリマ－37,7661
非ポリマー1,8504
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6165
ポリマ－37,7661
非ポリマー1,8504
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6165
ポリマ－37,7661
非ポリマー1,8504
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.700, 154.350, 64.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.260, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-537-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 339 / Label seq-ID: 3 - 340

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase / UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase


分子量: 37765.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: murB, PA2977 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9HZM7, EC: 1.1.1.158

-
非ポリマー , 5種, 356分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL


分子量: 282.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M bis-tris propane pH 7.0, 0.2 M sodium potassium tartrate, 15% w/v PEG 3350, 2 mM NADPH, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月29日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) or Si(311)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→107.643 Å / Num. all: 69794 / Num. obs: 69794 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0.8 / Observed criterion σ(I): 0.8 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.215 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.23-2.352.60.6860.82606398620.68695.7
2.35-2.530.5881.22898896940.58898.7
2.5-2.6730.4261.62694990480.42698.4
2.67-2.8830.3251.72524884350.32598.1
2.88-3.1630.2193.12339177550.21998.5
3.16-3.533.10.1723.52214271360.17299.4
3.53-4.083.10.1562.71952762830.15699.3
4.08-4.993.10.14241611352620.14298.5
4.99-7.062.80.1473.51123140400.14797.6
7.06-54.2723.40.143.5768422790.1499.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
PROCESSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2MBR

2mbr


解像度: 2.23→54.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / WRfactor Rfree: 0.2684 / WRfactor Rwork: 0.2331 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8181 / SU B: 14.963 / SU ML: 0.205 / SU R Cruickshank DPI: 0.378 / SU Rfree: 0.2444 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.378 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2578 3529 5.1 %RANDOM
Rwork0.2225 ---
all0.2243 69784 --
obs0.2243 69784 98.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 264.57 Å2 / Biso mean: 33.0587 Å2 / Biso min: 5.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.68 Å2-0 Å20.51 Å2
2---1.34 Å2-0 Å2
3---2.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→54.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10580 0 484 340 11404
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01911280
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0210812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.72.02515340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93324684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.88751348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.97922.426544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.54151820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.29115152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02112660
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022692
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4731.9875404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4731.9875403
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4492.9786748
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.01 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A22087
12B22087
21A22070
22C22070
31A22084
32D22084
41B22072
42C22072
51B22076
52D22076
61C22070
62D22070
LS精密化 シェル解像度: 2.232→2.29 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 258 -
Rwork0.348 4602 -
all-4860 -
obs--92.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.162-0.1702-0.00381.9224-0.41260.8116-0.0475-0.10080.12490.21570.0095-0.0749-0.08830.01410.0380.087-0.0124-0.02320.065-0.0060.017956.49549.130314.7719
21.8318-0.5616-0.29861.1023-0.12570.84260.0057-0.0793-0.1232-0.00240.00170.16450.0795-0.0373-0.00740.0508-0.0301-0.02720.02220.01140.110742.2982-9.503515.2342
32.37370.15890.19541.3054-0.25410.76280.0079-0.21180.07920.09170.00120.1067-0.0267-0.0731-0.00920.04030.01750.00480.0684-0.03630.046-1.6099-12.872114.5078
41.29350.60080.06482.2286-0.40260.994-0.0185-0.0543-0.13340.14730.0437-0.25730.00210.046-0.02530.02510.0309-0.04490.0654-0.04240.151816.9098-27.232815.1393
52.43870.1216-0.39361.40980.09861.1459-0.0578-0.2653-0.07450.13790.0085-0.18580.07350.1570.04930.07120.04180.00070.10450.02730.03411.644127.829614.4974
60.92460.6303-0.21013.02290.31261.2342-0.03760.00510.17630.18220.10880.3804-0.0546-0.0785-0.07120.04260.0480.02760.07780.04920.1811-16.854342.250815.2447
71.08480.20980.22162.137-0.02480.97010.0250.1199-0.0753-0.1722-0.0329-0.02490.07460.03180.00790.08910.03980.01390.06750.00540.009756.69485.9834-14.3026
82.39680.46140.48611.3581-0.010.82740.06110.14910.1675-0.0572-0.02280.1237-0.0620.0122-0.03820.05180.03830.0120.0350.01630.072942.386324.5805-15.0229
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 189
2X-RAY DIFFRACTION2A190 - 339
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 189
4X-RAY DIFFRACTION4B190 - 339
5X-RAY DIFFRACTION5C2 - 189
6X-RAY DIFFRACTION6C190 - 339
7X-RAY DIFFRACTION7D2 - 189
8X-RAY DIFFRACTION8D190 - 339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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