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- PDB-4jan: crystal structure of broadly neutralizing antibody CH103 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jan
タイトルcrystal structure of broadly neutralizing antibody CH103 in complex with HIV-1 gp120
要素
  • (ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF ...) x 2
  • ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C
キーワードviral protein/immune system / HIV-1 / gp120 / GLYCOPROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX / Antibody / immunoglobulin / NEUTRALIZATION / VACCINE
機能・相同性Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / viral envelope / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C
機能・相同性情報
生物種HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Zhou, T. / Moquin, S. / Zheng, A. / Srivatsan, S. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Co-evolution of a broadly neutralizing HIV-1 antibody and founder virus.
著者: Liao, H.X. / Lynch, R. / Zhou, T. / Gao, F. / Alam, S.M. / Boyd, S.D. / Fire, A.Z. / Roskin, K.M. / Schramm, C.A. / Zhang, Z. / Zhu, J. / Shapiro, L. / Mullikin, J.C. / Gnanakaran, S. / ...著者: Liao, H.X. / Lynch, R. / Zhou, T. / Gao, F. / Alam, S.M. / Boyd, S.D. / Fire, A.Z. / Roskin, K.M. / Schramm, C.A. / Zhang, Z. / Zhu, J. / Shapiro, L. / Mullikin, J.C. / Gnanakaran, S. / Hraber, P. / Wiehe, K. / Kelsoe, G. / Yang, G. / Xia, S.M. / Montefiori, D.C. / Parks, R. / Lloyd, K.E. / Scearce, R.M. / Soderberg, K.A. / Cohen, M. / Kamanga, G. / Louder, M.K. / Tran, L.M. / Chen, Y. / Cai, F. / Chen, S. / Moquin, S. / Du, X. / Joyce, M.G. / Srivatsan, S. / Zhang, B. / Zheng, A. / Shaw, G.M. / Hahn, B.H. / Kepler, T.B. / Korber, B.T. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R. / Haynes, B.F.
履歴
登録2013年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Database references
改定 1.22013年5月1日Group: Database references
改定 1.32013年5月29日Group: Database references
改定 1.42014年7月16日Group: Other
改定 1.52019年1月9日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.62020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.72023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C
H: ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF HEAVY CHAIN of CH103
L: ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF LIGHT CHAIN of CH103
I: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C
A: ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF HEAVY CHAIN of CH103
B: ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF LIGHT CHAIN of CH103
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,85020
ポリマ－171,4086
非ポリマー2,44214
水39622
1
G: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C
H: ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF HEAVY CHAIN of CH103
L: ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF LIGHT CHAIN of CH103
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,94811
ポリマ－85,7043
非ポリマー1,2448
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C
A: ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF HEAVY CHAIN of CH103
B: ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF LIGHT CHAIN of CH103
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9029
ポリマ－85,7043
非ポリマー1,1986
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.943, 208.651, 69.422
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HALB

#2: 抗体 ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF HEAVY CHAIN of CH103


分子量: 23896.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: CMVR-based / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: 抗体 ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF LIGHT CHAIN of CH103


分子量: 22533.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: CMVR-based / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 GI

#1: タンパク質 ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C


分子量: 39273.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: ZM176.55 / プラスミド: CMVR-based / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: R4GRV3*PLUS
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 26分子

#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.73 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 200 mM sodium formate, 20% PEG 3350 and 100 mM Bistrispropane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MAR CCD 300MM / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月22日 / 詳細: APS 22ID
放射モノクロメーター: APS 22ID / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. obs: 20488 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 61.3 Å2 / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 3.21→3.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 59

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NGB

3ngb


解像度: 3.15→46.75 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 1042 5.1 %
Rwork0.196 --
obs0.199 20444 89.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→46.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8843 0 154 22 9019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029211
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6112519
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3453317
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381464
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031576
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1493-3.31530.316790.26091539X-RAY DIFFRACTION49
3.3153-3.5230.31411100.25312411X-RAY DIFFRACTION78
3.523-3.79490.29721800.23933017X-RAY DIFFRACTION97
3.7949-4.17650.30921730.20363075X-RAY DIFFRACTION100
4.1765-4.78040.21151590.16763119X-RAY DIFFRACTION100
4.7804-6.02070.23251740.17713120X-RAY DIFFRACTION100
6.0207-46.75650.23091670.17653121X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.49620.37351.00914.5709-0.55892.83660.3015-0.1621-0.30221.002-0.3565-0.32081.18790.33180.05931.87530.34280.03840.83180.13150.660626.5414-39.960937.2219
25.7981-0.49710.76166.23951.23125.08050.9032-0.16330.76220.6914-0.61340.599-1.7356-0.8241-0.23221.44260.11120.4660.8238-0.01850.845810.980651.366-3.8035
35.7930.06361.11634.35610.83515.7281-0.04280.5344-0.3718-0.6291-0.4013-0.02480.7741-0.02620.40981.00920.25190.08980.57360.03430.428319.4631-21.090911.4302
42.79370.8886-1.53455.7009-2.20464.1080.0890.14530.02730.1528-0.0222-0.0174-0.1782-0.2829-0.0670.2561-0.0348-0.06720.5702-0.00690.246516.092119.12975.4647
51.7395-0.80221.11196.1813-0.30181.361-0.15610.3295-0.0225-0.1422-0.0816-1.18360.6421.23470.20410.59480.32780.13570.93550.12830.733636.8762-11.085721.662
64.434-2.2493-2.33174.67550.76254.0408-0.0051-0.1278-0.0180.13920.0271-0.21140.0030.1252-0.05390.29710.0242-0.11030.65430.03720.315120.004713.737120.2043
76.1106-2.3504-1.01847.08010.86434.80320.18770.58530.436-0.0415-0.1228-0.4538-0.82920.4007-0.03970.4146-0.10250.04240.56930.06040.314831.237431.7877-20.9984
83.83852.11150.4538.34911.6856.3883-0.1952-0.1009-0.05820.024-0.09710.11220.70520.4740.32270.37320.10320.03930.6530.01180.304636.5438-8.2271-24.5938
93.58772.36563.25726.62731.48224.41380.28520.57130.1384-0.0462-0.1650.4693-0.2082-0.9735-0.0620.26930.11420.00910.88740.04980.351110.978722.6599-22.5778
108.1473-1.6518-0.55145.3605-0.97414.05930.1275-0.0866-0.09250.3073-0.35530.26530.76940.62270.21610.43650.13740.04110.524-0.02020.316224.8781-2.7199-14.323
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain G and resid 252:475
2X-RAY DIFFRACTION2chain I and resid 252:475
3X-RAY DIFFRACTION3chain H and resid 1:113
4X-RAY DIFFRACTION4chain H and resid 114:223
5X-RAY DIFFRACTION5chain L and resid 1:108
6X-RAY DIFFRACTION6chain L and resid 109:215
7X-RAY DIFFRACTION7chain A and resid 1:113
8X-RAY DIFFRACTION8chain A and resid 114:223
9X-RAY DIFFRACTION9chain B and resid 1:108
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and resid 109:215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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