PDB-4jab: U/G Wobble Base Pair in a RNA Duplex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jab

タイトル

U/G Wobble Base Pair in a RNA Duplex

要素

RNA (5'-R(*GP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*C)-3')

キーワード

RNA / U/G wobble pair

機能・相同性

STRONTIUM ION / RNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.23 Å

データ登録者

Jiang, S. / Sun, H. / Gan, J. / Huang, Z.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 2-Se Uridine enhanced U/G Wobble Base Pair Discrimination
著者: Jiang, S. / Sun, H. / Gan, J. / Huang, Z.

履歴

登録	2013年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jab.cif.gz	27.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jab.ent.gz	19 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jab.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/4jab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/4jab	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	246dS 4jah S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hnq-4 5hnj-3 5hnq-3 5hn2-1 3p4c-d 5dek-2 5hnq-1 2gpm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (5'-R(*GP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*C)-3')

B: RNA (5'-R(*GP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*C)-3')

ヘテロ分子

5.49 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.681, 41.681, 60.014
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(GPUPGPUPAPUPAPC)-3') 分子量: 2527.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン分子量: 87.620 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.02 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.97895 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月14日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.23→30.93 Å / Num. all: 1893 / Num. obs: 1723 / % possible obs: 91.02 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.066
反射シェル	解像度: 2.23→2.31 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.33 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 246D

246d

解像度: 2.23→30.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 22.87 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22898	73	4.2 %	RANDOM
R_work	0.1525	-	-	-
obs	0.15648	1650	91.02 %	-
all	-	1893	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.957 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.33 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-7.33 Å²	-0 Å²
3-	-	-	14.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.23→30.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	334	5	0	339

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.011	372
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.093	1.452	576
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.192	3	372
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	68.134	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	41.32	5	336

LS精密化シェル

解像度: 2.23→2.288 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.561	5	-
R_work	0.34	112	-
obs	-	-	90.7 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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