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万見
- PDB-4ja3: Partially occluded inward open conformation of the xylose transpo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ja3
タイトルPartially occluded inward open conformation of the xylose transporter XylE from E. coli
要素D-xylose-proton symporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MFS general substrate transporter / Xylose transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


D-xylose:proton symporter activity / D-xylose transmembrane transport / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MFS transporter, transmembrane helix TM10b / : / : / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 / Sugar/inositol transporter / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transport proteins signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like ...MFS transporter, transmembrane helix TM10b / : / : / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 / Sugar/inositol transporter / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transport proteins signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Growth Hormone; Chain: A; / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / D-xylose-proton symporter
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Quistgaard, E.M. / Low, C. / Moberg, P. / Tresaugues, L. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for substrate transport in the GLUT-homology family of monosaccharide transporters.
著者: Quistgaard, E.M. / Low, C. / Moberg, P. / Tresaugues, L. / Nordlund, P.
履歴
登録2013年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-xylose-proton symporter
B: D-xylose-proton symporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,6647
ポリマ－105,8522
非ポリマー8125
水00
1
A: D-xylose-proton symporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3884
ポリマ－52,9261
非ポリマー4623
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: D-xylose-proton symporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2763
ポリマ－52,9261
非ポリマー3502
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)246.880, 74.380, 131.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 D-xylose-proton symporter / D-xylose transporter


分子量: 52925.793 Da / 分子数: 2 / 断片: XylE
変異: Start methionine missing and last five residues deleted
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: xylE, b4031, JW3991 / プラスミド: Modified pTH27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P0AGF4
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-LU / LUTETIUM (III) ION / LU


分子量: 174.967 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Lu

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 32% PEG 400, 4% 2-methyl-2,4-pentane diol (MPD), 0.2% (w/v) octyl glucoseneopentyl glycol (OGNG), 5 mM CdCl2, 5 mM lutetium acetate, 100 mM temperature 277K, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月1日
放射モノクロメーター: Double crystal; Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→25.3 Å / Num. all: 40779 / Num. obs: 33439 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / Biso Wilson estimate: 145.06 Å2 / Rsym value: 0.054
反射 シェル解像度: 3.8→3.9 Å / % possible all: 29.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.8→25.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8611 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7938 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3146 1342 7.75 %RANDOM
Rwork0.2852 ---
all0.2874 17321 --
obs0.2874 17321 82.34 %-
原子変位パラメータBiso mean: 232 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-66.6881 Å20 Å26.8954 Å2
2--4.8709 Å20 Å2
3----71.559 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.367 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→25.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6621 0 5 0 6626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0096785HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.059228HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2184SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes101HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1000HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6785HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.73
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.14
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion896SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance4HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8652SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.8→4.03 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 95 7.49 %
Rwork0.2333 1174 -
all0.234 1269 -
obs--82.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
118.96050.56281.385513.9206-1.07152.91060.2138-0.56-0.32460.6418-0.23710.71960.0438-0.42110.0233-0.58760.4094-0.1102-0.5029-0.12570.3027261.2511121.80330.1101
219.5639-1.145-0.563510.1825-5.62526.20110.1778-0.37280.39760.4006-0.224-0.8961-0.52740.73760.0462-0.66180.3704-0.1637-0.2374-0.05150.228325.8098120.44125.5926
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|8 - A|465 }A8 - 465
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|7 - B|471 }B7 - 471

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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