PDB-4j9x: Crystal structure of the complex of a hydroxyproline epimerase (T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j9x

タイトル

Crystal structure of the complex of a hydroxyproline epimerase (TARGET EFI-506499, PSEUDOMONAS FLUORESCENS PF-5) with trans-4-hydroxy-l-proline

要素

Proline racemase family protein

キーワード

ISOMERASE / EPIMERASE / PUTATIVE HYDROXYPROLINE EPIMERASE / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxyproline epimerase / 4-hydroxyproline epimerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas protegens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the complex of a hydroxyproline epimerase (TARGET EFI-506499, PSEUDOMONAS FLUORESCENS PF-5) with trans-4-hydroxy-l-proline
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Stead, ...

履歴

登録	2013年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j9x.cif.gz	261.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j9x.ent.gz	209.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j9x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4j9x_validation.pdf.gz	459.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4j9x_full_validation.pdf.gz	460.4 KB	表示
XML形式データ	4j9x_validation.xml.gz	30.1 KB	表示
CIF形式データ	4j9x_validation.cif.gz	45.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/4j9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/4j9x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2azpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4j9w-d 5c55-d 2qlz-1 6ayu-d 1smk-4 1smk-1 6j7c-1 4q2h-d 6wn6-2 3c0l-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-506499

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Proline racemase family protein

B: Proline racemase family protein

ヘテロ分子

72.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.755, 90.097, 103.913
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Proline racemase family protein 分子量: 36040.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas protegens (バクテリア) 株: Pf-5 / 遺伝子: PFL_1412 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4KGU2
#2: 化合物	ChemComp-HYP / 4-HYDROXYPROLINE / HYDROXYPROLINE / ヒドロキシプロリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffuction / pH: 5.6 詳細: Protein (15 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 20 mM TRANS-4-HYDROXY-L-PROLINE), Reservoir (0.17 M Ammonium Acetate, 0.085 M Sodium Citrate pH 5.6, 25.5 %(w/v) PEG 4000, 15 %(v/v) ...詳細: Protein (15 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 20 mM TRANS-4-HYDROXY-L-PROLINE), Reservoir (0.17 M Ammonium Acetate, 0.085 M Sodium Citrate pH 5.6, 25.5 %(w/v) PEG 4000, 15 %(v/v) Glycerol), Soak 2 minutes in (Reservoir + 20% Ethylene Glycol, 100 mM TRANS-4-HYDROXY-L-PROLINE), sitting drop vapor diffuction, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.33 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffuction / pH: 5.6
詳細: Protein (15 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 20 mM TRANS-4-HYDROXY-L-PROLINE), Reservoir (0.17 M Ammonium Acetate, 0.085 M Sodium Citrate pH 5.6, 25.5 %(w/v) PEG 4000, 15 %(v/v) ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月14日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→103.913 Å / Num. all: 77405 / Num. obs: 77405 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.088 / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 11.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.7-1.79	6	0.531	1.5	66281	11069	0.531	99
1.79-1.9	6.3	0.365	2.1	66068	10536	0.365	99.4
1.9-2.03	6.6	0.239	3.2	65966	10029	0.239	99.8
2.03-2.19	6.9	0.165	4.4	63728	9293	0.165	99.7
2.19-2.4	7.1	0.124	5.6	60742	8605	0.124	99.8
2.4-2.69	7.2	0.1	6.5	55877	7805	0.1	99.8
2.69-3.1	7	0.076	7.4	48572	6911	0.076	99.6
3.1-3.8	7	0.057	9.3	41421	5890	0.057	99.7
3.8-5.38	6.9	0.047	11.7	31854	4628	0.047	99.6
5.38-90.097	6.6	0.045	11.9	17443	2639	0.045	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2AZP

2azp

解像度: 1.7→32.763 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / FOM work R set: 0.7771 / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 27.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2252	3886	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1942	-	-	-
all	0.1958	77234	-	-
obs	0.1958	77234	99.35 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.26 Å² / B_iso mean: 24.2369 Å² / B_iso min: 10.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.763 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4708	0	20	630	5358

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4828
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.093	6552
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	720
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	868
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.523	1730

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.7207	0.2754	120	0.2355	2540	2660	99
1.7207-1.7425	0.291	122	0.2205	2603	2725	99
1.7425-1.7654	0.2957	139	0.2292	2571	2710	99
1.7654-1.7896	0.2784	170	0.2162	2511	2681	98
1.7896-1.8152	0.2801	132	0.2208	2593	2725	99
1.8152-1.8423	0.2919	123	0.2136	2609	2732	99
1.8423-1.8711	0.2377	140	0.2092	2580	2720	99
1.8711-1.9017	0.2284	124	0.202	2586	2710	99
1.9017-1.9345	0.221	146	0.202	2611	2757	100
1.9345-1.9697	0.2403	143	0.2061	2608	2751	99
1.9697-2.0076	0.2433	139	0.2022	2605	2744	100
2.0076-2.0486	0.2197	138	0.1937	2583	2721	100
2.0486-2.0931	0.2333	118	0.1948	2645	2763	100
2.0931-2.1418	0.226	118	0.1984	2635	2753	100
2.1418-2.1953	0.2333	159	0.1948	2571	2730	100
2.1953-2.2547	0.2302	150	0.1983	2624	2774	100
2.2547-2.321	0.2499	159	0.1952	2589	2748	100
2.321-2.3959	0.2382	132	0.1973	2625	2757	100
2.3959-2.4815	0.2286	146	0.2041	2624	2770	100
2.4815-2.5808	0.2722	140	0.2006	2611	2751	100
2.5808-2.6982	0.2222	142	0.2037	2633	2775	100
2.6982-2.8404	0.2571	132	0.202	2644	2776	99
2.8404-3.0182	0.2344	141	0.1985	2640	2781	100
3.0182-3.2511	0.2129	148	0.1896	2660	2808	99
3.2511-3.5779	0.2026	136	0.1833	2654	2790	100
3.5779-4.0948	0.2073	131	0.1783	2682	2813	100
4.0948-5.1557	0.1716	140	0.1628	2722	2862	99
5.1557-32.763	0.1978	158	0.1957	2789	2947	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3813	0.3857	0.0939	0.725	0.3388	0.4183	0.02	0.1492	-0.1237	-0.1427	0.0131	0.0699	0.0197	-0.0904	-0.2113	0.1757	0.004	-0.1116	0.1773	0.0022	0.1299	-30.1606	-9.0205	10.9513
2	1.1481	-0.3885	0.2543	1.2228	-0.1001	0.7938	-0.031	0.0056	-0.0147	-0.0695	-0.0101	0.1358	0.0389	-0.0697	0.0027	0.1474	-0.0171	-0.0866	0.1531	0.0275	0.156	-35.6348	-11.5743	15.7699
3	0.9773	-0.2699	0.0345	0.4415	0.262	0.4652	0.036	0.0973	0.1484	-0.1981	-0.0275	0.1064	-0.0716	-0.0994	0.0094	0.1653	0.0238	-0.1	0.1337	0.041	0.1356	-34.001	3.7586	13.0265
4	0.7822	-0.1601	0.1982	1.1891	-0.7444	1.0029	-0.0917	-0.3517	-0.1728	0.5675	0.1243	-0.0025	0.1678	0.1687	-0.0182	0.3543	0.0776	-0.0408	0.3044	0.0319	0.1768	-38.5299	3.5664	42.6191
5	1.6602	-0.0031	0.2915	0.4485	-0.0139	0.6103	-0.0642	-0.2216	0.0021	0.2114	0.1165	-0.091	0.0551	0.0446	-0.0362	0.2457	0.0286	-0.0823	0.2125	-0.026	0.1555	-30.8982	4.0742	37.3978
6	3.6895	-0.1496	-0.5967	1.369	-0.023	0.9559	-0.2019	-0.1514	-0.1825	0.427	0.2461	0.0326	0.1821	0.0809	-0.3642	0.4013	0.0901	-0.0746	0.2438	0.0398	0.1637	-26.9426	-4.437	39.9644
7	0.9653	-0.2183	-0.1795	1.9463	0.0677	1.5602	-0.2186	-0.1373	0.2485	0.1597	0.169	0.0173	0.0539	0.1408	-0.0062	0.1564	0.0383	-0.0658	0.1459	-0.0095	0.1496	-31.9735	4.1003	34.753
8	0.9656	-0.69	-0.3595	0.9082	0.546	0.3456	-0.029	-0.0149	-0.0181	0.1042	0.0585	-0.0029	0.0905	0.0625	-0.0215	0.1569	0.0297	-0.0623	0.1562	0.0235	0.1517	-31.5537	4.4499	29.7361
9	2.3604	-2.233	-0.3193	2.5254	0.3594	0.2968	-0.0312	0.0796	0.3052	0.0435	0.1142	-0.3833	-0.005	0.0269	-0.047	0.1222	0.0148	-0.0803	0.1361	-0.0346	0.1626	-29.9771	15.3873	29.7825
10	1.6175	-0.478	-1.1238	1.2041	0.2977	1.3617	-0.061	0.0568	-0.0629	-0.1116	-0.0304	0.0829	-0.0938	-0.1146	0.0624	0.1283	0.0385	-0.0649	0.135	-0.0101	0.2133	-37.1771	14.5377	22.5766
11	0.6738	0.1907	0.0333	2.2291	-0.2351	0.4681	0.0245	-0.0133	-0.1537	-0.0179	-0.0373	-0.0828	0.0095	-0.0671	0.0122	0.1437	-0.0068	-0.0639	0.1615	-0.0027	0.1515	-23.3996	-16.7353	14.2134
12	1.5512	0.1704	0.158	1.3711	-0.1045	1.002	0.0167	0.1474	0.011	-0.23	0.0442	-0.0993	-0.0411	0.0464	-0.0567	0.1623	-0.001	-0.034	0.1157	-0.014	0.0847	-7.2113	-11.563	10.9893
13	1.0029	-0.0662	0.1999	1.7836	-0.1937	0.7877	-0.0316	-0.0042	0.0262	-0.026	0.0526	-0.3372	0.0163	0.1266	-0.0233	0.123	-0.0112	-0.048	0.1451	-0.0092	0.1949	-1.6815	-10.8264	16.5291
14	0.6397	-0.3076	0.1272	1.0989	-0.375	0.8152	-0.045	-0.039	-0.0355	0.07	0.0339	-0.191	0.0217	0.0263	-0.0482	0.121	0.02	-0.0959	0.1141	-0.036	0.2003	-3.1182	-25.9549	24.9712
15	2.6499	1.0225	0.3968	0.704	-0.088	2.1429	-0.1699	-0.201	0.67	0.3079	0.1122	0.0837	-0.452	-0.2137	0.0543	0.3848	0.092	-0.1132	0.1692	-0.0378	0.2662	-10.103	-16.033	40.2055
16	1.3464	0.4169	0.2236	0.6325	-0.3778	0.9248	-0.0679	0.0981	0.0575	0.3144	0.0806	-0.3048	-0.2229	0.1735	0.1272	0.2435	0.0103	-0.1466	0.1759	-0.0482	0.3229	0.8756	-20.1967	35.4529
17	0.6317	-0.9539	0.032	1.5384	-0.2623	0.4692	-0.075	-0.0315	-0.0652	0.1771	0.0973	0.1112	-0.0294	-0.0791	-0.0352	0.137	0.0108	-0.0661	0.1265	0.0037	0.1971	-8.3461	-30.0832	30.6906
18	1.6746	-0.6693	0.588	1.2549	-0.253	1.3597	-0.04	0.1142	0.0704	-0.0572	-0.0397	-0.132	0.0375	0.233	0.0635	0.1518	0.0101	-0.0837	0.1776	0.0027	0.2718	-0.1649	-35.1187	22.6973
19	0.6363	-0.0612	-0.0508	1.0556	-0.1779	0.2939	0.0016	0.0478	0.1118	-0.0639	-0.0033	0.0143	-0.0376	0.0787	0.0379	0.1705	-0.0173	-0.0646	0.1635	0.0155	0.161	-13.9831	-3.822	14.2151

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 30 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 71 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 72 through 136 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 137 through 159 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 160 through 175 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 176 through 195 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 196 through 225 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 226 through 249 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 250 through 267 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 268 through 287 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 288 through 310 )	A
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 1 through 30 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 31 through 88 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 89 through 175 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 176 through 196 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 197 through 213 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 214 through 267 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 268 through 287 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 288 through 310 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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