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- PDB-4j9t: Crystal structure of a putative, de novo designed unnatural amino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j9t
タイトルCrystal structure of a putative, de novo designed unnatural amino acid dependent metalloprotein, northeast structural genomics consortium target OR61
要素designed unnatural amino acid dependent metalloprotein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / a beta-propeller / novel metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular region / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-galactosidase, NEW3 domain / NPCBM-associated, NEW3 domain of alpha-galactosidase / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Neuraminidase - #10 ...Alpha-galactosidase, NEW3 domain / NPCBM-associated, NEW3 domain of alpha-galactosidase / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Galactose-binding-like domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARSENIC / Sialidase
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora viridifaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Mills, J.H. / Khare, S.D. / Everett, J.K. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Computational design of an unnatural amino Acid dependent metalloprotein with atomic level accuracy.
著者: Mills, J.H. / Khare, S.D. / Bolduc, J.M. / Forouhar, F. / Mulligan, V.K. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Tong, L. / Stoddard, B.L. / Baker, D.
履歴
登録2013年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: designed unnatural amino acid dependent metalloprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7163
ポリマ－38,5491
非ポリマー1672
水9,494527
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.163, 79.677, 83.777
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 designed unnatural amino acid dependent metalloprotein / Neuraminidase / Sialidase


分子量: 38549.270 Da / 分子数: 1
変異: R68S, I69H, D92A, D131H, F155W, A156E, T226A, F234I, D259S, E260H, R276A, N311D
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora viridifaciens (バクテリア)
遺伝子: nedA / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02834
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ARS / ARSENIC / アルシン


分子量: 74.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: As
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細residue 92, which is modeled as Ala in the current structure, is modified by unnatural amino acid ...residue 92, which is modeled as Ala in the current structure, is modified by unnatural amino acid biprimidine Ala.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6.5
詳細: protein buffer: 10 mM Tris HCl (pH 8). Precipitation cocktail: 100 MM NA CACODYLATE (PH 6.5), 5 mM FeCl2, 15% PEG 3350 Microbatch under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97012 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97012 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→31.021 Å / Num. obs: 61532 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 6060 / Rsym value: 0.405 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
COMO位相決定
XTALVIEW精密化
CNS精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EUU

1euu


解像度: 1.4→31.021 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / σ(I): 1.3 / 位相誤差: 13.94 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: the electron density near Cys-351 was modeled as As ion, however, Fe2+ could be another possibility
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1662 6183 10.06 %RANDOM
Rwork0.1349 ---
all0.1394 61546 --
obs0.1382 61460 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.338 Å2 / ksol: 0.396 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2254 Å20 Å20 Å2
2--0.8007 Å20 Å2
3---0.4246 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.13 Å0.13 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.09 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→31.021 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2675 0 7 527 3209
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072752
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1483756
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.698981
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069403
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4003-1.41620.37821980.29951769X-RAY DIFFRACTION98
1.4162-1.43280.26841860.2471808X-RAY DIFFRACTION100
1.4328-1.45030.25782230.21491820X-RAY DIFFRACTION100
1.4503-1.46870.19271930.17381813X-RAY DIFFRACTION100
1.4687-1.4880.222060.16621827X-RAY DIFFRACTION100
1.488-1.50840.20062150.15091799X-RAY DIFFRACTION100
1.5084-1.52990.19492210.14511800X-RAY DIFFRACTION100
1.5299-1.55280.19651830.1271852X-RAY DIFFRACTION100
1.5528-1.5770.18491950.11961831X-RAY DIFFRACTION100
1.577-1.60290.17612010.11581832X-RAY DIFFRACTION100
1.6029-1.63050.1761940.11191831X-RAY DIFFRACTION100
1.6305-1.66020.15942100.10531841X-RAY DIFFRACTION100
1.6602-1.69210.14851910.10641820X-RAY DIFFRACTION100
1.6921-1.72660.16672190.10871824X-RAY DIFFRACTION100
1.7266-1.76420.15292150.10091815X-RAY DIFFRACTION100
1.7642-1.80520.15662120.10241861X-RAY DIFFRACTION100
1.8052-1.85030.15292010.10571825X-RAY DIFFRACTION100
1.8503-1.90040.14582080.11631824X-RAY DIFFRACTION100
1.9004-1.95630.1662140.11851831X-RAY DIFFRACTION100
1.9563-2.01940.16182090.1231824X-RAY DIFFRACTION100
2.0194-2.09160.15721950.12381884X-RAY DIFFRACTION100
2.0916-2.17530.15472060.12631850X-RAY DIFFRACTION100
2.1753-2.27430.1551840.12311874X-RAY DIFFRACTION100
2.2743-2.39410.15992160.131839X-RAY DIFFRACTION100
2.3941-2.54410.16512020.13311873X-RAY DIFFRACTION100
2.5441-2.74040.16422140.13431849X-RAY DIFFRACTION100
2.7404-3.01590.16222040.14011873X-RAY DIFFRACTION100
3.0159-3.45190.15012210.13721890X-RAY DIFFRACTION100
3.4519-4.34710.14472120.1311913X-RAY DIFFRACTION100
4.3471-31.02860.17192350.1711985X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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