PDB-4j9a: Engineered Digoxigenin binder DIG10.3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j9a

タイトル

Engineered Digoxigenin binder DIG10.3

要素

Engineered Digoxigenin binder protein DIG10.3

キーワード

DIGOXIGENIN BINDING PROTEIN / engineered / computationally designed / Digoxigenin-binding

機能・相同性

SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / DIGOXIGENIN / Uncharacterized PhzA/B-like protein PA3332

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Stoddard, B.L. / Doyle, L.A.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Computational design of ligand-binding proteins with high affinity and selectivity.
著者: Tinberg, C.E. / Khare, S.D. / Dou, J. / Doyle, L. / Nelson, J.W. / Schena, A. / Jankowski, W. / Kalodimos, C.G. / Johnsson, K. / Stoddard, B.L. / Baker, D.

履歴

登録	2013年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月14日	Group: Database references
改定 1.2	2013年9月18日	Group: Database references
改定 1.3	2013年9月25日	Group: Database references
改定 1.4	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb4j9a.ent.gz	158.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j9a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	4j9a_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4j9a_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	4j9a_validation.xml.gz	38.9 KB	表示
CIF形式データ	4j9a_validation.cif.gz	51.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/4j9a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/4j9a	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4j8tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5gjh-2 4j6k-2 4wco-2 4j8t-4 2ogb-2 1mgw-d 3zgp-d 3qu6-3 1y9t-d 1o4b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Engineered Digoxigenin binder protein DIG10.3

B: Engineered Digoxigenin binder protein DIG10.3

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1

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単位格子

Length a, b, c (Å)	132.793, 90.993, 110.075
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.680, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	ARG	ARG	A	A	2 - 123	2 - 123
2	1	ASN	ASN	ARG	ARG	B	B	2 - 123	2 - 123
1	2	ASN	ASN	ARG	ARG	A	A	2 - 123	2 - 123
2	2	ASN	ASN	ARG	ARG	C	C	2 - 123	2 - 123
1	3	ASN	ASN	LEU	LEU	A	A	2 - 122	2 - 122
2	3	ASN	ASN	LEU	LEU	D	D	2 - 122	2 - 122
1	4	ASN	ASN	ARG	ARG	A	A	2 - 123	2 - 123
2	4	ASN	ASN	ARG	ARG	E	E	2 - 123	2 - 123
1	5	ASN	ASN	LEU	LEU	A	A	2 - 122	2 - 122
2	5	ASN	ASN	LEU	LEU	F	F	2 - 122	2 - 122
1	6	ASN	ASN	ARG	ARG	A	A	2 - 123	2 - 123
2	6	ASN	ASN	ARG	ARG	G	G	2 - 123	2 - 123
1	7	ASN	ASN	ARG	ARG	A	A	2 - 123	2 - 123
2	7	ASN	ASN	ARG	ARG	H	H	2 - 123	2 - 123
1	8	ASN	ASN	ARG	ARG	A	A	2 - 123	2 - 123
2	8	ASN	ASN	ARG	ARG	I	I	2 - 123	2 - 123
1	9	ASN	ASN	ARG	ARG	B	B	2 - 123	2 - 123
2	9	ASN	ASN	ARG	ARG	C	C	2 - 123	2 - 123
1	10	ASN	ASN	VAL	VAL	B	B	2 - 124	2 - 124
2	10	ASN	ASN	VAL	VAL	D	D	2 - 124	2 - 124
1	11	ASN	ASN	VAL	VAL	B	B	2 - 124	2 - 124
2	11	ASN	ASN	VAL	VAL	E	E	2 - 124	2 - 124
1	12	ASN	ASN	VAL	VAL	B	B	2 - 124	2 - 124
2	12	ASN	ASN	VAL	VAL	F	F	2 - 124	2 - 124
1	13	ASN	ASN	ARG	ARG	B	B	2 - 123	2 - 123
2	13	ASN	ASN	ARG	ARG	G	G	2 - 123	2 - 123
1	14	ASN	ASN	ARG	ARG	B	B	2 - 123	2 - 123
2	14	ASN	ASN	ARG	ARG	H	H	2 - 123	2 - 123
1	15	ASN	ASN	ARG	ARG	B	B	2 - 123	2 - 123
2	15	ASN	ASN	ARG	ARG	I	I	2 - 123	2 - 123
1	16	ASN	ASN	LEU	LEU	C	C	2 - 122	2 - 122
2	16	ASN	ASN	LEU	LEU	D	D	2 - 122	2 - 122
1	17	ASN	ASN	ARG	ARG	C	C	2 - 123	2 - 123
2	17	ASN	ASN	ARG	ARG	E	E	2 - 123	2 - 123
1	18	ASN	ASN	LEU	LEU	C	C	2 - 122	2 - 122
2	18	ASN	ASN	LEU	LEU	F	F	2 - 122	2 - 122
1	19	ASN	ASN	ARG	ARG	C	C	2 - 123	2 - 123
2	19	ASN	ASN	ARG	ARG	G	G	2 - 123	2 - 123
1	20	ASN	ASN	ARG	ARG	C	C	2 - 123	2 - 123
2	20	ASN	ASN	ARG	ARG	H	H	2 - 123	2 - 123
1	21	ASN	ASN	ARG	ARG	C	C	2 - 123	2 - 123
2	21	ASN	ASN	ARG	ARG	I	I	2 - 123	2 - 123
1	22	ASN	ASN	VAL	VAL	D	D	2 - 124	2 - 124
2	22	ASN	ASN	VAL	VAL	E	E	2 - 124	2 - 124
1	23	ASN	ASN	VAL	VAL	D	D	2 - 124	2 - 124
2	23	ASN	ASN	VAL	VAL	F	F	2 - 124	2 - 124
1	24	ASN	ASN	ARG	ARG	D	D	2 - 123	2 - 123
2	24	ASN	ASN	ARG	ARG	G	G	2 - 123	2 - 123
1	25	ASN	ASN	ARG	ARG	D	D	2 - 123	2 - 123
2	25	ASN	ASN	ARG	ARG	H	H	2 - 123	2 - 123
1	26	MET	MET	ARG	ARG	D	D	1 - 123	1 - 123
2	26	MET	MET	ARG	ARG	I	I	1 - 123	1 - 123
1	27	ASN	ASN	VAL	VAL	E	E	2 - 124	2 - 124
2	27	ASN	ASN	VAL	VAL	F	F	2 - 124	2 - 124
1	28	ASN	ASN	ARG	ARG	E	E	2 - 123	2 - 123
2	28	ASN	ASN	ARG	ARG	G	G	2 - 123	2 - 123
1	29	ASN	ASN	ARG	ARG	E	E	2 - 123	2 - 123
2	29	ASN	ASN	ARG	ARG	H	H	2 - 123	2 - 123
1	30	ASN	ASN	ARG	ARG	E	E	2 - 123	2 - 123
2	30	ASN	ASN	ARG	ARG	I	I	2 - 123	2 - 123
1	31	ASN	ASN	ARG	ARG	F	F	2 - 123	2 - 123
2	31	ASN	ASN	ARG	ARG	G	G	2 - 123	2 - 123
1	32	ASN	ASN	ARG	ARG	F	F	2 - 123	2 - 123
2	32	ASN	ASN	ARG	ARG	H	H	2 - 123	2 - 123
1	33	ASN	ASN	ARG	ARG	F	F	2 - 123	2 - 123
2	33	ASN	ASN	ARG	ARG	I	I	2 - 123	2 - 123
1	34	ASN	ASN	ARG	ARG	G	G	2 - 123	2 - 123
2	34	ASN	ASN	ARG	ARG	H	H	2 - 123	2 - 123
1	35	ASN	ASN	ARG	ARG	G	G	2 - 123	2 - 123
2	35	ASN	ASN	ARG	ARG	I	I	2 - 123	2 - 123
1	36	ASN	ASN	ARG	ARG	H	H	2 - 123	2 - 123
2	36	ASN	ASN	ARG	ARG	I	I	2 - 123	2 - 123

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Engineered Digoxigenin binder protein DIG10.3 分子量: 15997.106 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Computationally designed based on hypothetical protein PA3332 from Pseudomonas aeruginosa 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA3332 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9HYR3
#2: 化合物	ChemComp-DOG / DIGOXIGENIN / 4-(3,12,14-TRIHYDROXY-10,13-DIMETHYL-HEXADECAHYDRO-CYCLOPENTA[A]PHENANTHREN-17-YL)-5H-FURAN-2-ONE / ジゴキシゲニン分子量: 390.513 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₄O₅
配列の詳細	DIG10.3 WAS COMPUTATIONALLY ENGINEERED BASED ON PRE-DEFINED CRITERIA OF AFFINITY FOR DIGOXIGENIN. ...DIG10.3 WAS COMPUTATIONALLY ENGINEERED BASED ON PRE-DEFINED CRITERIA OF AFFINITY FOR DIGOXIGENIN. THE FOLLOWING MUTATIONS TO PA3332 (PDB ID 1Z1S) WERE FOUND TO MAXIMIZE BINDING AND OPTIMIZE PROTEIN STABILITY: L7V, S10A, C23S, F34Y, A37P, W41Y, H61Y, L62M, V64I, A90L, V92A, Q99Y, S103A, L105W, D117L, W119F, H124V, A127P, G130L AND V131E. TO AIDE IN CRYSTALLIZATION THE C-TERMINAL RESIDUES 132-141 WERE REMOVED AND REPLACED WITH 6X HIS-TAG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.68 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris pH5.5, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.5998 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月13日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5998 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 21183 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.109 / Χ²: 1.066 / Net I/σ(I): 12.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
3.2-3.31	7.1	0.515	2082	1.023	1	96.5
3.31-3.45	7.2	0.351	2073	1.176	1	96.9
3.45-3.6	7.2	0.269	2097	1.173	1	97
3.6-3.79	7.3	0.221	2090	1.203	1	97.1
3.79-4.03	7.3	0.172	2104	1.141	1	97.7
4.03-4.34	7.4	0.125	2106	1.152	1	97.6
4.34-4.78	7.4	0.097	2136	1.015	1	98.2
4.78-5.47	7.3	0.088	2118	0.998	1	98.4
5.47-6.89	7	0.077	2165	0.941	1	98.9
6.89-50	7.3	0.059	2212	0.853	1	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
BOS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→45.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.893 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.844 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.628 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3167	1082	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2619	-	-	-
obs	0.2648	21172	97.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 153.95 Å² / B_iso mean: 72.708 Å² / B_iso min: 31.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.45 Å²	0 Å²	4.8 Å²
2-	-	9.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→45.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7045	0	252	0	7297

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	7585
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	5740
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.736	1.969	10547
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.292	3	12982
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.179	5	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.774	22.082	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.68	15	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.646	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	9054
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	1869

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4056	0.1
1	2	B	4056	0.1
2	1	A	3899	0.1
2	2	C	3899	0.1
3	1	A	3848	0.1
3	2	D	3848	0.1
4	1	A	3418	0.12
4	2	E	3418	0.12
5	1	A	3737	0.11
5	2	F	3737	0.11
6	1	A	2773	0.15
6	2	G	2773	0.15
7	1	A	3540	0.14
7	2	H	3540	0.14
8	1	A	3724	0.12
8	2	I	3724	0.12
9	1	B	3552	0.1
9	2	C	3552	0.1
10	1	B	3427	0.11
10	2	D	3427	0.11
11	1	B	3148	0.11
11	2	E	3148	0.11
12	1	B	3255	0.1
12	2	F	3255	0.1
13	1	B	2751	0.12
13	2	G	2751	0.12
14	1	B	3199	0.12
14	2	H	3199	0.12
15	1	B	3119	0.12
15	2	I	3119	0.12
16	1	C	3354	0.09
16	2	D	3354	0.09
17	1	C	3154	0.09
17	2	E	3154	0.09
18	1	C	3470	0.08
18	2	F	3470	0.08
19	1	C	2589	0.14
19	2	G	2589	0.14
20	1	C	3175	0.1
20	2	H	3175	0.1
21	1	C	3212	0.09
21	2	I	3212	0.09
22	1	D	2959	0.1
22	2	E	2959	0.1
23	1	D	3225	0.09
23	2	F	3225	0.09
24	1	D	2562	0.14
24	2	G	2562	0.14
25	1	D	3052	0.13
25	2	H	3052	0.13
26	1	D	3218	0.12
26	2	I	3218	0.12
27	1	E	2960	0.09
27	2	F	2960	0.09
28	1	E	2373	0.13
28	2	G	2373	0.13
29	1	E	2946	0.11
29	2	H	2946	0.11
30	1	E	2867	0.09
30	2	I	2867	0.09
31	1	F	2588	0.12
31	2	G	2588	0.12
32	1	F	2923	0.13
32	2	H	2923	0.13
33	1	F	3090	0.09
33	2	I	3090	0.09
34	1	G	2558	0.12
34	2	H	2558	0.12
35	1	G	2775	0.12
35	2	I	2775	0.12
36	1	H	3299	0.11
36	2	I	3299	0.11

LS精密化シェル

解像度: 3.204→3.287 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4	78	-
R_work	0.297	1384	-
all	-	1462	-
obs	-	-	92.83 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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