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- PDB-4j8z: Crystal Structure of the Human SPOP BTB Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j8z
タイトルCrystal Structure of the Human SPOP BTB Domain
要素Speckle-type POZ protein
キーワードPROTEIN BINDING / BTB domain / BACK domain / Protein ubiquitination
機能・相同性
機能・相同性情報


molecular function inhibitor activity / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / regulation of proteolysis / Hedgehog 'on' state / protein polyubiquitination / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear speck / ubiquitin protein ligase binding / nucleoplasm / identical protein binding ...molecular function inhibitor activity / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / regulation of proteolysis / Hedgehog 'on' state / protein polyubiquitination / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear speck / ubiquitin protein ligase binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Double Stranded RNA Binding Domain - #50 / Double Stranded RNA Binding Domain / SPOP, C-terminal BACK domain / : / BPM/SPOP, BACK domain / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like ...Double Stranded RNA Binding Domain - #50 / Double Stranded RNA Binding Domain / SPOP, C-terminal BACK domain / : / BPM/SPOP, BACK domain / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Other non-globular / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Special / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Speckle-type POZ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Stead, M.A. / Wright, S.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural basis of high-order oligomerization of the cullin-3 adaptor SPOP
著者: Geersdaele, L.K. / Stead, M.A. / Harrison, C.M. / Carr, S.B. / Close, H.J. / Rosbrook, G.O. / Connell, S.D. / Wright, S.C.
履歴
登録2013年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Speckle-type POZ protein
B: Speckle-type POZ protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7252
ポリマ－46,7252
非ポリマー00
水45025
1
A: Speckle-type POZ protein

A: Speckle-type POZ protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7252
ポリマ－46,7252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area3080 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18400 Å2
手法PISA
2
B: Speckle-type POZ protein

B: Speckle-type POZ protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7252
ポリマ－46,7252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area3030 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.390, 71.580, 62.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.210, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 178 - 353 / Label seq-ID: 15 - 190

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Speckle-type POZ protein / HIB homolog 1 / Roadkill homolog 1


分子量: 23362.740 Da / 分子数: 2 / 断片: SPOP BTB domain, UNP residues 178-374 / 変異: Y353E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: O43791
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.89 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 32% PEG3350, 17% isopropanol, 0.1M tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→58.02 Å / Num. all: 16513 / Num. obs: 16513 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 17.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å7.99 Å
Translation4 Å7.99 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA0.1.27データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.42→58.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / WRfactor Rfree: 0.2633 / WRfactor Rwork: 0.2177 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7936 / SU B: 9.487 / SU ML: 0.211 / SU R Cruickshank DPI: 0.4009 / SU Rfree: 0.2658 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.401 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2549 835 5.1 %RANDOM
Rwork0.2067 ---
obs0.2091 16512 98.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 157.78 Å2 / Biso mean: 64.9351 Å2 / Biso min: 25.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å2-0.4 Å2
2---3.02 Å2-0 Å2
3---1.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→58.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2762 0 0 25 2787
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192809
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022659
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5831.9583793
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97736145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7795354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.77225.496131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.79115505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0491512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2429
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.3896.1061422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.3896.1041421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.7069.1461774
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9860 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.483 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 56 -
Rwork0.281 1149 -
all-1205 -
obs--98.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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