[日本語] English
万見
- PDB-4j8t: Engineered Digoxigenin binder DIG10.2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j8t
タイトルEngineered Digoxigenin binder DIG10.2
要素Engineered Digoxigenin binder protein DIG10.2
キーワードDIGOXIGENIN BINDING PROTEIN / engineered / computationally designed / Digoxigenin-binding
機能・相同性SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / DIGOXIGENIN / Uncharacterized PhzA/B-like protein PA3332
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Stoddard, B.L. / Doyle, L.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Computational design of ligand-binding proteins with high affinity and selectivity.
著者: Tinberg, C.E. / Khare, S.D. / Dou, J. / Doyle, L. / Nelson, J.W. / Schena, A. / Jankowski, W. / Kalodimos, C.G. / Johnsson, K. / Stoddard, B.L. / Baker, D.
履歴
登録2013年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22013年9月18日Group: Database references
改定 1.32013年9月25日Group: Database references
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.62024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Engineered Digoxigenin binder protein DIG10.2
B: Engineered Digoxigenin binder protein DIG10.2
C: Engineered Digoxigenin binder protein DIG10.2
D: Engineered Digoxigenin binder protein DIG10.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2308
ポリマ－63,6684
非ポリマー1,5624
水1,54986
1
A: Engineered Digoxigenin binder protein DIG10.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3082
ポリマ－15,9171
非ポリマー3911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Engineered Digoxigenin binder protein DIG10.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3082
ポリマ－15,9171
非ポリマー3911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Engineered Digoxigenin binder protein DIG10.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3082
ポリマ－15,9171
非ポリマー3911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Engineered Digoxigenin binder protein DIG10.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3082
ポリマ－15,9171
非ポリマー3911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
D: Engineered Digoxigenin binder protein DIG10.2
ヘテロ分子

C: Engineered Digoxigenin binder protein DIG10.2
ヘテロ分子

A: Engineered Digoxigenin binder protein DIG10.2
B: Engineered Digoxigenin binder protein DIG10.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2308
ポリマ－63,6684
非ポリマー1,5624
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_445-x-1,-y-1,z+1/21
crystal symmetry operation5_545y,-x+y-1,z+1/61
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7200 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area21240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.368, 74.368, 161.097
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNVALVALAA2 - 1242 - 124
21ASNASNVALVALBB2 - 1242 - 124
12METMETLEULEUAA1 - 1251 - 125
22METMETLEULEUCC1 - 1251 - 125
13METMETLEULEUAA1 - 1281 - 128
23METMETLEULEUDD1 - 1281 - 128
14ASNASNLEULEUBB2 - 1252 - 125
24ASNASNLEULEUCC2 - 1252 - 125
15ASNASNVALVALBB2 - 1242 - 124
25ASNASNVALVALDD2 - 1242 - 124
16METMETLEULEUCC1 - 1251 - 125
26METMETLEULEUDD1 - 1251 - 125

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Engineered Digoxigenin binder protein DIG10.2


分子量: 15917.065 Da / 分子数: 4
変異: L7V, S10A, F34Y, A37P, W41Y, H61Y, L62M, V64I, A90H, Q99A, D117L, W119F, H124V, A127P, G130L and V131E
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA3332 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9HYR3
#2: 化合物
ChemComp-DOG / DIGOXIGENIN / 4-(3,12,14-TRIHYDROXY-10,13-DIMETHYL-HEXADECAHYDRO-CYCLOPENTA[A]PHENANTHREN-17-YL)-5H-FURAN-2-ONE / ジゴキシゲニン


分子量: 390.513 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H34O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細DIG10.2 WAS COMPUTATIONALLY ENGINEERED BASED ON PRE-DEFINED CRITERIA OF AFFINITY FOR DIGOXIGENIN. ...DIG10.2 WAS COMPUTATIONALLY ENGINEERED BASED ON PRE-DEFINED CRITERIA OF AFFINITY FOR DIGOXIGENIN. THE FOLLOWING MUTATIONS TO PA3332 (PDB ID 1Z1S) WERE FOUND TO MAXIMIZE BINDING AND OPTIMIZE PROTEIN STABILITY: L7V, S10A, F34Y, A37P, W41Y, H61Y, L62M, V64I, A90H, Q99A, D117L, W119F, H124V, A127P, G130L AND V131E. TO AIDE IN CRYSTALLIZATION THE C-TERMINAL RESIDUES 132-141 WERE REMOVED AND REPLACED WITH 6X HIS-TAG.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Acetate pH5.5, 1.5% MPD, 2.5M NaCl, 12% PEG1500, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.5998 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 30506 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 15.8 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.05-2.124.80.336172
2.12-2.217.70.3193
2.21-2.3112.90.291199.9
2.31-2.4317.30.2591100
2.43-2.5818.30.191100
2.58-2.7818.70.1521100
2.78-3.0618.80.1221100
3.06-3.5118.80.11100
3.51-4.4218.70.091100
4.42-5018.50.069199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.05 Å41.24 Å
Translation2.05 Å41.24 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7_650精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→41.244 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.28 / SU R Cruickshank DPI: 0.2422 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.9 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2463 1529 5.03 %
Rwork0.2108 --
obs0.2126 30423 96.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.919 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0557 Å20 Å2-0 Å2
2--0.0557 Å20 Å2
3----0.1113 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→41.244 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3693 0 112 86 3891
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083935
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1535410
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.841311
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.152612
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005663
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A53190.25
12B53190.25
21A53760.25
22C53760.25
31A59830.17
32D59830.17
41B58930.17
42C58930.17
51B52330.24
52D52330.24
61C53070.24
62D53070.24
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.11620.3227900.27771954X-RAY DIFFRACTION71
2.1162-2.19180.28551360.22992462X-RAY DIFFRACTION91
2.1918-2.27950.25631170.22172699X-RAY DIFFRACTION100
2.2795-2.38330.34021590.23152719X-RAY DIFFRACTION100
2.3833-2.50890.30381480.21912703X-RAY DIFFRACTION100
2.5089-2.66610.29821440.22272721X-RAY DIFFRACTION100
2.6661-2.87190.28711630.22952717X-RAY DIFFRACTION100
2.8719-3.16080.25861360.22442708X-RAY DIFFRACTION100
3.1608-3.61790.21661380.20342747X-RAY DIFFRACTION100
3.6179-4.55730.19521450.17852731X-RAY DIFFRACTION100
4.5573-41.25210.22761530.20912733X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る