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- PDB-4j7u: Crystal structure of human sepiapterin reductase in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j7u
タイトルCrystal structure of human sepiapterin reductase in complex with sulfathiazole
要素Sepiapterin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE/ANTIBIOTIC / Reductase / OXIDOREDUCTASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sepiapterin reductase (L-erythro-7,8-dihydrobiopterin forming) / sepiapterin reductase (NADP+) activity / aldo-keto reductase (NADPH) activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / eNOS activation / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / nitric oxide biosynthetic process / NADP binding / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sepiapterin reductase / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 4-amino-N-(1,3-thiazol-2-yl)benzenesulfonamide / Sepiapterin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Groenlund Pedersen, M. / Pojer, F. / Johnsson, K.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Tetrahydrobiopterin biosynthesis as an off-target of sulfa drugs.
著者: Haruki, H. / Pedersen, M.G. / Gorska, K.I. / Pojer, F. / Johnsson, K.
履歴
登録2013年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sepiapterin reductase
B: Sepiapterin reductase
C: Sepiapterin reductase
D: Sepiapterin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,34024
ポリマ－125,1604
非ポリマー5,18020
水2,684149
1
A: Sepiapterin reductase
B: Sepiapterin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,27613
ポリマ－62,5802
非ポリマー2,69611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7940 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area19740 Å2
手法PISA
2
C: Sepiapterin reductase
D: Sepiapterin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,06411
ポリマ－62,5802
非ポリマー2,4849
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7370 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.763, 147.763, 179.503
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 5 - 250 / Label seq-ID: 35 - 280

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Sepiapterin reductase / SPR


分子量: 31290.029 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE
参照: UniProt: P35270, sepiapterin reductase (L-erythro-7,8-dihydrobiopterin forming)

-
非ポリマー , 6種, 169分子

#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-YTZ / 4-amino-N-(1,3-thiazol-2-yl)benzenesulfonamide / Sulfathiazole / スルファチアゾ-ル


分子量: 255.317 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9N3O2S2 / コメント: 抗菌剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.70 M ammonium sulphate, 0.1 M HEPES, 2 % w/v PEG 1000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月2日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 162423 / Num. obs: 161097 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.45→2.59 Å / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HWK

4hwk


解像度: 2.44→48.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 6.061 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22794 4077 5 %RANDOM
Rwork0.19792 ---
all0.19946 77446 --
obs0.19946 77446 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.908 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→48.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7744 0 326 149 8219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0228186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4342.05311106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.45151024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.50524.103312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.805151396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1441564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215952
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6521.55096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29328104
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.95233090
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2514.53002
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1848 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.270.5
Bmedium positional0.320.5
Cmedium positional0.290.5
Dmedium positional0.310.5
Amedium thermal1.342
Bmedium thermal0.772
Cmedium thermal0.972
Dmedium thermal1.642
LS精密化 シェル解像度: 2.443→2.507 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 283 -
Rwork0.274 5327 -
obs--92.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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