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- PDB-4j7q: Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Sfh3 complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j7q
タイトルCrystal structure of Saccharomyces cerevisiae Sfh3 complexed with phosphatidylinositol
要素Phosphatidylinositol transfer protein PDR16
キーワードLIPID TRANSPORT / Sec14 scaffold / phosphatidylinositol
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / phosphatidylinositol transporter complex / phosphatidylinositol transfer activity / nucleus-vacuole junction / sterol binding / sterol biosynthetic process / phospholipid biosynthetic process / phospholipid transport / lipid droplet / cell periphery ...negative regulation of sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / phosphatidylinositol transporter complex / phosphatidylinositol transfer activity / nucleus-vacuole junction / sterol binding / sterol biosynthetic process / phospholipid biosynthetic process / phospholipid transport / lipid droplet / cell periphery / response to xenobiotic stimulus / endoplasmic reticulum membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain superfamily / CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) ...: / Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain superfamily / CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B7N / Phosphatidylinositol transfer protein PDR16
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Yang, H. / Im, Y.J.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2013
タイトル: Structural determinants for phosphatidylinositol recognition by Sfh3 and substrate-induced dimer-monomer transition during lipid transfer cycles.
著者: Yang, H. / Tong, J. / Leonard, T.A. / Im, Y.J.
履歴
登録2013年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol transfer protein PDR16
B: Phosphatidylinositol transfer protein PDR16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9394
ポリマ－77,2092
非ポリマー1,7302
水5,747319
1
A: Phosphatidylinositol transfer protein PDR16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4702
ポリマ－38,6041
非ポリマー8651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphatidylinositol transfer protein PDR16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4702
ポリマ－38,6041
非ポリマー8651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area29730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.889, 144.149, 55.656
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol transfer protein PDR16 / PITP / Pleiotropic drug resistance protein 16 / SEC14 homolog 3


分子量: 38604.461 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 15-345 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: N1158, PDR16, SFH3, YNL231C / プラスミド: pST39 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53860
#2: 化合物 ChemComp-B7N / (1R)-2-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate


分子量: 865.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H85O13P / コメント: リン脂質*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES, 20% PEG 8000, 0.2M ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 32.4
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 5474 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→34.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1294658.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 5571 5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
all0.222 116521 --
obs0.221 110950 98.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.071 Å2 / ksol: 0.385777 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.57 Å20 Å24.3 Å2
2---4.13 Å20 Å2
3---2.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→34.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5299 0 118 319 5736
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 941 5.1 %
Rwork0.248 17391 -
obs--98.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater_rep.top
X-RAY DIFFRACTION3PI.paramPI.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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