PDB-4j7k: The crystal structure of a secreted protein EsxB (Mutant E54Q) fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j7k

タイトル

The crystal structure of a secreted protein EsxB (Mutant E54Q) from Bacillus anthracis str. Sterne

要素

secreted protein EsxB

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / structural genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

HP0062-like domain superfamily / HP0062-like domain / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / ESAT-6-like protein / ESAT-6-like protein

機能・相同性情報

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Fan, Y. / Tan, K. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a secreted protein EsxB (Mutant E54Q) from Bacillus anthracis str. Sterne
著者: Fan, Y. / Tan, K. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j7k.cif.gz	155.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j7k.ent.gz	124.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j7k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/4j7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/4j7k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j11S 4iyh 4iyi 4j10 4j41 4j42 4j7j S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1y66-d 1tlk-1 2vrr-d 4j11-2 5vbd-2 4j11-1 6to5-1 4j7j-d 6lh8-d 3b7b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC102106

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: secreted protein EsxB

B: secreted protein EsxB

C: secreted protein EsxB

D: secreted protein EsxB

41.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: secreted protein EsxB

B: secreted protein EsxB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: secreted protein EsxB

D: secreted protein EsxB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	31.274, 132.473, 38.347
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.63, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	secreted protein EsxB 分子量: 10371.541 Da / 分子数: 4 / 変異: E54Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: Bacillus anthracis, BAS2036, BA_2191, GBAA_2191 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q81R67, UniProt: A0A6L7HJC4*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

secreted protein EsxB

分子量: 10371.541 Da / 分子数: 4 / 変異: E54Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: Bacillus anthracis, BAS2036, BA_2191, GBAA_2191 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q81R67, UniProt: A0A6L7HJC4*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.19 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.17M Ammonium Acetate, 0.085M Sodium Acetate:HCl, 25.5%(w/v)PEG4000, 15%(v/v)Glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月4日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→38 Å / Num. all: 35247 / Num. obs: 35247 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 27
反射シェル	解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1500 / % possible all: 83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4J11

4j11

解像度: 1.66→38 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2167	1758	5 %	random
R_work	0.1752	-	-	-
obs	0.1774	35187	96.76 %	-
all	-	35187	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2806	0	0	356	3162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2854
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.933	3830
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.653	1096
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	408
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	519

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6602-1.7051	0.2744	118	0.2293	2186	X-RAY DIFFRACTION	83
1.7051-1.7553	0.2524	123	0.2154	2379	X-RAY DIFFRACTION	89
1.7553-1.8119	0.2449	124	0.2141	2548	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8119-1.8767	0.2549	146	0.2048	2589	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8767-1.9518	0.2725	164	0.1978	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9518-2.0406	0.2242	117	0.1952	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0406-2.1482	0.2208	130	0.171	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1482-2.2828	0.2031	127	0.1644	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2828-2.459	0.2039	139	0.1688	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.459-2.7064	0.2182	114	0.1635	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7064-3.0979	0.2279	157	0.1737	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0979-3.9024	0.1801	159	0.1544	2567	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9024-38.0178	0.2162	140	0.1756	2536	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8456	-1.3571	0.2188	2.8208	1.4047	8.8217	0.0925	-0.4479	0.0805	0.6687	0.1009	0.7523	-0.0609	-0.7835	-0.2875	0.3106	0.0161	0.0769	0.3124	0.0064	0.2755	0.2414	28.641	13.1764
2	-0.01	0.8627	0.2206	6.6332	0.2435	-0.0241	0.0095	-0.0026	-0.0654	0.0652	0.0108	-0.36	0.0091	0.0389	-0.0059	0.182	-0.0074	0.007	0.1768	-0.0018	0.19	7.8661	1.4066	0.5204
3	0.3667	1.0469	0.1678	6.4411	0.34	0.0515	-0.0582	0.0081	-0.0028	-0.5621	0.0687	-0.0865	-0.0447	0.0078	0.0175	0.2568	-0.0083	0.0053	0.2019	0.0016	0.1441	4.4916	8.2857	-5.6657
4	0.1402	-0.0429	0.1207	2.4863	-0.5667	0.4255	-0.0112	-0.0006	-0.0748	0.0408	0.0842	0.2915	0.0017	-0.0239	-0.0734	0.1268	-0.004	0.0036	0.1774	-0.0041	0.1682	0.4429	-3.2141	5.2111
5	0.3746	0.0943	-0.0547	5.2646	-0.8978	0.5269	0.0012	-0.0101	-0.0252	0.0108	0.0089	0.4498	-0.0113	-0.018	-0.0664	0.1235	-0.0021	-0.036	0.1652	-0.0057	0.1697	-4.591	-4.5785	0.8193
6	0.4008	0.3196	0.1038	1.1825	0.0662	1.3203	-0.0025	-0.0257	-0.0197	0.1534	0.0226	0.0084	0.1711	-0.0738	-0.0036	0.0939	-0.0126	0.011	0.1763	0.0052	0.1185	10.0045	26.1937	-16.5792
7	0.6866	0.4961	0.3743	4.7193	0.6342	0.9623	-0.0244	0.0481	-0.065	-0.2758	0.1032	-0.0679	0.2095	0.0615	-0.0722	0.1785	-0.0012	0.0238	0.1976	-0.0067	0.1113	13.9997	22.6584	-24.11
8	1.3092	-0.6226	0.3548	5.6795	0.4716	1.1474	-0.0655	-0.0591	0.113	-0.0338	0.0794	-0.0168	-0.0076	0.0018	-0.0172	0.0817	-0.0069	0.0142	0.1945	-0.0034	0.1133	14.8221	37.2474	-12.3519
9	1.4463	-0.2116	0.5001	5.4033	0.8251	1.46	-0.0017	0.0775	-0.0598	0.1988	0.1651	-0.5196	0.1885	0.1305	-0.1954	0.1094	0.0166	0.0113	0.2242	0.0003	0.1496	22.1247	31.7295	-16.3316

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 7 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 8 through 44 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 45 through 88 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid -2 through 44 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 45 through 90 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 0 through 44 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 45 through 90 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 3 through 39 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 40 through 86 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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