PDB-4j7j: The crystal structure of a secreted protein EsxB (Mutant G53A) fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j7j

タイトル

The crystal structure of a secreted protein EsxB (Mutant G53A) from Bacillus anthracis str. Sterne

要素

secreted protein EsxB

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / structural genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

HP0062-like domain superfamily / HP0062-like domain / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / ESAT-6-like protein / ESAT-6-like protein

機能・相同性情報

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.458 Å

データ登録者

Fan, Y. / Tan, K. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a secreted protein EsxB (Mutant, G53A) from Bacillus anthracis str. Sterne
著者: Fan, Y. / Tan, K. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j7j.cif.gz	85.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j7j.ent.gz	65.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j7j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4j7j_validation.pdf.gz	445.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4j7j_full_validation.pdf.gz	446 KB	表示
XML形式データ	4j7j_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	4j7j_validation.cif.gz	15.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/4j7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/4j7j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j11S 4iyh 4iyi 4j10 4j41 4j42 4j7k S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4j7k-2 4j11-2 5ijj-2 3o5n-9 4j11-1 6csv-1 3vc8-d 1y66-d 6csv-2 6lh8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC102106

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: secreted protein EsxB

B: secreted protein EsxB

ヘテロ分子

20.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.064, 38.445, 130.503
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	secreted protein EsxB 分子量: 10386.552 Da / 分子数: 2 / 変異: G53A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: Bacillus anthracis, BAS2036, BA_2191, GBAA_2191 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q81R67, UniProt: A0A6L7HJC4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.39 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1M Sodium Acetate:HCl, 25% (w/v) PEG3350 , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月4日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→30 Å / Num. all: 29127 / Num. obs: 29127 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 36.1
反射シェル	解像度: 1.46→1.49 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.244 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1222 / % possible all: 82.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4J11

4j11

解像度: 1.458→29.494 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2159	1471	5.07 %	Random
R_work	0.1824	-	-	-
obs	0.1841	29023	96.79 %	-
all	-	29023	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.458→29.494 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1366	0	6	199	1571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1410
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.982	1892
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.756	549
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	203
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	252

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4576-1.5046	0.2785	113	0.2325	2142	X-RAY DIFFRACTION	84
1.5046-1.5584	0.2609	126	0.2038	2375	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5584-1.6208	0.2691	134	0.1778	2526	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6208-1.6946	0.2188	142	0.1715	2528	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6946-1.7839	0.1964	128	0.1766	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7839-1.8956	0.2323	114	0.1737	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8956-2.042	0.2397	130	0.1883	2584	X-RAY DIFFRACTION	99
2.042-2.2474	0.2429	121	0.1759	2561	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2474-2.5724	0.2079	167	0.1782	2531	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5724-3.2404	0.2204	160	0.1863	2572	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2404-29.4997	0.188	136	0.1808	2607	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6661	-0.1135	-0.0149	1.3626	-0.2689	4.4059	-0.0535	0.0638	0.0289	-0.0257	-0.0099	0.0133	0.1708	-0.1569	0.066	0.0756	-0.0032	0.0042	0.0792	0.0069	0.1413	-1.2434	2.3587	22.2775
2	0.7482	-0.0606	-0.2965	1.6011	0.3894	7.7391	0.0517	0.0224	-0.043	-0.1289	-0.0701	-0.1187	0.469	-0.0432	0.011	0.1529	0.0103	0.0043	0.0727	0.0048	0.1479	2.734	-5.1045	23.5118
3	1.998	-0.3581	-0.874	0.3082	0.6248	1.2738	0.0461	0.7894	-0.6439	-0.1835	-0.2348	0.0628	0.5407	-0.3156	0.1783	0.4907	-0.0273	-0.0365	0.5131	-0.092	0.2634	-3.5198	0.139	-13.2539
4	1.3594	-0.1986	1.322	0.7823	-0.8239	8.6229	-0.0709	0.0381	0.1267	0.082	-0.0826	-0.1211	-0.2285	0.1938	0.1878	0.1028	-0.0064	-0.0157	0.1168	0.008	0.1661	5.0082	7.169	19.4048
5	1.8492	-0.3073	1.4556	1.0414	-0.9825	7.6121	-0.019	0.2506	0.0693	-0.0642	-0.1692	-0.1859	0.2346	0.7646	0.2125	0.082	0.028	0.0016	0.1791	0.0169	0.1746	9.6609	1.6945	13.8202

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 44 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 90 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 0 through 7 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 8 through 44 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 45 through 85 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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