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- PDB-4j7b: Crystal structure of polo-like kinase 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j7b
タイトルCrystal structure of polo-like kinase 1
要素
  • (Polo-like kinase) x 2
  • 205 kDa microtubule-associated protein
キーワードTRANSFERASE / First complex structure of KD and PBD domain / regulator of mitosis / phosphorylated target protein
機能・相同性
機能・相同性情報


polo kinase / centrosome cycle / microtubule associated complex / mitotic spindle organization / kinetochore / spindle pole / spindle / retina development in camera-type eye / mitotic cell cycle / midbody ...polo kinase / centrosome cycle / microtubule associated complex / mitotic spindle organization / kinetochore / spindle pole / spindle / retina development in camera-type eye / mitotic cell cycle / midbody / microtubule / phosphorylation / cell division / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
POLO box domain / Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Arylsulfatase, C-terminal domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...POLO box domain / Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Arylsulfatase, C-terminal domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
205 kDa microtubule-associated protein / Serine/threonine-protein kinase PLK
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Xu, J. / Shen, C. / Quan, J. / Wang, T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the inhibition of Polo-like kinase 1
著者: Xu, J. / Shen, C. / Wang, T. / Quan, J.
履歴
登録2013年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月18日Group: Database references
改定 1.22016年6月8日Group: Derived calculations
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polo-like kinase
B: Polo-like kinase
C: 205 kDa microtubule-associated protein
D: Polo-like kinase
E: Polo-like kinase
F: 205 kDa microtubule-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,9996
ポリマ－135,9996
非ポリマー00
水6,485360
1
A: Polo-like kinase
B: Polo-like kinase
C: 205 kDa microtubule-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9993
ポリマ－67,9993
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6000 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area26080 Å2
手法PISA
2
D: Polo-like kinase
E: Polo-like kinase
F: 205 kDa microtubule-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9993
ポリマ－67,9993
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area25740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.681, 57.453, 125.736
Angle α, β, γ (deg.)89.150, 89.840, 72.380
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12A
22D
13B
23E
14B
24E
15C
25F

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
詳細KD:PBD 1:1

-
要素

#1: タンパク質 Polo-like kinase / Uncharacterized protein


分子量: 34106.910 Da / 分子数: 2 / 断片: Kinase Domain, UNP residues 18-312 / 変異: D162N, E192F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: plk1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) PLysS / 参照: UniProt: Q6DRK7, polo kinase
#2: タンパク質 Polo-like kinase / Uncharacterized protein


分子量: 27206.227 Da / 分子数: 2 / 断片: Polo Box Domain, UNP residues 360-595 / 変異: D384G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: plk1 / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) PLysS / 参照: UniProt: Q6DRK7, polo kinase
#3: タンパク質 205 kDa microtubule-associated protein


分子量: 6686.270 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 276-325 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Map205, CG1483 / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) PLysS / 参照: UniProt: P23226
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 50mM Bis-Tris, 100mM MOPS, 100mM NaCl, 12.5% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月10日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 56677 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.3-2.34194.1
2.38-2.43194.3
2.48-2.53193.4
4.32-4.94196.7
4.94-6.21196.3
6.21-25198.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D5W

3d5w


解像度: 2.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 17.038 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.398 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2635 2705 5.1 %RANDOM
Rwork0.2048 ---
obs0.2077 53265 93.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 166.15 Å2 / Biso mean: 51.6355 Å2 / Biso min: 17.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.67 Å2-0.3 Å2-1.56 Å2
2--0.94 Å2-1.97 Å2
3----5.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8810 0 0 360 9170
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0199005
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6061.97212150
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.864320022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.17451079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.69323.095420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.224151633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6851576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219943
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022073
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2595LOOSE POSITIONAL0.565
1A2595LOOSE THERMAL2.0510
2A1709LOOSE POSITIONAL0.525
2A1709LOOSE THERMAL2.310
3B1756LOOSE POSITIONAL0.485
3B1756LOOSE THERMAL3.2710
4B1514LOOSE POSITIONAL0.455
4B1514LOOSE THERMAL2.4410
5C735LOOSE POSITIONAL0.565
5C735LOOSE THERMAL1.7510
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.356 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 182 -
Rwork0.277 3578 -
all-3760 -
obs--90.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5789-0.39510.50214.34450.30623.8051-0.00080.3340.2968-0.6901-0.1261-0.1585-0.33350.03840.12690.2078-0.08080.07870.27840.1590.45495.29135.947-43.912
22.2752.49-0.60355.9554-1.631.7772-0.13510.00230.07750.20590.140.0034-0.0442-0.059-0.00490.07080.02230.06910.08590.09640.36099.68225.841-15.248
34.4330.9723-0.38826.02210.48823.8379-0.1151-0.134-0.3104-0.14510.0152-0.02180.10450.06240.09990.26950.05380.15660.23770.15980.36784.34317.847-2.424
41.63730.46730.2623.36771.02675.0670.2785-0.1364-0.27990.5463-0.5610.09350.4165-0.47570.28250.1885-0.08630.15380.63080.04290.4986-18.24421.96546.229
52.6199-1.58930.9973.3279-1.20473.8431-0.2979-0.34230.04510.06980.11910.0547-0.1657-0.19210.17890.0620.0740.06420.30640.03750.3733-13.78831.34617.607
68.6972-0.35541.1173.76220.18446.1225-0.1845-0.72050.40270.0943-0.04210.0161-0.3804-0.17020.22660.28770.0867-0.04450.28550.06660.4206-19.45639.064.672
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 187
2X-RAY DIFFRACTION1A198 - 311
3X-RAY DIFFRACTION2B363 - 479
4X-RAY DIFFRACTION2B490 - 585
5X-RAY DIFFRACTION3C276 - 324
6X-RAY DIFFRACTION4D20 - 187
7X-RAY DIFFRACTION4D199 - 311
8X-RAY DIFFRACTION5E363 - 479
9X-RAY DIFFRACTION5E490 - 585
10X-RAY DIFFRACTION6F276 - 324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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