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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4j6w | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of HFQ from Pseudomonas aeruginosa in complex with CTP | |||||||||
要素 | Protein hfq | |||||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / LSM / RNA chaperone / sRNA / mRNA | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of carbon utilization / regulation of translation, ncRNA-mediated / regulation of RNA stability / quorum sensing / regulation of translation / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Nikulin, A.D. / Murina, V. / Lekontseva, N. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013 タイトル: Hfq binds ribonucleotides in three different RNA-binding sites. 著者: Murina, V. / Lekontseva, N. / Nikulin, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4j6w.cif.gz | 113.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4j6w.ent.gz | 88.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4j6w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/4j6w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/4j6w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 9114.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: hfq, PA4944 / プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HUM0 |
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-非ポリマー , 8種, 323分子
#2: 化合物 | ChemComp-CTP / #3: 化合物 | ChemComp-C5P / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-P6G / | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-CDP / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.27 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 200 mm ammonium sulphate, 200 mm NaCl, 50 mm TRIS-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月10日 |
放射 | モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 54468 / Num. obs: 54468 / % possible obs: 97.78 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 11.56 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 2.77 / Num. unique all: 6883 / % possible all: 81.93 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1U1T 解像度: 1.8→50 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.15 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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