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- PDB-4j6c: The 1.9 A crystal structure of CYP154C5 from Nocardia farcinica i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j6c
タイトルThe 1.9 A crystal structure of CYP154C5 from Nocardia farcinica in complex with progesterone
要素Cytochrome P450 monooxygenase
キーワードoxidoreductase/substrate / Cytochrom P450 / steroid hydroxylating monooxygenase / steroid binding / oxidoreductase-substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / PROGESTERONE / Cytochrome P450 monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Nocardia farcinica (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Herzog, K. / Hoffmann, K.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Enzyme-substrate complex structures of CYP154C5 shed light on its mode of highly selective steroid hydroxylation.
著者: Herzog, K. / Bracco, P. / Onoda, A. / Hayashi, T. / Hoffmann, K. / Schallmey, A.
履歴
登録2013年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 monooxygenase
B: Cytochrome P450 monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,92614
ポリマ－90,7542
非ポリマー2,17312
水12,502694
1
A: Cytochrome P450 monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4176
ポリマ－45,3771
非ポリマー1,0405
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5098
ポリマ－45,3771
非ポリマー1,1327
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Cytochrome P450 monooxygenase
ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,92614
ポリマ－90,7542
非ポリマー2,17312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area6640 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area31680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.999, 102.999, 217.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome P450 monooxygenase


分子量: 45376.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nocardia farcinica (バクテリア) / 株: IFM 10152 / 遺伝子: NFA_53110 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 (DE3) / 参照: UniProt: Q5YNS8

-
非ポリマー , 6種, 706分子

#2: 化合物 ChemComp-STR / PROGESTERONE / プロゲステロン


分子量: 314.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O2 / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M MgCHO2 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月7日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→82.55 Å / Num. all: 67934 / Num. obs: 67934 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.9-25.70.3824.15648699310.382100
2-2.125.80.2662.95402393850.266100
2.12-2.275.80.1963.85126788120.196100
2.27-2.455.90.1614.44839582360.161100
2.45-2.695.90.1315.34483575520.131100
2.69-360.1036.24087068230.103100
3-3.4760.0738.43652860400.073100
3.47-4.256.10.0797.23100450900.079100
4.25-6.016.10.05892413539250.058100
6.01-42.0086.10.03415.41313921400.03499.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: preliminary solved structure of PDB-entry 4J6B

4j6b


解像度: 1.9→82.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / WRfactor Rfree: 0.2382 / WRfactor Rwork: 0.1927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8439 / SU B: 6.65 / SU ML: 0.114 / SU R Cruickshank DPI: 0.1662 / SU Rfree: 0.1539 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2384 3448 5.1 %RANDOM
Rwork0.1918 ---
obs0.1942 67930 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.45 Å2 / Biso mean: 28.871 Å2 / Biso min: 10.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.22 Å2-0.61 Å2-0 Å2
2---1.22 Å2-0 Å2
3---1.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→82.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6240 0 148 694 7082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0196641
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024381
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6071.9979102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.716310659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1075832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.25723.284271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.29151036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0941552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21047
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021363
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
2785MEDIUM POSITIONAL0.110.5
2351TIGHT THERMAL0.850.5
2785MEDIUM THERMAL1.152
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 250 -
Rwork0.229 4799 -
all-5049 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0449-0.02050.06480.9398-0.26411.05750.0348-0.0130.05590.01150.0079-0.1637-0.09550.1522-0.04260.0394-0.0162-0.00220.0566-0.01380.0585-11.76-26.88315.209
29.7274.0703-1.52487.02421.05850.78330.3435-0.1507-0.57310.8091-0.54350.09070.1531-0.13140.19990.25330.01340.00330.2665-0.00330.0632-32.743-34.59935.132
30.62150.2365-0.28481.503-0.15370.42820.00290.02090.0383-0.0450.02620.14180.0058-0.1208-0.02910.02630.0158-0.00680.0560.00410.0173-34.41-38.51412.232
46.33350.8132-0.07516.218-0.8941.7615-0.0312-0.24370.14710.318-0.02230.1477-0.0645-0.14810.05350.08680.04810.03910.0771-0.00830.0386-40.34-20.81724.473
50.76020.2024-0.09431.06220.050.54310.0108-0.0717-0.13640.07390.0032-0.19830.03990.0688-0.0140.01820.0226-0.0190.05440.00150.0553-17.774-42.85520.333
611.1302-2.7933-1.74710.9417-1.378814.4346-0.1494-0.1767-0.8231-0.10120.17030.22471.1459-0.8092-0.02090.1581-0.0383-0.00540.1075-0.00010.0934-30.386-61.93510.252
70.9531-0.10190.10020.80860.31190.98850.02190.01470.0645-0.03240.01310.1419-0.1319-0.1431-0.03510.06370.0133-0.0080.0650.00460.063912.23-26.845-15.688
815.0876-24.164-2.791839.14262.055414.09540.85190.4719-0.6797-1.4184-0.71161.14160.2672-0.2162-0.14030.5187-0.01980.16420.1145-0.03850.135932.237-37.239-35.591
90.5027-0.1711-0.21251.33820.11620.51190.021-0.02530.04420.00040.0147-0.1823-0.03160.1551-0.03560.0373-0.0288-0.00630.0672-0.00690.032234.39-38.423-12.28
107.1501-0.11761.04686.44060.81182.82630.0550.16420.125-0.4124-0.1519-0.2907-0.0937-0.03250.09690.137-0.0560.06540.0822-0.01760.072140.619-21.224-25.189
110.518-0.1059-0.1011.11240.01140.62720.01280.0349-0.0736-0.08820.00760.16120.0231-0.0691-0.02050.0189-0.0215-0.0170.0592-0.00030.034417.938-42.338-20.208
128.46920.85170.54520.18231.078212.1574-0.12510.2345-0.94140.06530.1037-0.08830.99130.70240.02140.1460.0111-0.00340.101-0.00680.133630.423-61.852-10.337
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2A108 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3A115 - 204
4X-RAY DIFFRACTION4A205 - 231
5X-RAY DIFFRACTION5A232 - 404
6X-RAY DIFFRACTION6A405 - 410
7X-RAY DIFFRACTION7B5 - 110
8X-RAY DIFFRACTION8B111 - 114
9X-RAY DIFFRACTION9B115 - 204
10X-RAY DIFFRACTION10B205 - 229
11X-RAY DIFFRACTION11B230 - 404
12X-RAY DIFFRACTION12B405 - 410

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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