PDB-4j5j: Crystal Structure of Multidrug Resistant HIV-1 Protease Clinical ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j5j

タイトル

Crystal Structure of Multidrug Resistant HIV-1 Protease Clinical Isolate PR20 in Complex with Amprenavir

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / multidrug resistant HIV-1 protease clinical isolate PR20 / clinical inhibitor Amprenavir / potent antiviral inhibitor GRL-0519A / potent antiviral inhibitor GRL-02031 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Shen, C.H. / Weber, I.T.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Extreme Multidrug Resistant HIV-1 Protease with 20 Mutations Is Resistant to Novel Protease Inhibitors with P1'-Pyrrolidinone or P2-Tris-tetrahydrofuran.
著者: Agniswamy, J. / Shen, C.H. / Wang, Y.F. / Ghosh, A.K. / Rao, K.V. / Xu, C.X. / Sayer, J.M. / Louis, J.M. / Weber, I.T.

履歴

登録	2013年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月5日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j5j.cif.gz	79 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j5j.ent.gz	59.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j5j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4j5j_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4j5j_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	4j5j_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	4j5j_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/4j5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/4j5j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j54C 4j55C 3ucbS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3s53-d 3ucb-d 5b18-2 3ixo-d 1sbg-d 5fiv-1 1z1h-d 3gga-3 1b11-1 1msn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.717, 65.798, 93.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10766.542 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 501-599 変異: Q7K,L10F,I13V,I15V,D30N,V32I,L33F,E35D,M36I,S37N,I47V,I54L,Q58E,I62V,L63P,A71V,I84V,N88D,L89T,L90M 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: pol / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03367, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-478 / {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER / Amprenavir / アンプレナビル分子量: 505.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₅N₃O₆S / コメント: プロテアーゼ阻害剤, 薬剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.07 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 1.67 M sodium chloride, 67 mM citrate/phosphate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 0.84999 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月13日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.84999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 17214 / Num. obs: 16791 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 19.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.86	3.1	0.468	2.1	1	80
1.86-1.94				1	95.2
1.94-2.03				1	99.8
2.03-2.13				1	99.9
2.13-2.27				1	100
2.27-2.44				1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UCB

3ucb

解像度: 1.8→9.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 3.855 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24279	828	5 %	RANDOM
R_work	0.18743	-	-	-
obs	0.19015	15764	97.65 %	-
all	-	17214	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.471 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→9.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1518	0	73	95	1686

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	1652
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.108	2.02	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.02	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.889	24.237	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.446	15	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.208	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.156	0.2	264
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	703
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.168	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.083	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.427	1.5	990
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.394	2	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.199	3	662
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.18	4.5	627
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.845 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	53	-
R_work	0.255	868	-
obs	-	-	77.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6015	-0.3657	1.2137	1.7717	1.3485	5.5204	-0.0132	-0.0204	-0.0646	0.0925	-0.041	0.0155	0.2177	-0.0776	0.0542	0.0381	-0.0255	0.0522	0.0459	0.0187	0.1006	13.8609	-12.1299	-8.8418
2	0.6345	0.1521	-0.0813	-0.0201	0.1023	3.9023	-0.0551	-0.0629	-0.1108	-0.0092	-0.0234	-0.0217	0.216	0.0717	0.0785	0.1757	-0.0073	0.0231	0.0591	0.0004	0.1042	12.931	-15.3042	-8.3015
3	1.0975	-0.1735	0.3543	0.4832	0.0636	4.3008	0.0956	-0.0239	0.1909	-0.0434	0.0927	-0.0288	-0.27	-0.0877	-0.1883	0.0735	-0.0145	0.0331	0.0262	-0.0092	0.1145	13.2691	6.3077	-10.6516
4	-0.0338	-0.0672	-0.5962	0.0098	0.4998	1.8671	-0.0192	-0.0203	-0.0087	0.0518	0.0544	-0.0254	0.2435	0.0589	-0.0351	0.1802	0.0175	0.0059	0.0671	0.0104	0.1434	12.5525	-12.0001	-9.0136
5	3.712	0.5166	2.4233	0.0758	-0.0218	4.9705	0.1257	-0.1203	0.0978	0.0053	-0.0705	0.0265	0.2171	-0.0643	-0.0551	0.095	-0.0013	-0.0224	0.0319	-0.0271	0.0909	12.7046	-1.1132	-9.8833
6	0.4641	0.0358	0.249	0.8595	-0.2211	0.6265	0.0108	-0.0117	0.0344	-0.0115	-0.021	-0.0062	-0.0745	0.0006	0.0102	0.0942	0.0052	0.0001	0.0941	-0.0163	0.109	13.3193	5.9928	-10.295

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	35 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	135 - 144
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	45 - 57
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	145 - 157
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	64 - 72
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	164 - 172
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	78 - 82
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	178 - 182
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	13 - 20
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	113 - 120
11	X-RAY DIFFRACTION	6	A	1 - 8
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	101 - 108

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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