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万見
- PDB-4j4z: Crystal structure of the improved variant of the evolved serine h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j4z
タイトルCrystal structure of the improved variant of the evolved serine hydrolase, OSH55.4_H1.2, bond with sulfate ion in the active site, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR301
要素Designed serine hydrolase variant OSH55.4_H1.2
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR301 / OSH55.4_H1.2 / serine hydrolase
機能・相同性Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Lew, S. / Rajagopalan, S. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Lee, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. ...Kuzin, A.P. / Lew, S. / Rajagopalan, S. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Lee, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the improved variant of the evolved serine hydrolase, OSH55.4_H1.2, bond with sulfate ion in the active site, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR301
著者: Kuzin, A.P. / Lew, S. / Rajagopalan, S. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Lee, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2013年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Designed serine hydrolase variant OSH55.4_H1.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7677
ポリマ－18,0181
非ポリマー7496
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Designed serine hydrolase variant OSH55.4_H1.2
ヘテロ分子

A: Designed serine hydrolase variant OSH55.4_H1.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,53414
ポリマ－36,0362
非ポリマー1,49812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area4620 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area14430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.906, 66.771, 38.102
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Designed serine hydrolase variant OSH55.4_H1.2


分子量: 18018.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: ammonium sulfate 1M, HEPES 0.1M, PEG8000 0.5%, micro batch under oil, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月5日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→47.93 Å / Num. obs: 90701 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 9.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.26→33.386 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.904 / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.26 / 位相誤差: 17.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.181 4600 5.07 %
Rwork0.169 --
obs0.17 90701 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 67.54 Å2 / Biso mean: 14.55 Å2 / Biso min: 4.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.26→33.386 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1203 0 40 183 1426
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051354
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1231847
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076205
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006239
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.591517
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.26-1.2740.2821650.3012618278390
1.274-1.2890.3181540.2962739289396
1.289-1.3050.2421640.262908307298
1.305-1.3210.2751330.2582823295699
1.321-1.3390.2421350.2192885302098
1.339-1.3570.2491400.2192866300699
1.357-1.3770.2441530.2082880303399
1.377-1.3970.2251730.2042880305399
1.397-1.4190.2111530.1932871302499
1.419-1.4420.211760.1942834301099
1.442-1.4670.1871700.1862894306499
1.467-1.4940.21360.1822831296799
1.494-1.5220.171410.1772932307399
1.522-1.5540.1991700.1612900307099
1.554-1.5870.1691490.15628502999100
1.587-1.6240.1941520.14828633015100
1.624-1.6650.1781890.15229343123100
1.665-1.710.1741440.1528783022100
1.71-1.760.1511480.1528623010100
1.76-1.8170.1871860.15529003086100
1.817-1.8820.1731420.1628803022100
1.882-1.9570.1591360.1622878301499
1.957-2.0460.2161630.15429173080100
2.046-2.1540.1331360.14929023038100
2.154-2.2890.1861510.1612884303599
2.289-2.4660.181480.15728803028100
2.466-2.7140.1621370.16729423079100
2.714-3.1060.1641300.16828963026100
3.106-3.9130.1461450.15729113056100
3.913-33.3970.1731810.1572863304499
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.6173 Å / Origin y: 44.4878 Å / Origin z: 34.293 Å
111213212223313233
T0.039 Å20.005 Å2-0.0004 Å2-0.0633 Å2-0.0028 Å2--0.0571 Å2
L0.8473 °2-0.2601 °20.0833 °2-1.1769 °2-0.102 °2--0.54 °2
S0.0119 Å °0.0108 Å °0.0491 Å °-0.0408 Å °-0.0106 Å °0.0895 Å °-0.0443 Å °-0.0634 Å °0.0047 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 162
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 484
3X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 202
4X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 205
5X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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