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万見
- PDB-4j4x: Crystal structure of GraVN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j4x
タイトルCrystal structure of GraVN
要素NP protein
キーワードVIRAL PROTEIN / nucleocapsid protein / nucleoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid, Phlebovirus/Tenuivirus / Nucleocapsid, Phlebovirus / Tenuivirus/Phlebovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Granada virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Jiao, L. / Ouyang, S. / Liang, M. / Niu, F. / Shaw, N. / Wu, W. / Ding, W. / Jin, C. / Zhu, Y. / Zhang, F. ...Jiao, L. / Ouyang, S. / Liang, M. / Niu, F. / Shaw, N. / Wu, W. / Ding, W. / Jin, C. / Zhu, Y. / Zhang, F. / Wang, T. / Li, C. / Zuo, X. / Luan, C.H. / Li, D. / Liu, Z.J.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structure of severe Fever with thrombocytopenia syndrome virus nucleocapsid protein in complex with suramin reveals therapeutic potential
著者: Jiao, L. / Ouyang, S. / Liang, M. / Niu, F. / Shaw, N. / Wu, W. / Ding, W. / Jin, C. / Peng, Y. / Zhu, Y. / Zhang, F. / Wang, T. / Li, C. / Zuo, X. / Luan, C.H. / Li, D. / Liu, Z.J.
履歴
登録2013年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NP protein
B: NP protein
C: NP protein
D: NP protein
E: NP protein
F: NP protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,6226
ポリマ－170,6226
非ポリマー00
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19410 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area64620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.289, 96.337, 100.800
Angle α, β, γ (deg.)64.57, 81.72, 85.10
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.881928, 0.360377, -0.303862), (0.029837, 0.600646, 0.798958), (0.470439, -0.71369, 0.518974)39.71118, -87.68577, 13.3937
3given(0.664115, 0.744626, -0.066963), (0.353214, -0.233555, 0.90592), (0.658932, -0.625288, -0.41812)33.44183, -125.49677, 98.46086
4given(0.52546, 0.776533, 0.34769), (0.770501, -0.607633, 0.192641), (0.36086, 0.16667, -0.917606)-1.68629, -82.41505, 174.93008
5given(0.790101, 0.304869, 0.531785), (0.611438, -0.330542, -0.718948), (-0.043407, 0.893195, -0.44757)-35.23269, 25.65343, 158.20963
6given(0.837456, -0.160501, 0.522404), (0.513764, 0.557102, -0.652444), (-0.186314, 0.814786, 0.549009)-48.4425, 28.25651, 64.0798

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要素

#1: タンパク質
NP protein / nucleocapsid protein


分子量: 28436.949 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Granada virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2DQZ4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M MgCl2, 21% PEG 1000, 0.1M imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月13日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→49.64 Å / Num. all: 56301 / Num. obs: 54500 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.51→2.54 Å / % possible all: 87.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J4R

4j4r


解像度: 2.51→49.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 0.011 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.319 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26641 2905 5.1 %RANDOM
Rwork0.19535 ---
obs0.19888 54499 96.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å2-0.09 Å20.01 Å2
2--0.1 Å2-0.2 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→49.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11558 0 0 179 11737
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211768
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5991.97515893
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.828326902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.25251485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.05124.51459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.912152195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0961566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02113035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022475
LS精密化 シェル解像度: 2.505→2.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 160 -
Rwork0.273 3456 -
obs--81.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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