PDB-4j3h: Ring cycle for dilating and constricting the nuclear pore: struct...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j3h

タイトル

Ring cycle for dilating and constricting the nuclear pore: structure of a Nup54 homo-tetramer.

要素

Nuclear pore complex protein Nup54

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / FG-repeat / mid-plane ring / gating / nup / Helical bundle / four helix bundle / transport channel / Nucleoporin / transport / nucleo-cytoplasmic transport / mRNP export / Nup58 / Nup62 / Karyopherin / Nup45 / Nuclear envelope / nuclear pore complex / nucleus / NPC

機能・相同性

機能・相同性情報

Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / snRNP Assembly / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMOylation of RNA binding proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5002 Å

データ登録者

Solmaz, S.R. / Blobel, G. / Melcak, I.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Ring cycle for dilating and constricting the nuclear pore.
著者: Solmaz, S.R. / Blobel, G. / Melcak, I.

履歴

登録	2013年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月17日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j3h.cif.gz	53.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j3h.ent.gz	41.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j3h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/4j3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/4j3h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2osz 3t97 3t98
類似構造データ	2etn-2 6ewp-3 6lnn-2 4fxt-5 2zd2-2 6lz8-1 2p4x-2 3nrf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (6) #85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nuclear pore complex protein Nup54

B: Nuclear pore complex protein Nup54

ヘテロ分子

11.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nuclear pore complex protein Nup54

B: Nuclear pore complex protein Nup54

ヘテロ分子

A: Nuclear pore complex protein Nup54

B: Nuclear pore complex protein Nup54

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.320, 41.320, 198.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質・ペプチド	Nuclear pore complex protein Nup54 / 54 kDa nucleoporin / Nucleoporin Nup54 / nucleoporin p54 分子量: 5619.972 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 453-494 / 変異: I458M I481M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Nup54 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P70582
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 22-26% PEG 400, 0.1 M Na Hepes buffer pH 7.1 - 8.1, 0.2 M CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月20日
放射	モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→35 Å / Num. all: 30293 / Num. obs: 30293 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 24 % / B_iso Wilson estimate: 26 Å² / R_sym value: 0.053 / Net I/σ(I): 38.4
反射シェル	解像度: 1.5→1.7 Å / 冗長度: 22 % / Mean I/σ(I) obs: 13.3 / Num. unique all: 9434 / R_sym value: 0.252 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5002→33.661 Å / SU ML: 0.34 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 17.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2227	3044	10.05 %	Random
R_work	0.1919	-	-	-
all	0.1949	30293	-	-
obs	0.1949	30293	99.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.117 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1764 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.1764 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.3529 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5002→33.661 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	675	0	3	80	758

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	701
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.24	937
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.461	286
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	101
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	123

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5002-1.5236	0.262	140	0.2564	1264	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5236-1.5486	0.2658	147	0.2418	1193	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5486-1.5753	0.2382	139	0.2163	1232	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5753-1.6039	0.2796	139	0.2164	1236	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6039-1.6348	0.2098	133	0.2087	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6348-1.6681	0.2349	135	0.206	1235	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6681-1.7044	0.1961	144	0.2042	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7044-1.7441	0.212	139	0.1913	1221	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7441-1.7877	0.2281	140	0.1812	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7877-1.836	0.1902	131	0.1848	1221	X-RAY DIFFRACTION	100
1.836-1.89	0.2481	138	0.1822	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.951	0.1757	139	0.178	1246	X-RAY DIFFRACTION	100
1.951-2.0208	0.2245	134	0.1742	1221	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0208-2.1017	0.1945	134	0.1827	1261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1017-2.1973	0.1913	142	0.1825	1233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1973-2.3131	0.2476	138	0.1748	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3131-2.458	0.214	136	0.1731	1237	X-RAY DIFFRACTION	100
2.458-2.6477	0.2755	134	0.1929	1237	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6477-2.914	0.2362	142	0.2161	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.914-3.3354	0.2534	142	0.2071	1220	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3354-4.2009	0.1865	139	0.1684	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2009-33.6697	0.2287	139	0.2061	1235	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8671	-0.0887	-0.1913	0.3838	0.5542	0.7172	0.0597	-0.0657	-0.0345	-0.1545	0.0215	0.3942	-0.1204	-0.0901	-0.0032	0.1622	0.0019	0.0329	0.1258	0.0221	0.1708	0.069	39.4392	130.327
2	5.7128	-3.1529	-5.4379	5.515	2.735	6.7713	-0.4254	-0.3378	-0.5689	0.344	0.4785	-0.7921	0.3932	0.7101	0.0175	0.1587	-0.0233	0.0894	0.1884	-0.0834	0.2415	13.0815	29.4968	121.5124
3	6.5139	-1.7496	-4.337	2.9006	1.7805	7.6088	-0.079	-0.6599	0.4184	0.2035	0.3797	-0.1677	-0.2475	0.5067	-0.2241	0.1839	-0.0193	0.0614	0.2143	-0.0834	0.2327	22.2747	24.2793	107.6354
4	7.1495	5.9241	0.9846	5.256	0.202	1.3165	0.2548	-0.3824	0.8196	0.4255	-0.2077	0.1046	-0.3379	-0.2601	0.0739	0.1908	-0.0087	0.0867	0.1108	-0.0792	0.3459	33.0357	26.3222	98.718
5	3.4322	2.7062	0.2986	4.0221	1.7432	1.3007	0.012	0.1356	-0.2777	-0.6164	0.0052	0.3239	-0.0138	0.0579	0.0375	0.2098	0.0345	-0.0325	0.1933	-0.0361	0.1601	17.2699	15.6654	97.7067
6	7.1275	-3.2376	-4.7194	4.5267	3.4432	5.7591	-0.3411	-0.8104	-0.4043	0.4464	0.275	0.0313	0.5688	0.5623	0.0342	0.1476	0.0393	-0.0063	0.1891	0.0205	0.0999	13.9262	16.9324	113.1248
7	3.0781	0.5703	-4.2075	1.568	0.99	8.2547	-0.057	0.1921	0.0074	-0.0759	0.1269	-0.0044	-0.1613	-0.3777	-0.0257	0.1315	-0.0025	0.0077	0.1951	-0.019	0.079	2.27	24.9233	121.5887
8	9.4295	-5.0228	-6.3713	4.0966	3.482	4.3298	0.2221	0.8718	-0.1382	-0.601	-0.0363	1.3166	-0.3746	-1.2332	-0.199	0.2389	0.0263	-0.0325	0.3426	0.035	0.3383	-8.2364	32.39	126.1671

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and resseq 453:466
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and resseq 467:478
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and resseq 479:489
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and resseq 490:494
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and resseq 453:459
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and resseq 460:472
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and resseq 473:482
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and resseq 483:490

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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