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- PDB-4j37: Crystal structure of the catalytic domain of human Pus1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j37
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of human Pus1
要素tRNA pseudouridine synthase A, mitochondrial
キーワードRNA BINDING PROTEIN / beta sheet / pseudouridine synthase / tRNA / pre-tRNA / steroid receptor RNA activator / U2 snRNA / Isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial tRNA pseudouridine synthesis / steroid receptor RNA activator RNA binding / tRNA pseudouridine38-40 synthase / tRNA modification in the mitochondrion / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / tRNA pseudouridine synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol ...mitochondrial tRNA pseudouridine synthesis / steroid receptor RNA activator RNA binding / tRNA pseudouridine38-40 synthase / tRNA modification in the mitochondrion / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / tRNA pseudouridine synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / RNA splicing / mRNA processing / tRNA binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pseudouridine synthase PUS1/ PUS2-like / Pseudouridine synthase I, catalytic domain, C-terminal subdomain / Pseudouridine synthase I, catalytic domain, N-terminal subdomain / Pseudouridine synthase I, TruA / Pseudouridine synthase I, TruA, C-terminal / Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain / tRNA pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase TruA/RsuA/RluB/E/F, N-terminal / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Pseudouridine synthase PUS1/ PUS2-like / Pseudouridine synthase I, catalytic domain, C-terminal subdomain / Pseudouridine synthase I, catalytic domain, N-terminal subdomain / Pseudouridine synthase I, TruA / Pseudouridine synthase I, TruA, C-terminal / Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain / tRNA pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase TruA/RsuA/RluB/E/F, N-terminal / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pseudouridylate synthase 1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Czudnochowski, N. / Finer-Moore, J.S. / Stroud, R.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: In Human Pseudouridine Synthase 1 (hPus1), a C-Terminal Helical Insert Blocks tRNA from Binding in the Same Orientation as in the Pus1 Bacterial Homologue TruA, Consistent with Their ...タイトル: In Human Pseudouridine Synthase 1 (hPus1), a C-Terminal Helical Insert Blocks tRNA from Binding in the Same Orientation as in the Pus1 Bacterial Homologue TruA, Consistent with Their Different Target Selectivities.
著者: Czudnochowski, N. / Wang, A.L. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M.
履歴
登録2013年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA pseudouridine synthase A, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2405
ポリマ－37,9501
非ポリマー2904
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.950, 51.950, 445.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-664-

HOH

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要素

#1: タンパク質 tRNA pseudouridine synthase A, mitochondrial / tRNA pseudouridine(38-40) synthase / tRNA pseudouridylate synthase I / tRNA-uridine isomerase I


分子量: 37950.359 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain (unp residues 79-408) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PUS1, PP8985 / プラスミド: pET47modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE)3 / 参照: UniProt: Q9Y606, tRNA pseudouridine38-40 synthase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 %
結晶化温度: 295 K / pH: 6.5
詳細: 18% PEG8000, 0.1 M MES, 0.3 M AmSO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月11日 / 詳細: MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 37347 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.45 % / Biso Wilson estimate: 21.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 19.17
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 4.78 % / Rmerge(I) obs: 1.353 / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / % possible all: 89.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
PHASER位相決定
ELVES精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID: 4ITS

4its


解像度: 1.75→44.76 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 2 / 位相誤差: 21.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 2309 6.18 %
Rwork0.2 --
obs0.202 37344 98.4 %
all-37344 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→44.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2387 0 15 184 2586
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122471
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2313332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.029929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007428
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.78810.29171260.29141928X-RAY DIFFRACTION89
1.7881-1.82970.33411290.2821999X-RAY DIFFRACTION93
1.8297-1.87540.31381290.27442078X-RAY DIFFRACTION95
1.8754-1.92610.29461400.25892090X-RAY DIFFRACTION97
1.9261-1.98280.31391380.24852134X-RAY DIFFRACTION99
1.9828-2.04680.25771450.22252163X-RAY DIFFRACTION100
2.0468-2.120.24751420.20322159X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.20480.25581460.19232207X-RAY DIFFRACTION100
2.2048-2.30520.24441450.18782184X-RAY DIFFRACTION100
2.3052-2.42670.22811490.1882202X-RAY DIFFRACTION100
2.4267-2.57870.24871450.18952232X-RAY DIFFRACTION100
2.5787-2.77780.22911490.18372208X-RAY DIFFRACTION100
2.7778-3.05730.24351520.19292279X-RAY DIFFRACTION100
3.0573-3.49950.20171480.18982271X-RAY DIFFRACTION100
3.4995-4.40840.2211570.17082337X-RAY DIFFRACTION100
4.4084-44.7770.22581690.2032564X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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