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万見
- PDB-4j2k: Crystal structure of a plant trypsin inhibitor EcTI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j2k
タイトルCrystal structure of a plant trypsin inhibitor EcTI
要素Trypsin inhibitor
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / trefoil / Serine protease inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Trypsin inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Enterolobium contortisiliquum (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Zhou, D. / Wlodawer, A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of a Plant Trypsin Inhibitor from Enterolobium contortisiliquum (EcTI) and of Its Complex with Bovine Trypsin.
著者: Zhou, D. / Lobo, Y.A. / Batista, I.F. / Marques-Porto, R. / Gustchina, A. / Oliva, M.L. / Wlodawer, A.
履歴
登録2013年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年2月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Non-polymer description / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity_name_com ...chem_comp / entity_name_com / entity_src_nat / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_name_com.name / _entity_src_nat.common_name / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _software.version / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num / _struct_ref_seq_dif.seq_num
改定 2.12023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trypsin inhibitor
B: Trypsin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0556
ポリマ－39,7332
非ポリマー3224
水4,125229
1
A: Trypsin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0283
ポリマ－19,8661
非ポリマー1612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Trypsin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0283
ポリマ－19,8661
非ポリマー1612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.700, 34.900, 65.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Trypsin inhibitor / EcTI


分子量: 19866.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterolobium contortisiliquum (マメ科) / 参照: UniProt: P86451
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M MES pH 5.5, 10% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. all: 35502 / Num. obs: 34536 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2.9 / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル解像度: 1.75→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.346 / Num. unique all: 10904 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4J2Y

4j2y


解像度: 1.75→19.558 Å / SU ML: 0.26 / 位相誤差: 23.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2368 1037 3 %RANDOM
Rwork0.1828 ---
all0.1844 35502 --
obs0.1844 34535 97.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.433 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7365 Å2-0 Å21.1129 Å2
2---0.5533 Å2-0 Å2
3---1.2898 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.558 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2669 0 22 229 2920
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092757
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.313715
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9081061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006483
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.84220.34541350.30464358X-RAY DIFFRACTION90
1.8422-1.95750.29081470.25014744X-RAY DIFFRACTION98
1.9575-2.10850.24161480.20184781X-RAY DIFFRACTION99
2.1085-2.32040.27131500.18154850X-RAY DIFFRACTION99
2.3204-2.65540.23681500.18344858X-RAY DIFFRACTION99
2.6554-3.34290.22591510.15824874X-RAY DIFFRACTION99
3.3429-19.55940.20291560.15835033X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.2318 Å / Origin y: 20.0034 Å / Origin z: -41.8795 Å
111213212223313233
T0.051 Å20.027 Å2-0.0331 Å2-0.0513 Å20.0098 Å2--0.0884 Å2
L1.2542 °20.3601 °2-1.0195 °2-0.7803 °2-0.0873 °2--1.7255 °2
S-0.0098 Å °0.008 Å °-0.0198 Å °-0.059 Å °-0.006 Å °-0.0234 Å °0.0446 Å °0.0909 Å °0.0088 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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