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- PDB-4j23: Low resolution crystal structure of the FGFR2D2D3/FGF1/SR128545 c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j23
タイトルLow resolution crystal structure of the FGFR2D2D3/FGF1/SR128545 complex
要素
  • Fibroblast growth factor 1
  • Fibroblast growth factor receptor 2
キーワードSIGNALING PROTEIN/transferase / protein-protein complex / Immunoglobulin C-2 Type / receptor domain / FGF binding / TRANSFERASE / PROTEIN BINDING / MEMBRANE PROTEIN / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by FGFR2 amplification mutants / Signaling by FGFR2 fusions / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in hemopoiesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in positive regulation of cell proliferation in bone marrow / lateral sprouting from an epithelium / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in mammary gland specification / mammary gland bud formation / branch elongation involved in salivary gland morphogenesis / mesenchymal cell differentiation involved in lung development ...Signaling by FGFR2 amplification mutants / Signaling by FGFR2 fusions / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in hemopoiesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in positive regulation of cell proliferation in bone marrow / lateral sprouting from an epithelium / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in mammary gland specification / mammary gland bud formation / branch elongation involved in salivary gland morphogenesis / mesenchymal cell differentiation involved in lung development / lacrimal gland development / prostate gland morphogenesis / otic vesicle formation / regulation of smooth muscle cell differentiation / regulation of morphogenesis of a branching structure / orbitofrontal cortex development / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / embryonic organ morphogenesis / branching morphogenesis of a nerve / endochondral bone growth / morphogenesis of embryonic epithelium / mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / bud elongation involved in lung branching / epidermis morphogenesis / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / regulation of endothelial tube morphogenesis / FGFR3b ligand binding and activation / reproductive structure development / limb bud formation / membranous septum morphogenesis / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / lung lobe morphogenesis / gland morphogenesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / ventricular zone neuroblast division / embryonic digestive tract morphogenesis / mesenchymal cell differentiation / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / pyramidal neuron development / branching involved in prostate gland morphogenesis / FGFR2b ligand binding and activation / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / regulation of osteoblast proliferation / FGFR1b ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / branching involved in salivary gland morphogenesis / embryonic pattern specification / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / positive regulation of phospholipase activity / lung-associated mesenchyme development / outflow tract septum morphogenesis / regulation of smoothened signaling pathway / embryonic cranial skeleton morphogenesis / mesodermal cell differentiation / bone morphogenesis / S100 protein binding / positive regulation of hepatocyte proliferation / digestive tract development / skeletal system morphogenesis / odontogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / ureteric bud development / inner ear morphogenesis / organ growth / hair follicle morphogenesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / PI-3K cascade:FGFR3 / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / regulation of osteoblast differentiation / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / lung alveolus development / prostate epithelial cord elongation / PI-3K cascade:FGFR1 / midbrain development / positive regulation of sprouting angiogenesis / bone mineralization / fibroblast growth factor binding / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of cell division / excitatory synapse / PI3K Cascade / positive regulation of Wnt signaling pathway / anatomical structure morphogenesis / cell fate commitment
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Fibroblast growth factor receptor family / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Immunoglobulin domain ...HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Fibroblast growth factor receptor family / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 1 / Fibroblast growth factor receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.882 Å
データ登録者Kudlinzki, D. / Saxena, K. / Sreeramulu, S. / Schieborr, U. / Dreyer, M. / Schreuder, H. / Schwalbe, H.
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2013
タイトル: Molecular mechanism of SSR128129E, an extracellularly acting, small-molecule, allosteric inhibitor of FGF receptor signaling.
著者: Herbert, C. / Schieborr, U. / Saxena, K. / Juraszek, J. / De Smet, F. / Alcouffe, C. / Bianciotto, M. / Saladino, G. / Sibrac, D. / Kudlinzki, D. / Sreeramulu, S. / Brown, A. / Rigon, P. / ...著者: Herbert, C. / Schieborr, U. / Saxena, K. / Juraszek, J. / De Smet, F. / Alcouffe, C. / Bianciotto, M. / Saladino, G. / Sibrac, D. / Kudlinzki, D. / Sreeramulu, S. / Brown, A. / Rigon, P. / Herault, J.P. / Lassalle, G. / Blundell, T.L. / Rousseau, F. / Gils, A. / Schymkowitz, J. / Tompa, P. / Herbert, J.M. / Carmeliet, P. / Gervasio, F.L. / Schwalbe, H. / Bono, F.
履歴
登録2013年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Structure summary
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 2
B: Fibroblast growth factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6302
ポリマ－40,6302
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.674, 210.674, 72.512
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 2 / FGFR-2 / K-sam / KGFR / Keratinocyte growth factor receptor


分子量: 25014.400 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 147-366 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BEK, FGFR2, KGFR, KSAM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21802, receptor protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質 Fibroblast growth factor 1 / FGF-1 / Acidic fibroblast growth factor / aFGF / Endothelial cell growth factor / ECGF / Heparin- ...FGF-1 / Acidic fibroblast growth factor / aFGF / Endothelial cell growth factor / ECGF / Heparin-binding growth factor 1 / HBGF-1


分子量: 15615.596 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 21-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGF1, FGFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05230
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.59 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.882→182.449 Å / Num. obs: 9212 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 3.882→3.895 Å / 冗長度: 21.5 % / Rmerge(I) obs: 1.352 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 1.352 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1DJS

1djs


解像度: 3.882→39.814 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.804 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.771 / SU ML: 0.73 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 49.65 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 436 4.75 %
Rwork0.3212 --
obs0.3243 9172 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 109.761 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.93 Å21.47 Å20 Å2
2--2.93 Å20 Å2
3----4.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.882→39.814 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2642 0 0 0 2642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0212710
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.7383668
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.715998
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.107394
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012471
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8822-4.44330.43171310.34632837X-RAY DIFFRACTION100
4.4433-5.59570.42931580.37892873X-RAY DIFFRACTION100
5.5957-39.81570.35691470.29293026X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.3177.5943-4.82856.74-4.7591.2613-3.7907-0.5162-1.6121-3.74533.0708-1.7634-2.8669-3.17470.49892.3502-0.4340.22011.1586-0.31271.1991-111.1437-45.507111.6827
28.07860.9515-1.07570.14070.0095-0.0087-4.24585.46670.7272-5.6531-0.11722.35414.66-1.98990.66913.14782.5723-2.6185-6.55285.718-0.9189-111.6371-42.396.1943
37.51924.5185-3.64753.88251.042710.1488-1.829-0.4351-0.6377-0.24470.7385-0.80921.47342.54750.52841.69030.1351-0.16140.3730.17731.226-111.8091-46.073617.4389
40.2799-0.8202-0.26733.53751.01970.8593-0.4158-0.73441.3421-1.0229-0.96671.191-0.9275-0.11491.1753.29970.2679-0.19141.6023-0.18333.0422-96.5843-3.68513.4974
50.22220.36510.35930.2040.27630.38610.180.9665-0.37570.1591-0.3221-0.0054-1.9961.36240.06722.6811-0.1258-0.50071.5991-0.01963.6801-83.69262.96546.8635
65.1044-2.1602-0.18252.51261.2220.8758-2.0088-5.00080.78450.2986-0.80531.1554-0.9577-1.2288-0.07222.7285-0.2625-0.37332.6869-0.53142.7704-84.7193-4.910617.8281
71.23770.05150.80070.71440.48541.70611.2512-1.31730.93192.2079-0.98331.3356-0.951-1.90750.04044.7534-0.3952-0.203-1.1334-0.53983.3709-89.9095.279912.7238
83.2630.7062-1.59253.04964.69172.1213-0.3358-2.12440.0325-0.8728-0.314-2.3054-1.9734-0.31180.76343.19440.0186-0.26381.069-0.14331.346-95.6017-27.694315.9972
93.0257-1.7911-4.67126.59092.06047.8255-0.8178-3.1099-1.65362.92870.095-1.89513.5533-0.14640.22343.2764-0.3902-0.87461.52611.21212.8413-89.7328-33.986123.7189
101.94970.8129-0.83463.0017-0.4910.33231.2674-1.17352.5358-0.5477-1.6224-1.7444-0.6490.1613-0.59155.1308-0.7679-0.9999-0.6394-1.23291.9357-86.236-17.225914.424
118.8621-3.7694-2.58684.05092.10931.2455-1.5704-2.6797-0.30630.4261-0.8635-3.2066-3.29862.94322.07322.8628-0.8699-0.23012.08550.77872.0388-82.0966-24.717219.6423
122.17243.8563.51626.05151.16239.3504-1.8007-0.0065-1.40440.33791.0439-1.0111-2.93971.89990.62042.1817-0.69740.10821.79030.67181.7102-83.2959-26.641310.7805
139.6029-1.728-3.10792.7057-0.35178.7695-0.42511.8502-0.939-2.14070.5515-3.6571-0.28011.64910.80463.52750.42721.43661.28320.37783.5246-77.9448-29.66894.5155
140.3729-1.27370.69954.364-2.3231.21290.2181-1.486-1.1890.42860.46821.060.61190.65590.18841.6448-1.6498-0.5994-4.0987-1.56213.873-85.4851-41.524312.0713
157.4861.05681.81483.4651-2.73683.1824-0.51222.2937-3.3186-1.18720.8799-3.8556-0.0835-0.03610.44352.5270.28880.34011.0057-0.51542.468-85.5223-37.75093.9892
165.42314.3188-5.04394.6557-1.97487.68950.5848-2.65851.1904-0.45661.140.7849-2.2483-1.13960.32340.9271-0.5053-0.94792.06090.39891.4485-99.8507-27.497517.3454
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 153:208 )A153 - 208
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 209:226 )A209 - 226
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 227:249 )A227 - 249
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 250:286 )A250 - 286
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 287:308 )A287 - 308
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 309:326 )A309 - 326
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 327:360 )A327 - 360
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 22:36 )B22 - 36
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 37:58 )B37 - 58
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 59:67 )B59 - 67
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 68:83 )B68 - 83
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 84:114 )B84 - 114
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 115:124 )B115 - 124
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 125:134 )B125 - 134
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 135:146 )B135 - 146
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 147:155 )B147 - 155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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