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万見
- PDB-4j1v: Functional and structural studies of MOBKL1B, a Salvador/Warts/Hi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j1v
タイトルFunctional and structural studies of MOBKL1B, a Salvador/Warts/Hippo tumor suppressor pathway, in HCV replication
要素
  • MOB kinase activator 1A
  • NS5A domain II peptide
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN/VIRAL PROTEIN / HCV NS5A binding protein / NS5A / PEPTIDE BINDING PROTEIN-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hippo signaling / Signaling by Hippo / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / protein kinase activator activity / transformation of host cell by virus / Dectin-2 family / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint ...hippo signaling / Signaling by Hippo / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / protein kinase activator activity / transformation of host cell by virus / Dectin-2 family / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / protein serine/threonine kinase activator activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / positive regulation of protein phosphorylation / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MOB kinase activator / MOB kinase activator family / MOB kinase activator superfamily / Mob1/phocein family / Mob1/phocein family / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / : / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily ...MOB kinase activator / MOB kinase activator family / MOB kinase activator superfamily / Mob1/phocein family / Mob1/phocein family / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / : / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / MOB kinase activator 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Chung, H.-Y. / Gu, M. / Rice, C.M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Seed Sequence-Matched Controls Reveal Limitations of Small Interfering RNA Knockdown in Functional and Structural Studies of Hepatitis C Virus NS5A-MOBKL1B Interaction.
著者: Chung, H.Y. / Gu, M. / Buehler, E. / MacDonald, M.R. / Rice, C.M.
履歴
登録2013年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22014年9月24日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOB kinase activator 1A
C: MOB kinase activator 1A
E: NS5A domain II peptide
G: NS5A domain II peptide
F: NS5A domain II peptide
H: NS5A domain II peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5178
ポリマ－52,3866
非ポリマー1312
水6,954386
1
A: MOB kinase activator 1A
E: NS5A domain II peptide
G: NS5A domain II peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2584
ポリマ－26,1933
非ポリマー651
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10170 Å2
手法PISA
2
C: MOB kinase activator 1A
F: NS5A domain II peptide
H: NS5A domain II peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2584
ポリマ－26,1933
非ポリマー651
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.094, 54.573, 86.574
Angle α, β, γ (deg.)90, 89.950, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MOB kinase activator 1A / Mob1 alpha / Mob1A / Mob1 homolog 1B / Mps one binder kinase activator-like 1B


分子量: 21397.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MOB1A, C2orf6, MOB4B, MOBK1B, MOBKL1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H8S9
#2: タンパク質・ペプチド
NS5A domain II peptide


分子量: 2397.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Hepatitis C virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q99IB8
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.55 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 0.1 M KCl, 15% PEG5000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→36.9 Å / Num. obs: 34680 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→36.9 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数
Rfree0.225 1699
Rwork0.196 -
all-34083
obs-34083
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→36.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3138 0 2 386 3526

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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