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万見
- PDB-4j1t: Crystal structure of Thermus thermophilus transhydrogenase hetero... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j1t
タイトルCrystal structure of Thermus thermophilus transhydrogenase heterotrimeric complex of the Alpha1 subunit dimer with the NADP binding domain (domain III) of the Beta subunit in P2(1)
要素
  • NAD(P) transhydrogenase subunit beta
  • NAD/NADP transhydrogenase alpha subunit 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Soluble components of nicotinamide nucleotide transhydrogenase / Complex of Alpha1 subunit dimer with Domain III of Beta subunit / Alpha1 binds NAD(H) Domain III binds NADP(H) / Domain III binds to Alpha1 / NAD bound to Alpha1 / NADP bound to Domain III
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase activity / proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase / NADPH regeneration / NADP binding / oxidoreductase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NADP transhydrogenase, beta subunit / NADP transhydrogenase beta-like domain / NAD(P) transhydrogenase beta subunit / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, conserved site-2 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 2. / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, N-terminal / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain ...NADP transhydrogenase, beta subunit / NADP transhydrogenase beta-like domain / NAD(P) transhydrogenase beta subunit / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, conserved site-2 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 2. / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, N-terminal / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, NAD(H)-binding domain / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / proton-translocating NAD(P)(+) transhydrogenase / NAD(P) transhydrogenase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Yamaguchi, M. / Leung, J. / Schurig Briccio, L.A. / Gennis, R.B. / Stout, C.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure analysis of Thermus thermophilus transhydrogenase soluble domains
著者: Yamaguchi, M. / Leung, J. / Schurig Briccio, L.A. / Gennis, R.B. / Stout, C.D.
履歴
登録2013年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD/NADP transhydrogenase alpha subunit 1
B: NAD/NADP transhydrogenase alpha subunit 1
C: NAD(P) transhydrogenase subunit beta
D: NAD/NADP transhydrogenase alpha subunit 1
E: NAD/NADP transhydrogenase alpha subunit 1
F: NAD(P) transhydrogenase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,62414
ポリマ－203,4426
非ポリマー3,1828
水4,179232
1
A: NAD/NADP transhydrogenase alpha subunit 1
B: NAD/NADP transhydrogenase alpha subunit 1
C: NAD(P) transhydrogenase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,2206
ポリマ－101,7213
非ポリマー1,4993
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8650 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area35980 Å2
手法PISA
2
D: NAD/NADP transhydrogenase alpha subunit 1
E: NAD/NADP transhydrogenase alpha subunit 1
F: NAD(P) transhydrogenase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,4048
ポリマ－101,7213
非ポリマー1,6835
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8840 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area36680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.075, 68.866, 132.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ABDECF

#1: タンパク質
NAD/NADP transhydrogenase alpha subunit 1


分子量: 40851.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: TT_C1780 / プラスミド: pet21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) AcrAB- / 参照: UniProt: Q72GR8, EC: 1.6.1.2
#2: タンパク質 NAD(P) transhydrogenase subunit beta / Nicotinamide nucleotide transhydrogenase subunit beta


分子量: 20018.150 Da / 分子数: 2 / Fragment: Domain III (UNP residues 266-450) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / プラスミド: pet21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) AcrAB- / 参照: UniProt: Q72GS0, EC: 1.6.1.2

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非ポリマー , 4種, 240分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Molecular Dimensions MD1-47 Morpheus kit, condition H2: 0.10 M amino acids, 0.1 M pH 6.5 buffers, 30.0% ethylene glycol + PEG8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.18076 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月2日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single crystal, asymmetric cut 4.9650 degrees
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→132.35 Å / Num. all: 79373 / Num. obs: 75579 / % possible obs: 95.22 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 46.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.37→2.54 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 10491 / Rsym value: 0.366 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4J16

4j16


解像度: 2.37→132.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 13.702 / SU ML: 0.145 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25298 4019 5 %RANDOM
Rwork0.2047 ---
all0.20719 79373 --
obs0.20719 75579 95.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.913 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.97 Å20 Å2-2.38 Å2
2--2.66 Å20 Å2
3----1.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→132.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13813 0 208 232 14253
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02116089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3941.96924958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5527.53654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.52423.586541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.868152440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.90515113
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.22268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02118265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6241.59124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.189214622
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.02135138
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.434.54743
LS精密化 シェル解像度: 2.37→2.427 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 119 -
Rwork0.239 2319 -
obs-2319 39.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.21570.0676-0.01220.64650.25890.55410.00010.00460.0272-0.02110.0010.02160.00650.0528-0.00110.1232-0.00210.15890.0064-0.0110.212-44.06116.3-31.428
20.4979-0.3699-0.1811.03630.2620.4902-0.0221-0.0320.0596-0.06670.0514-0.08330.02610.1334-0.02930.12720.01780.15630.0620.00010.1827-20.715-0.116-56.86
31.5897-0.38360.50110.72950.14161.83370.07830.0470.0809-0.03160.0461-0.0365-0.091-0.181-0.12440.1160.03850.15060.05450.02790.1774-61.52223.428-56.888
40.5140.38080.16910.74320.14970.3556-0.01360.0739-0.05240.08240.0551-0.04810.01760.0349-0.04150.16170.00850.1830.00230.00740.2434-77.401-5.363-7.999
50.43870.32220.19331.17820.77520.8724-0.06580.12350.0315-0.13630.04680.0927-0.0594-0.04590.0190.1702-0.02710.1460.04490.01460.1929-101.26-21.258-33.957
61.7153-0.16510.05880.65240.49271.3386-0.1137-0.13990.0292-0.02220.0426-0.0149-0.1275-0.10040.07110.13120.04180.15010.01980.00430.1983-104.2642.9826.305
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 373
2X-RAY DIFFRACTION2B-2 - 373
3X-RAY DIFFRACTION2B500
4X-RAY DIFFRACTION3C274 - 450
5X-RAY DIFFRACTION3C500
6X-RAY DIFFRACTION4D1 - 372
7X-RAY DIFFRACTION5E1 - 373
8X-RAY DIFFRACTION5E500
9X-RAY DIFFRACTION6F274 - 450
10X-RAY DIFFRACTION6F500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る