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- PDB-4j1o: Crystal structure of an enolase (mandelate racemase subgroup) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j1o
タイトルCrystal structure of an enolase (mandelate racemase subgroup) from paracococus denitrificans pd1222 (target nysgrc-012907) with bound l-proline betaine (substrate)
要素Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
キーワードISOMERASE / Enolase / Betaine Racemase / Proline Betaine Racemease / NYSGRC / Structural Genomics / New York Structural Genomics Research Consortium / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxyproline betaine 2-epimerase / amino-acid betaine catabolic process / racemase activity, acting on amino acids and derivatives / racemase and epimerase activity, acting on amino acids and derivatives / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
4R-hydroxyproline betaine 2-epimerase / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain ...4R-hydroxyproline betaine 2-epimerase / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / 1,1-DIMETHYL-PROLINIUM / 4-hydroxyproline betaine 2-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Chamala, S. / Kar, A. / LaFleur, J. / Villigas, G. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Chamala, S. / Kar, A. / LaFleur, J. / Villigas, G. / Evans, B. / Hammonds, J. / Gizzi, A. / Stead, M. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Bonanno, J.B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: MBio / 年: 2014
タイトル: Prediction and biochemical demonstration of a catabolic pathway for the osmoprotectant proline betaine.
著者: Kumar, R. / Zhao, S. / Vetting, M.W. / Wood, B.M. / Sakai, A. / Cho, K. / Solbiati, J. / Almo, S.C. / Sweedler, J.V. / Jacobson, M.P. / Gerlt, J.A. / Cronan, J.E.
履歴
登録2013年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,86721
ポリマ－83,9692
非ポリマー1,89819
水12,412689
1
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
ヘテロ分子

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
ヘテロ分子

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
ヘテロ分子

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,46984
ポリマ－335,8788
非ポリマー7,59276
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area39090 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area78970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.297, 117.297, 110.528
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-732-

HOH

21B-775-

HOH

詳細biological unit is an octamer

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein


分子量: 41984.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
株: PD1222 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1B198

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非ポリマー , 5種, 708分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PBE / 1,1-DIMETHYL-PROLINIUM / PROLINE BETAINE / (S)-2-カルボキシ-1,1-ジメチルピロリジニウム


分子量: 144.192 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14NO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.8, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA/DTT); Reservoir (20% Peg400, 200 mM MgCl2, 100 mM MES pH 6.7); Cryoprotection (Reservoir+200 mM L-Proline Betaine+ 20% ...詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.8, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA/DTT); Reservoir (20% Peg400, 200 mM MgCl2, 100 mM MES pH 6.7); Cryoprotection (Reservoir+200 mM L-Proline Betaine+ 20% glycerol, comes with approx equal molar of iodine during synthesis of L-Proline Betaine), sitting drop vapor diffusion, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月14日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→110.528 Å / Num. all: 101674 / Num. obs: 101674 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.6-1.6910.70.61.3156913146360.6100
1.69-1.7911.70.4411.7162068138830.441100
1.79-1.9112.60.3092.5165571130920.309100
1.91-2.0713.50.2123.5164273121910.212100
2.07-2.26140.1534.9157978112560.153100
2.26-2.5314.30.1196.2145804102190.119100
2.53-2.9214.30.0937.712960490650.093100
2.92-3.5814.10.0691010885877330.069100
3.58-5.0613.80.0513.28369060720.05100
5.06-117.29713.40.04115.34719535270.04199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.6→37.093 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.9002 / SU ML: 0.12 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 16.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1809 5074 4.99 %RANDOM
Rwork0.1575 ---
all0.1586 101606 --
obs0.1586 101606 99.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 67.41 Å2 / Biso mean: 15.238 Å2 / Biso min: 4.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.093 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5538 0 42 689 6269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075882
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1218055
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071877
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061069
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3472207
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.6-1.61820.22161600.197831733333
1.6182-1.63720.21941540.190431653319
1.6372-1.65720.21710.176531973368
1.6572-1.67820.22311830.182231423325
1.6782-1.70030.20561560.175332063362
1.7003-1.72350.21391590.16831683327
1.7235-1.74820.2021820.169631943376
1.7482-1.77430.21361600.170631653325
1.7743-1.8020.19271660.168731723338
1.802-1.83150.18381780.158631913369
1.8315-1.86310.1881620.155832023364
1.8631-1.8970.20051660.157931923358
1.897-1.93350.18611570.153931913348
1.9335-1.97290.19261570.157632023359
1.9729-2.01580.19571710.158132083379
2.0158-2.06270.18571700.155631773347
2.0627-2.11430.19181660.151131803346
2.1143-2.17150.15861640.149432403404
2.1715-2.23530.17491820.1531843366
2.2353-2.30750.1711600.1532213381
2.3075-2.38990.17291860.148231803366
2.3899-2.48560.17231850.155332103395
2.4856-2.59870.19091450.153932483393
2.5987-2.73570.17771980.155932083406
2.7357-2.9070.19821630.161232533416
2.907-3.13140.19341740.1632503424
3.1314-3.44630.18021570.152932913448
3.4463-3.94450.17021850.139732883473
3.9445-4.96770.13571930.139833143507
4.9677-37.10250.18281640.183835203684
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.39160.07790.63632.4551-0.23710.94380.011-0.3989-0.1960.3526-0.01910.16180.1108-0.21520.04950.1385-0.0079-0.03570.17070.02730.138920.34419.535135.7686
20.86430.42320.43420.99910.18370.78620.0109-0.0192-0.077-0.0515-0.0009-0.05850.00730.0016-0.01040.0650.0236-0.0080.059-0.00740.062326.190727.339125.5717
32.4179-0.2936-0.05280.8072-0.24091.56560.0173-0.1692-0.17850.12390.05770.0060.0842-0.07-0.05960.09750.0013-0.02230.07750.02240.048712.243638.429554.0592
40.4838-0.1384-0.17210.26060.10670.28120.0017-0.0371-0.0480.02560.0092-0.01480.04120.0222-0.0130.06230.0062-0.02010.06050.00240.03817.855436.80337.8698
52.1618-0.1953-0.37541.46061.04090.7680.10280.24520.0721-0.30610.0393-0.2533-0.16530.0563-0.08370.1013-0.02060.04040.1011-0.04730.150443.060760.963717.0422
60.4887-0.18570.08180.45270.0190.35370.03160.03730.0283-0.0489-0.0021-0.0897-0.00250.045-0.01760.0422-0.00330.01930.0458-0.01220.053129.063254.27049.8816
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:39)A1 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 40:130)A40 - 130
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 131:194)A131 - 194
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 195:369)A195 - 369
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 1:75)B1 - 75
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 76:369)B76 - 369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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