[日本語] English
万見
- PDB-4j0x: Structure of Rrp9 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j0x
タイトルStructure of Rrp9
要素Ribosomal RNA-processing protein 9
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Beta-Propeller / WD domain / preribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D methylation guide snoRNP complex / U3 snoRNA binding / snoRNA binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 90S preribosome / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome ...endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D methylation guide snoRNP complex / U3 snoRNA binding / snoRNA binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 90S preribosome / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / nucleolus / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal RNA-processing protein Rrp9-like / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily ...Ribosomal RNA-processing protein Rrp9-like / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal RNA-processing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Zhang, L. / Lin, J. / Ye, K.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2013
タイトル: Structural and functional analysis of the U3 snoRNA binding protein Rrp9.
著者: Zhang, L. / Lin, J. / Ye, K.
履歴
登録2013年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA-processing protein 9
B: Ribosomal RNA-processing protein 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,0222
ポリマ－102,0222
非ポリマー00
水57632
1
A: Ribosomal RNA-processing protein 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0111
ポリマ－51,0111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ribosomal RNA-processing protein 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0111
ポリマ－51,0111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.445, 78.557, 80.029
Angle α, β, γ (deg.)61.77, 86.44, 71.99
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein 9


分子量: 51010.793 Da / 分子数: 2 / 断片: WD DOMAIN, UNP RESIDUES 127-573 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP9, YPR137W
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q06506
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES-K, pH7.5, 25% (v/v) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 32300 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 85.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.502→19.963 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2616 1642 5.08 %
Rwork0.2176 --
obs0.2199 32299 95.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.502→19.963 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5840 0 0 32 5872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045958
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9348026
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1962194
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068890
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031002
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5024-2.57590.38511110.292217580
2.5759-2.65890.32371290.2722248693
2.6589-2.75370.30831390.2472256796
2.7537-2.86360.28851300.2395257596
2.8636-2.99350.31881370.2336262697
2.9935-3.15080.29231310.2374260797
3.1508-3.34730.24871520.2291257297
3.3473-3.60440.27191290.2175261997
3.6044-3.96460.28751370.2129262097
3.9646-4.53240.22681430.1852260997
4.5324-5.68830.21470.1713260298
5.6883-19.96330.23281570.2222259998

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る