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万見
- PDB-4j0g: Tannin acyl hydrolase (mercury derivative) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j0g
タイトルTannin acyl hydrolase (mercury derivative)
要素Tannase
キーワードHYDROLASE / tannin / hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / BD-FAE / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Tannase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus plantarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ren, B. / Wu, M. / Wang, Q. / Peng, X. / Wen, H. / Chen, Q. / McKinstry, W.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of tannase from Lactobacillus plantarum.
著者: Ren, B. / Wu, M. / Wang, Q. / Peng, X. / Wen, H. / McKinstry, W.J. / Chen, Q.
履歴
登録2013年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tannase
B: Tannase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,42914
ポリマ－101,6462
非ポリマー1,78312
水5,873326
1
A: Tannase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5426
ポリマ－50,8231
非ポリマー7205
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tannase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8878
ポリマ－50,8231
非ポリマー1,0647
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.357, 62.686, 83.122
Angle α, β, γ (deg.)70.49, 86.93, 79.10
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Tannase


分子量: 50822.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア)
遺伝子: tanLpl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3Y018
#2: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M tri-sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 25246 / % possible obs: 97.3 % / Biso Wilson estimate: 20.76 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.233 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.5→19.768 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8445 / SU ML: 0.77 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 1452 4.98 %
Rwork0.1893 --
obs0.1914 29147 97.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 84.55 Å2 / Biso mean: 22.5707 Å2 / Biso min: 0 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.6682 Å2-6.6771 Å215.5774 Å2
2---4.5816 Å2-5.2056 Å2
3---3.6649 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.768 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7007 0 69 326 7402
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067251
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3829874
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3842574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1151110
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051289
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.58920.31931710.23532765293697
2.5892-2.69260.29161510.21862746289798
2.6926-2.81480.2561390.21932811295098
2.8148-2.96280.25741310.20292811294298
2.9628-3.14770.25041360.20282780291698
3.1477-3.38960.25391480.19212780292898
3.3896-3.72870.20731520.18282786293898
3.7287-4.26350.20121430.16472775291897
4.2635-5.35380.19611210.15482763288497
5.3538-19.76820.20281600.1942678283895
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0242-0.00040.02330.0986-0.06780.0863-0.02070.01340.0029-0.0261-0.07190.01190.0057-0.0623-0.02810.1114-0.01250.03680.05030.0030.064226.0382115.036187.1395
20.1118-0.0528-0.06430.13750.07150.05940.06190.03090.01570.0236-0.0378-0.1285-0.0089-0.0640.01860.0861-0.0297-0.04390.0341-0.00220.040623.4548106.193884.445
30.0335-0.0345-0.04030.04480.03030.05720.03250.0369-0.0023-0.0077-0.0288-0.0585-0.07320.01890.00560.0595-0.00190.00160.0301-0.00320.028229.874198.744374.053
40.04210.03860.01010.03780.01170.0125-0.0459-0.01130.0048-0.05120.01510.03780.00730.0179-0.03880.11660.0184-0.02770.0149-0.00160.06225.082178.488661.5101
50.1115-0.02440.00470.06520.00150.0829-0.05090.07430.1580.1043-0.0173-0.0891-0.0070.0112-0.02730.0922-0.00130.04770.0143-0.026-0.081823.274484.692571.4366
60.001-0.001200.00130.00010.0001-0.0113-0.0151-0.00170.017-0.0135-0.02910.01090.04070.00010.2488-0.09150.04690.1714-0.01840.172531.699292.727493.6211
70.06470.015-0.01830.0237-0.04770.1265-0.02330.048-0.0792-0.0295-0.02320.01290.07920.0279-0.01170.0824-0.02310.03120.0524-0.00910.060239.749235.039828.0505
80.1990.0049-0.08630.0377-0.01020.0537-0.00730.11110.044-0.06350.0381-0.0327-0.0108-0.02650.02460.0312-0.00940.00420.0666-0.01850.04939.1244.515629.2298
90.0506-0.04180.01180.06560.02840.01380.0061-0.0627-0.058-0.05280.00050.00920.0115-0.04920.0318-0.04060.0342-0.00250.03930.02820.063135.898151.511440.9122
100.0184-0.0261-0.02420.05820.03170.0355-0.0049-0.02350.062-0.02210.0369-0.0279-0.00190.01940.0138-0.0108-0.00340.03870.0799-0.02840.130628.440671.407845.0298
110.1585-0.0291-0.00420.1350.00460.0563-0.01460.05250.0469-0.09770.0871-0.0406-0.0358-0.00630.0335-0.2961-0.09450.21620.01930.0456-0.064235.320466.588640.3832
120.0054-0.00130.00230.002-0.00070.00110.0125-0.0005-0.00110.0029-0.0046-0.02250.00420.02170.00010.11290.00370.02250.14420.05520.122454.743453.38432.2418
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:51)A1 - 51
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 52:127)A52 - 127
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 128:229)A128 - 229
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 248:282)A248 - 282
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 283:461)A283 - 461
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 462:469)A462 - 470
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 1:51)B1 - 51
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 52:127)B52 - 127
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 128:234)B128 - 234
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 242:282)B242 - 282
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 283:461)B283 - 461
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 462:469)B462 - 470

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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