+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4izj | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of yellowtail ascites virus VP4 protease with a wild-type active site reveals acyl-enzyme complexes and product complexes. | |||||||||
![]() | (Yellowtail Ascites Virus (YAV) VP4 ...) x 3 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / VIRAL PROTEASE / BIRNAVIRUS / SERINE-LYSINE DYAD MECHANISM / ALPHA-BETA PROTEIN FOLD / LYSINE GENERAL BASE / ACYL-ENZYME / PRODUCT COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / viral capsid / host cell cytoplasm / structural molecule activity / proteolysis / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Paetzel, M. / Chung, I.Y.W. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Yellowtail Ascites Virus VP4 Protease: TRAPPING AN INTERNAL CLEAVAGE SITE TRANS ACYL-ENZYME COMPLEX IN A NATIVE SER/LYS DYAD ACTIVE SITE. 著者: Chung, I.Y. / Paetzel, M. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 203.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 162.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 490.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 504.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
5 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-Yellowtail Ascites Virus (YAV) VP4 ... , 3種, 5分子 AEBCD
#1: タンパク質 | 分子量: 22344.418 Da / 分子数: 2 / 変異: N616D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Y-6 / 遺伝子: VIRAL PROTEIN 4 (VP4) / プラスミド: PET28B+ / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 22328.418 Da / 分子数: 2 / 変異: N616D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Y-6 / 遺伝子: VIRAL PROTEIN 4 (VP4) / プラスミド: PET28B+ / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 22328.418 Da / 分子数: 1 / 変異: N616D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Y-6 / 遺伝子: VIRAL PROTEIN 4 (VP4) / プラスミド: PET28B+ / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 4種, 279分子 ![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-BME / #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.05 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 35% PEG2000, 0.3M Magnesium Chloride, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年8月5日 / 詳細: MULTILAYER OPTIC |
放射 | モノクロメーター: VARIMAX CU HF OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→64.3 Å / Num. all: 33009 / Num. obs: 33009 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 4043 / % possible all: 80.7 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2PNM 解像度: 2.5→64.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 9.852 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.761 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→64.3 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / Total num. of bins used: 20
|