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- PDB-4izj: Crystal structure of yellowtail ascites virus VP4 protease with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4izj
タイトルCrystal structure of yellowtail ascites virus VP4 protease with a wild-type active site reveals acyl-enzyme complexes and product complexes.
要素(Yellowtail Ascites Virus (YAV) VP4 ...) x 3
キーワードHYDROLASE / VIRAL PROTEASE / BIRNAVIRUS / SERINE-LYSINE DYAD MECHANISM / ALPHA-BETA PROTEIN FOLD / LYSINE GENERAL BASE / ACYL-ENZYME / PRODUCT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / viral capsid / host cell cytoplasm / structural molecule activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S5; domain 2 - #110 / Birnavirus VP3, domain 2 / Birnavirus VP3, domain 1 / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protease domain / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protein / Birnavirus VP4 protease domain profile. ...Ribosomal Protein S5; domain 2 - #110 / Birnavirus VP3, domain 2 / Birnavirus VP3, domain 1 / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protease domain / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protein / Birnavirus VP4 protease domain profile. / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Viral coat protein subunit / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Yellowtail ascites virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Paetzel, M. / Chung, I.Y.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of Yellowtail Ascites Virus VP4 Protease: TRAPPING AN INTERNAL CLEAVAGE SITE TRANS ACYL-ENZYME COMPLEX IN A NATIVE SER/LYS DYAD ACTIVE SITE.
著者: Chung, I.Y. / Paetzel, M.
履歴
登録2013年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年2月27日ID: 3R0B
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月3日Group: Database references
改定 1.22013年5月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Yellowtail Ascites Virus (YAV) VP4 protease
B: Yellowtail Ascites Virus (YAV) VP4 protease
C: Yellowtail Ascites Virus (YAV) VP4 protease
D: Yellowtail Ascites Virus (YAV) VP4 protease
E: Yellowtail Ascites Virus (YAV) VP4 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,25913
ポリマ－111,6745
非ポリマー5858
水4,882271
1
A: Yellowtail Ascites Virus (YAV) VP4 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4473
ポリマ－22,3441
非ポリマー1022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Yellowtail Ascites Virus (YAV) VP4 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4853
ポリマ－22,3281
非ポリマー1562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Yellowtail Ascites Virus (YAV) VP4 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4072
ポリマ－22,3281
非ポリマー781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Yellowtail Ascites Virus (YAV) VP4 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4993
ポリマ－22,3281
非ポリマー1702
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Yellowtail Ascites Virus (YAV) VP4 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4232
ポリマ－22,3441
非ポリマー781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.610, 64.330, 187.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Yellowtail Ascites Virus (YAV) VP4 ... , 3種, 5分子 AEBCD

#1: タンパク質 Yellowtail Ascites Virus (YAV) VP4 protease


分子量: 22344.418 Da / 分子数: 2 / 変異: N616D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yellowtail ascites virus (ウイルス)
株: Y-6 / 遺伝子: VIRAL PROTEIN 4 (VP4) / プラスミド: PET28B+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER (DE3) / 参照: UniProt: P89521, EC: 3.4.21.115
#2: タンパク質 Yellowtail Ascites Virus (YAV) VP4 protease


分子量: 22328.418 Da / 分子数: 2 / 変異: N616D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yellowtail ascites virus (ウイルス)
株: Y-6 / 遺伝子: VIRAL PROTEIN 4 (VP4) / プラスミド: PET28B+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER (DE3) / 参照: UniProt: P89521, EC: 3.4.21.115
#3: タンパク質 Yellowtail Ascites Virus (YAV) VP4 protease


分子量: 22328.418 Da / 分子数: 1 / 変異: N616D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yellowtail ascites virus (ウイルス)
株: Y-6 / 遺伝子: VIRAL PROTEIN 4 (VP4) / プラスミド: PET28B+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER (DE3) / 参照: UniProt: P89521, EC: 3.4.21.115

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非ポリマー , 4種, 279分子

#4: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL


分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 35% PEG2000, 0.3M Magnesium Chloride, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年8月5日 / 詳細: MULTILAYER OPTIC
放射モノクロメーター: VARIMAX CU HF OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→64.3 Å / Num. all: 33009 / Num. obs: 33009 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 4043 / % possible all: 80.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2PNM

2pnm


解像度: 2.5→64.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 9.852 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24397 1669 5.1 %RANDOM
Rwork0.17828 ---
obs0.18167 33009 95.9 %-
all-33009 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.761 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å2-0.32 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→64.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7596 0 31 271 7898
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0197769
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.91.99510588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.45151009
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.35626.343309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.19151244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2231519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0350.21226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0210.0225881
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 88 -
Rwork0.251 1706 -
obs-4043 80.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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