PDB-4ixx: Crystal structure of S213G variant DAH7PS without Tyr bound from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ixx

タイトル

Crystal structure of S213G variant DAH7PS without Tyr bound from Neisseria meningitidis

要素

3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / DAHP / DAHPS / DAH7PS / TIM BARREL / ALLOSTERIC REGULATION / AROMATIC BIOSYNTHESIS / SHIKIMATE PATHWAY / TIM-BARREL

機能・相同性

機能・相同性情報

3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Cross, P.J. / Pietersma, A.L. / Allison, T.M. / Wilson-Coutts, S.M. / Cochrane, F.C. / Parker, E.J.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: Neisseria meningitidis expresses a single 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase that is inhibited primarily by phenylalanine.
著者: Cross, P.J. / Pietersma, A.L. / Allison, T.M. / Wilson-Coutts, S.M. / Cochrane, F.C. / Parker, E.J.

履歴

登録	2013年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ixx.cif.gz	524.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ixx.ent.gz	437.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ixx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/4ixx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/4ixx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hsnC 4hsoSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4hsn-d 5dce-d 5d05-d 5dcb-d 4ucg-d 5czt-d 5czs-d 5dcd-d 4uc5-d 4uma-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase

B: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase

C: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase

D: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase

ヘテロ分子

156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.064, 132.432, 75.028
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.720, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3-deoxyheptonate aldolase 分子量: 38682.109 Da / 分子数: 4 / 変異: S213G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 株: MC58 (serogroup B) / 遺伝子: aroG, NMB0307 / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9K169, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: A protein solution [11 mg/mL in 10 mM BTP buffer (pH 7.3)] was mixed 1:1 (v/v) with a reservoir solution containing 0.2 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris (pH 8.5), 15% 20% (w/v) PEG 2000 ...詳細: A protein solution [11 mg/mL in 10 mM BTP buffer (pH 7.3)] was mixed 1:1 (v/v) with a reservoir solution containing 0.2 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris (pH 8.5), 15% 20% (w/v) PEG 2000 mme, 0.4 mM MnSO4. The drop sizes were 2 uL, and the volume of the reservoir solution was 500 uL, temperature 293.15K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

結晶

マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.31 %

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: A protein solution [11 mg/mL in 10 mM BTP buffer (pH 7.3)] was mixed 1:1 (v/v) with a reservoir solution containing 0.2 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris (pH 8.5), 15% 20% (w/v) PEG 2000 ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.931→74.654 Å / Num. all: 55141 / Num. obs: 55141 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 15.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	% possible all
2.4-2.47	3.8	0.486	2.7	17148	4518	99.9
10.18-19.59	3.5	0.02	52	2263	642	85.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.1.30	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HSO

4hso

解像度: 2.4→19.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / WR_factor R_free: 0.2002 / WR_factor R_work: 0.169 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8591 / SU B: 18.025 / SU ML: 0.195 / SU R Cruickshank DPI: 0.4943 / SU R_free: 0.2493 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.494 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2247	3384	6.1 %	RANDOM
R_work	0.1914	-	-	-
obs	0.1935	55115	99.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 140.18 Å² / B_iso mean: 48.9273 Å² / B_iso min: 20.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.57 Å²	-0 Å²	-0.05 Å²
2-	-	2.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10404	0	39	100	10543

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	10624
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	10243
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.444	1.965	14377
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.24	3	23540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.962	5	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.116	23.966	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.357	15	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.425	15	74
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	12071
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	2359
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.397	1.886	5440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.395	1.885	5439
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.248	2.822	6793

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	223	-
R_work	0.274	3811	-
all	-	4034	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.2279	1.2451	-3.18	2.0446	-2.9411	5.3196	0.1458	0.3428	1.9284	-0.6442	0.1371	-0.3253	0.5471	-0.2294	-0.2829	0.4774	-0.0262	0.2357	0.2707	0.0439	0.8977	-2.312	-68.721	-16.795
2	1.8126	0.1	-0.0617	1.3654	-0.702	0.9865	-0.0851	0.0945	-0.0152	-0.3889	0.0238	-0.0763	0.3294	0.0035	0.0613	0.2763	-0.0504	0.0184	0.1617	-0.021	0.1536	-5.112	-81.02	-9.523
3	5.2066	4.1452	2.9809	4.8475	2.1617	6.959	-0.1779	-0.1643	-0.7114	-0.6394	-0.0462	-0.2442	0.6781	-0.3865	0.2241	0.415	-0.0713	0.0273	0.1504	0.0277	0.4386	-12.003	-98.694	-2.618
4	6.1175	5.9372	1.2573	6.0446	3.0271	13.6275	-0.1039	-0.5025	-0.1738	0.0561	-0.4121	-0.033	0.2471	0.2682	0.516	0.3729	0.0555	0.1079	0.2488	0.1669	0.3702	0.221	-93.389	8.123
5	2.8174	1.3278	-0.1174	2.9517	0.1834	1.9498	-0.0824	-0.2079	-0.5545	-0.4475	-0.1466	-0.4451	0.4197	0.174	0.229	0.2652	0.0615	0.063	0.2054	0.0857	0.3096	4.529	-92.426	-0.389
6	1.3686	-0.0175	-0.4657	1.7555	-1.7963	3.6888	-0.0114	0.0686	0.3222	-0.03	0.5372	0.3713	0.0054	-0.7014	-0.5258	0.0153	-0.0127	-0.0001	0.3951	0.1383	0.328	-38.518	-64.493	-2.1
7	0.0219	-0.003	-0.0096	0.0023	0.0003	0.0074	0.0599	0.1354	0.0564	-0.0365	-0.003	-0.0317	0.0122	-0.0705	-0.0569	0.8337	0.098	0.1243	1.0171	0.134	1.1405	-30.303	-80.53	-9.752
8	3.5135	0.3566	-2.2011	0.8233	-1.5015	6.0818	-0.1376	0.2469	0.2059	-0.3615	0.3441	0.16	0.5688	-0.4043	-0.2065	0.1966	-0.1585	-0.0714	0.304	0.1366	0.2608	-34.008	-68.479	-12.702
9	2.3884	0.4372	-0.6622	1.7852	-1.8096	2.3701	-0.1079	-0.2342	0.0244	-0.127	0.3954	0.212	0.3287	-0.49	-0.2875	0.1206	-0.0744	-0.0306	0.339	0.0599	0.167	-32.497	-75.233	5.067
10	18.0967	6.119	14.0177	19.9775	0.7315	11.7638	1.4091	-0.9744	0.0468	2.0997	-1.296	0.5051	0.6644	-0.5687	-0.1131	0.6992	-0.0252	0.2881	0.8085	0.048	0.4662	-44.882	-68.851	23.702
11	2.1606	0.5832	-0.0549	4.3111	-0.8022	1.3925	0.1357	-0.2266	-0.2977	-0.0749	-0.3823	-0.6969	0.0434	0.1571	0.2466	0.0827	0.0035	0.0153	0.2971	0.1422	0.2857	8.669	-39.359	-24.128
12	0.2056	1.5871	-0.5322	12.9123	-4.2871	1.4347	-0.1424	0.091	-0.0226	-1.3912	0.2446	0.219	0.4628	-0.1927	-0.1021	0.6804	0.0986	-0.0538	1.0603	0.1723	0.6419	1.156	-45.074	-40.694
13	2.4394	0.3169	-0.5478	3.4272	-0.8119	0.2888	0.1086	-0.0867	-0.3505	-0.3891	-0.2351	-0.212	0.0685	0.0487	0.1264	0.1502	0.0105	0.0334	0.2187	0.1018	0.2695	3.595	-47.181	-28.173
14	2.9813	1.0264	-0.7043	2.6913	-1.4132	1.4353	0.0454	0.1999	0.2863	-0.1576	-0.0374	0.0082	-0.0767	-0.0487	-0.008	0.1863	0.011	0.0202	0.2449	0.0483	0.1954	-5.19	-29.223	-32.018
15	3.0502	1.2588	-1.3597	5.7084	-1.231	3.477	-0.0425	0.1727	0.1213	-0.7134	-0.4977	-0.9478	0.0915	0.4174	0.5402	0.1404	0.0425	0.1803	0.279	0.2291	0.4474	15.645	-28.654	-36.051
16	3.4442	0.2623	1.1975	1.166	-0.9607	3.6269	0.2268	-0.0674	-0.3491	-0.1575	-0.1724	-0.0347	0.4695	0.1875	-0.0544	0.2524	0.0791	-0.0548	0.2371	0.0113	0.3258	-25.84	-51.546	-36.649
17	3.1679	-0.2653	1.6187	2.702	2.8807	6.6993	-0.0485	0.0878	0.1984	-0.0751	0.0195	0.3492	0.2227	-0.1245	0.0289	0.2801	0.0101	-0.0208	0.2904	0.0824	0.2679	-37.974	-40.6	-44.832
18	1.907	0.0562	1.0504	0.0969	-0.2084	1.3281	0.1114	0.0619	-0.0757	-0.0452	-0.043	0.0449	0.0626	0.1927	-0.0684	0.2154	0.0022	-0.0051	0.2098	0.029	0.1933	-25.56	-42.62	-38
19	2.575	0.6185	1.0555	2.1106	-2.1447	3.3756	0.3099	0.6348	-0.3591	-0.0764	-0.1245	-0.0221	0.3088	0.5819	-0.1854	0.2246	0.1434	-0.0025	0.4224	-0.0533	0.243	-10.95	-49.604	-41.655
20	3.5147	-0.1649	1.1843	1.4729	1.2551	2.8211	-0.1862	0.7564	0.5787	-0.343	0.0683	0.1744	-0.2825	0.6529	0.1179	0.248	-0.0311	-0.0513	0.4208	0.1624	0.227	-28.356	-32.855	-53.169

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	42 - 239
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	240 - 271
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	272 - 285
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	286 - 350
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	12 - 96
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	97 - 105
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	106 - 153
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	154 - 344
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	345 - 350
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	11 - 96
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	97 - 108
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	109 - 165
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	166 - 275
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	276 - 350
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	9 - 53
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	54 - 83
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	84 - 192
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	193 - 228
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	229 - 350

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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