- PDB-4ixk: Anaerobic crystal structure of iron soaked (2 h) ferritin from Ps... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 4ixk
タイトル
Anaerobic crystal structure of iron soaked (2 h) ferritin from Pseudo-nitzschia multiseries
要素
Ferritin
キーワード
TRANSPORT PROTEIN / ferritin / 4 helix bundle / iron storage / acetamido-cysteines
機能・相同性
機能・相同性情報
ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 102638 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.092 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Num. unique all
Χ2
Diffraction-ID
% possible all
2.1-2.14
14.6
0.597
5059
1.184
1
100
2.14-2.18
14.7
0.533
5066
1.176
1
100
2.18-2.22
14.7
0.433
5112
1.157
1
100
2.22-2.26
14.7
0.39
5129
1.166
1
100
2.26-2.31
14.7
0.35
5084
1.179
1
100
2.31-2.37
14.7
0.315
5087
1.164
1
100
2.37-2.42
14.7
0.267
5095
1.169
1
100
2.42-2.49
14.7
0.226
5137
1.162
1
100
2.49-2.56
14.8
0.2
5069
1.136
1
100
2.56-2.65
14.7
0.181
5133
1.143
1
100
2.65-2.74
14.8
0.15
5124
1.148
1
100
2.74-2.85
14.8
0.13
5096
1.118
1
100
2.85-2.98
14.8
0.114
5134
1.102
1
100
2.98-3.14
14.7
0.103
5117
0.926
1
100
3.14-3.33
14.6
0.092
5146
0.908
1
100
3.33-3.59
14.4
0.078
5113
0.882
1
100
3.59-3.95
14.4
0.066
5174
0.908
1
100
3.95-4.52
14.2
0.043
5176
1.025
1
100
4.52-5.7
14.8
0.033
5224
1.092
1
100
5.7-50
14.6
0.031
5363
1.091
1
99.8
-
位相決定
位相決定
手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度
最低解像度
Rotation
2.1 Å
48.35 Å
Translation
2.1 Å
48.35 Å
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
MOLREP
位相決定
REFMAC
精密化
PDB_EXTRACT
3.11
データ抽出
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→48.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.2526 / WRfactor Rwork: 0.2095 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8074 / SU B: 4.274 / SU ML: 0.116 / SU R Cruickshank DPI: 0.1888 / SU Rfree: 0.1748 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2474
5096
5 %
RANDOM
Rwork
0.2006
-
-
-
obs
0.203
102117
99.52 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK