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- PDB-4ixj: The structure of PilJ, a Type IV pilin from Clostridium difficile -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ixj
タイトルThe structure of PilJ, a Type IV pilin from Clostridium difficile
要素Fimbrial protein (Pilin)
キーワードCELL ADHESION / filament formation
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 - #80 / TcpA-like pilin - #20 / Pilin PilJ, C-terminal / Pili PilJ C-terminal domain / TcpA-like pilin / Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fimbrial protein (Pilin)
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.983 Å
データ登録者Piepenbrink, K.H. / Sundberg, E.J. / Snyder, G.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure of Clostridium difficile PilJ Exhibits Unprecedented Divergence from Known Type IV Pilins.
著者: Piepenbrink, K.H. / Maldarelli, G.A. / de la Pena, C.F. / Mulvey, G.L. / Snyder, G.A. / De Masi, L. / von Rosenvinge, E.C. / Gunther, S. / Armstrong, G.D. / Donnenberg, M.S. / Sundberg, E.J.
履歴
登録2013年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22014年3月5日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fimbrial protein (Pilin)
B: Fimbrial protein (Pilin)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,23613
ポリマ－63,2772
非ポリマー96011
水5,026279
1
A: Fimbrial protein (Pilin)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1647
ポリマ－31,6381
非ポリマー5266
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fimbrial protein (Pilin)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0726
ポリマ－31,6381
非ポリマー4345
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.823, 77.857, 133.661
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fimbrial protein (Pilin)


分子量: 31638.252 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 35-272 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
遺伝子: CDR20291_0683 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9YJD3
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG4000, 0.1 M MES, 0.2 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12001
22001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X9A11.072
シンクロトロンAPS 23-ID-D21.283, 1.2833, 1.232
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2012年11月18日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2012年12月3日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) channelSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystal Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0721
21.2831
31.28331
41.2321
反射解像度: 1.983→43.712 Å / Num. all: 38121 / Num. obs: 38121 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 7.2

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.983→43.71 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.19 / 位相誤差: 22.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 1952 5.25 %
Rwork0.183 --
obs0.186 37155 95.2 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.983→43.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3587 0 56 279 3922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093710
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1454994
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2451385
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074525
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004635
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.983-2.03290.3285920.26591653X-RAY DIFFRACTION63
2.0329-2.08790.27291340.22672399X-RAY DIFFRACTION93
2.0879-2.14930.28011390.2152442X-RAY DIFFRACTION94
2.1493-2.21870.25571390.21232486X-RAY DIFFRACTION96
2.2187-2.2980.25571390.19412537X-RAY DIFFRACTION97
2.298-2.390.2551400.19662517X-RAY DIFFRACTION97
2.39-2.49870.24571400.18432573X-RAY DIFFRACTION98
2.4987-2.63040.25271420.18692572X-RAY DIFFRACTION98
2.6304-2.79520.251440.18172595X-RAY DIFFRACTION99
2.7952-3.0110.25991440.17782592X-RAY DIFFRACTION99
3.011-3.31390.20771460.16512650X-RAY DIFFRACTION100
3.3139-3.79320.18121480.16182665X-RAY DIFFRACTION100
3.7932-4.77810.19841490.16012694X-RAY DIFFRACTION100
4.7781-43.72260.23181560.1982828X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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